2013년 법인세법령 개정 해설 - 법인세 세무관련해서 참고하세요

[박연주 회계사]

2013년 시행 법인세법령 개정 해설 ……… <택스넷 이희범>

목차

1. Ⅰ. 법인세법 개정사항
2. Ⅱ. 법인세법 시행령 개정사항
3. Ⅲ. 법인세법 시행규칙 개정사항
4. Ⅳ. 조세특례제한법 및 시행령 개정사항

지난해 세법개정은 유럽 재정위기에 대응하여 “활력있는 경제, 튼튼한 재정, 안정된 미래”라는 비전하에서 일자리 창출, 서민생활 안정을 지원하면서 성장동력 확충, 조세제도 선진화 등에 중점을 두고 추진되었다.

법인세법도 이러한 세법개정 기본방향에 따라 파견근로자에 지급한 복리후생비를 손금산입할 수 있도록 하고, 부동산임대사업 간주임대료의 이자율을 인하(4% → 3.4%)하며, 업무무관부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산을 추가하는 등 내수활성화 및 서민생활 안정을 지원하도록 하였다. 또한, 특수관계기업간 거래에 대한 접대비 한도 축소 등 불합리한 접대비 제도를 개선하고, 금융회사의 대손충당금 설정한도를 조정하며, 조합법인에 대한 당기순이익 과세제도를 개선하고, 업종별 감가상각 기준내용연수를 경제현실에 맞게 조정하며, 농수산물 중도매인･시장도매인에 대한 계산서미발급 가산세 특례요건을 강화하는 등 조세제도를 선진화하였다.

아울러, 전자단기사채에 대한 원천징수를 면제하고, 연결납세방식의 적용 승인･취소권자를 변경하며, 원천징수세액의 본점 일괄납부제도를 개선하는 등 납세편의를 제고하기 위하여도 많은 노력을 기울였다. 이 외에도 현행 제도의 운영상 나타난 미비점을 개선･보완하기 위해 많은 부분을 개정하였으며 위에서 언급하지 않은 내용 및 구체적인 개정내용은 아래를 참조해 주기 바란다.

I. 법인세법 개정사항

1. 전공대학을 법정기부금 대상에 추가(「법인세법」제24조 ②)

• 개정내용

종전	개정
□법정기부금 대상 ∙국가･지자체 등 ∙국립대학병원(시설비･교육비･연구비) ∙사립학교 등(장학금･시설비･교육비･연구비) －사립학교(초･중･고･전문대학･대학) －「평생교육법｣에 따른 원격대학 －산학협력단 등 <추 가>	∙(좌 동) － 「평생교육법｣에 따른 전공대학✽ ✽「고등교육법｣상 전문대학과 같이 「초･중등교육법에 의한 고등기술학교에서 전환된 시설로서 지방소재 고등기술학교는 전문대학으로 전환된 반면, 수도권소재 학교는 「수도권정비계획법｣에 따라 「평생교육법｣에 따른 전공대학으로 전환･인가되었음.

• 개정이유

사립학교인 전문대학 및 「평생교육법｣에 따른 원격대학과의 과세형평을 감안

• 적용시기 및 적용례

2013.1.1. 이후 지출하는 분부터 적용

2. 불합리한 접대비 제도 개선(「법인세법」제25조 ①,「법인세법 시행령」제40조 ①)

• 개정내용

종전	개정
󰊱접대비한도액(①+②) ① 기본금액：1,200만원(중소기업 1,800만원) ② 수입금액 × 설정률✽ －특수관계인과의 거래에서 발생한 수입금액×설정률✽×(20%) ✽설정률 수입금액 100억원 이하 0.2% 100~500억원 0.1% 500억원 초과 0.03% 󰊲 수입금액의 계산 ∙일반기업：매출액 ∙금융공기업✽：매출액＋수수료의 6~9배 ✽수출입은행, 한국투자공사, 자산관리공사(수수료 등의 9배) ✽신보, 기보, 무역보험공사 등 19개 보증기관(수수료 등의 6배)	① (좌 동) ② (좌 동) －축소： 20% → 10% ∙(좌 동) ∙수수료배율 일원화：현행 6~9배→ 6배

• 개정이유

2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

• 적용시기 및 적용례

▪ 2011.12.31.이 속하는 사업연도분부터 적용

3. 적격물적분할 후 분할법인의 주식처분 및 분할신설법인의 자산 처분에 따른 과세시 과세이연 요건 신설(「법인세법」제47조 ②)

• 개정내용

종전	개정
□ 분할법인이 적격물적분할에 따른 양도차익을 과세이연 받은 후 ∙분할법인이 주식 처분 또는 분할신설법인이 자산 처분시 분할법인에게 과세(「법인세법」제47조 ②) ∙(과세이연금액 × 처분비율) 만큼 분할법인에 과세 <단서 신설>	－다음 요건에 해당하는 경우 분할법인에게 즉시 과세하지 않고 주식 또는 자산처분시까지 과세이연 ▪분할신설법인이i) 적격합병하거나, ii) 적격분할함에 따라 주식 또는 자산을 처분

• 개정이유

적격합병･적격분할하는 경우 과세이연해주고 있는 합병(「법인세법」제44조), 분할(「법인세법」제46조), 물적분할(「법인세법」제47조 ①, ③) 제도와의 형평을 기하고 기업구조조정을 지원

• 적용시기 및 적용례

2013.1.1. 이후 분할법인이 주식 등을 처분하거나 분할신설법인이 자산을 처분하는 분부터 적용

4. 적격물적분할 관련 부득이한 사유 신설(「법인세법 시행령」제84조)
　

<법률안 내용(제47조 ②)>

• 부득이한 사유 신설

－적격물적분할로 과세이연받은 후 분할법인이 주식처분 또는 분할신설법인이 자산 처분시 분할법인에게 과세하나,분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유에 대하여 과세이연 유지.

• 개정내용

종전

개정

<신 설> <신 설> <신 설> <신 설>

□ 부득이한 사유 (i) 물적분할로 신설된 분할신설법인이 동일한 분할법인으로부터 물적분할로 신설된 분할신설법인과 최초로 적격합병하는 경우(합병대가의 전액이 주식등인 경우만 해당) (ii) 물적분할로 신설된 분할신설법인이 최초로 적격인적분할(분할합병 제외)하는 경우 ∙다만, 물적분할로 신설된 분할신설법인이 2회 이상 상기 사유에 해당하는 경우에는 최초의 1회만 적용 □ 분할법인이 보유한 분한신설법인 주식의 압축기장충당금의 처리방법 ∙적격합병하는 경우[부득이한 사유 (i)]：소멸되는 각각의 분할신설법인의 주식 등의 압축기장충당금 잔액을 적격합병에 따라 새로 취득한 주식의 압축기장충당금으로 함 ∙적격인적분할하는 경우[부득이한 사유 (ii)]：압축기장충당금 잔액에 새로 적격분할되는 법인에 해당하는 ‘승계자산 중 처분자산 양도차익 비율’(「법인세법 시행령」제84 ③ 2호)을 각각 곱한 금액을 적격분할에 따라 새로 취득한 주식의 압축기장충당금으로 함 □ 새로이 설정한 압축기장충당금에 대한 과세 ∙다음의 경우 법인세법 시행령 제84조 제3항※을 준용하여 계산한 금액 익금 산입 (i) 분할법인이 적격합병 또는 적격인적분할의 대가로 새로이 취득한 주식을 처분 (ii) 분할신설법인의 승계자산을 취득한 재신설법인✽이 해당 승계자산을 처분하는 경우 ✽부득이한 사유로 적격합병한 합병법인(존속합병법인, 신설합병법인 모두 포함) 또는 적격인적분할한 분할신설법인 ※ 물적분할로 취득한 주식의 압축기장충당금은 주식과 자산의 처분비율✽대로 익금산입(「법인세법」제47조 ②, 「법인세법 시행령」제84조 ③) ✽비율〓주식처분비율(A)＋자산의 양도차익비율(B)－A×B ✽주식처분 비율(A)：당기에 처분한 주식 등의 장부가액 / 전기말 주식 등의 장부가액 ✽자산의 양도차익 비율(B)：당기에 처분한 자산의 종전 물적분할시 양도차익 / 전기말 자산의 종전 물적분할시 양도차익 □ 사후관리 ∙다음의 사유가 발생한 사업연도에 압축기장충당금 잔액 전부를 분할법인의 익금에 산입 i) 재신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 최초 물적분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 폐지하는 경우 ii) 분할법인이 재신설법인으로부터 받은 주식 등의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

• 개정이유

▪ 기업구조조정 지원

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 분할신설법인간 적격합병 또는 분할신설법인이 적격인적분할하는 분부터 적용

5. 외국법인 발행 채권 등 관련 원천징수의무자 명확화(「법인세법」제73조 ⑥ 신설)

• 개정내용

종전	개정
□원천징수 의무자 ∙내국법인에게 이자소득･투자신탁의 이익을 지급하는 자 ∙내국법인이 발행한 채권 등의 소득을 대리하여 지급하는 자 <추 가>	∙(좌 동) ∙(좌 동) ∙외국법인이 발행한 채권 등의 소득을 국내에서 대리하여 지급하는 자

• 개정이유

▪ 「소득세법｣상 원천징수 규정(소법 127 ⑤)과 동일하게 규정

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 소득지급분부터 적용

6. 법정증명서류 미수취가산세와 계산서 불성실가산세의 중복적용 배제(「법인세법」제76조)

• 개정내용

종전	개정
□법정증명서류 미수취가산세✽와 계산서불성실가산세✽✽ 중복 적용 ✽법정증명서류 미수취･사실과 다른 수취금액 × 2% ✽✽계산서 미발급･가공(위장)수수：공급가액 × 2% 계산서 부실기재 등：공급가액 × 1%	□ 중복 적용 배제 ∙중복시 법정증명서류 미수취 가산세(2%)만 부과

• 개정이유

▪ 납세협력의무 불이행에 따른 가산세 부담완화
※ 「소득세법｣상 법정증명서류미수취가산세와 계산서불성실가산세는 중복 적용배제되고 있음(「소법」81 ③, ④)

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 과세표준을 신고하거나 결정･경정하는 분부터 적

7. 연결납세방식 적용 승인･취소권자 변경(「법인세법」제76조의 8 등)

• 개정내용

종전	개정
□ 연결납세방식 적용승인 및 취소권자 ∙국세청장	∙국세청장 → 관할 지방국세청장

• 개정이유

▪ 납세자 편의 제고 및 세무행정의 간소화

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 적용을 승인･취소･포기하거나 연결자법인의 변경을 신고하는 분부터 적용

8. 법인설립신고와 사업자등록시 제출서류 일원화(「법인세법」제109조)

• 개정내용

종전	개정
□법인설립신고시 제출서류 ∙주주 등의 명세서 □사업자등록시 제출서류 ∙사업허가증 등 사본 ∙임대차계약서	□법인설립신고시･사업자등록시 제출서류 ∙주주 등의 명세서 ∙사업허가증 등 사본 ∙임대차계약서

• 개정이유

▪ 납세편의 제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 설립신고 또는 사업자등록하는 분부터 적용

9. 합병법인의 이월결손금 공제를 위한 구분경리 대상 확대(「법인세법」제113조 ③)

• 개정내용

종전	개정
□구분경리 대상 ∙비영리법인 ∙신탁회사 ∙적격합병한 합병법인 ∙적격분할합병(인적분할만 해당)한 분할신설법인	□ 구분경리 대상 보완 ∙(좌 동) ∙(좌 동) ∙적격합병 → 합병 ∙적격분할합병 → 분할합병

• 개정이유

▪ 합병법인의 이월결손금을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 공제하는 것을 방지

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 합병하거나 분할합병하는 분부터 적용

10. 지급명세서 제출제도 보완(「법인세법」제120조)

• 개정내용

종전	개정
□ 지급명세서 제출의무자 ∙내국법인에게 －이자･배당소득을 지급하는 자	－이자･배당소득을 지급하는 자(원천징수를 하여야 하는 경우에는 원천징수의무자)

• 개정이유

▪ 납세자 편의제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 소득을 지급하는 분부터 적용

II. 법인세법 시행령 개정사항

1. 소비자생협을 비영리법인에 추가(「법인세법 시행령」제1조)

• 개정내용

종전	개정
□ 법령상 비영리법인으로 정한 조합법인 ∙농업협동조합 및 중앙회 ∙수산업협동조합 및 중앙회 ∙산림조합 및 중앙회 ∙엽연초생산협동조합 및 중앙회 ∙중소기업협동조합조합, 연합회 및 중앙회 ∙신용협동조합, 연합회 및 중앙회 ∙새마을금고 및 연합회 ∙대한염업조합 <추 가>	∙소비자생활협동조합, 연합회 및 전국연합회

• 개정이유

▪ 농협, 수협 등 다른 협동조합과의 형평성 제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

2. 원천징수 본점 일괄납부제도 개선(「법인세법 시행령」제7조 ⓛ)

• 개정내용

종전	개정
□ 원천징수 본점 일괄납부 요건 ∙관할세무서장에게 신고국세청장의 승인	∙관할세무서장에게 신고

• 개정이유

▪ 원천징수 본점 일괄납부 승인절차를 간소화하여 납세편의 제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 원천징수 본점 일괄납부를 신고하는 분부터 적용

3. 사회적협동조합을 지정기부금 단체에 추가(「법인세법 시행령」제36조 ①)

• 개정내용

종전	개정
□ 지정기부금 단체 ∙사회복지법인, 유치원, 학교, 의료법인 등 ∙「민법｣에 따라 설립된 비영리법인 중 기획재정부 장관이 지정한 법인 ∙(신 설)	□ 지정기부금 단체 추가 ∙「협동조합기본법｣에 따라 설립된 사회적협동조합 중 기획재정부 장관이 지정한 법인 ※ 지정요건 ① 「협동조합기본법」제93조 제1항 제1호~제2호에 열거된 공익사업을 수행할 것 ② 나머지는 민법상 비영리법인 지정요건과 동일

• 개정이유

▪ 지역사회 재생, 사회서비스 제공 등 사회적 협동조합의 공익적 측면을 감안하여 지정기부금 단체 지정 대상법인으로 추가

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15 이후 지정하는 분부터 적용

4. 국제기구에 대한 지정기부금단체 지정요건 개선(「법인세법 시행령」제36조)

• 개정내용

종전	개정
□ 국제기구의 지정기부금단체 지정요건 1) 목적요건 －별도의 요건 없음 2) 운영요건 －민법상 비영리법인과 동일 <추 가> 4) 지정방법 －기획재정부장관이 지정(6년 마다 재지정)	1) 목적요건 신설 －사회복지, 문화, 예술, 교육, 종교, 자선, 학술 등 공익을 위한 사업을 수행할 것 <삭 제> 3) 가입요건 －우리나라가 회원국으로 가입한 것 4) 지정방법 －기획재정부령으로 지정

• 개정이유

▪국제기구의 특성을 반영하여 지정기부금단체 지정요건을 합리적으로 개선

• 적용시기 및 적용례

▪ 영 시행일 이후 지정기부금단체로 정하는 국제기구에 지출하는 분부터 적용

5. 복리후생비의 범위 확대(「법인세법 시행령」제45조)

• 개정내용

종전	개정
□ 복리후생비의 범위 ∙직장체육비 ∙직장연예비 ∙우리사주조합 운영비 ∙국민건강보험료, 고용보험료, 장기요양보험료 ∙직장어린이집 운영비 ∙기타 경조사비 등 <추 가>	□ 복리후생비의 범위 확대 ∙(좌 동) ∙직원회식비 포함 ∙(좌 동) ∙파견받은 근로자에게 지급한 복리후생비

• 개정이유

▪ 근로자의 복리후생 증진 및 내수활성화 지원

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 신고하는 사업연도분부터 적용

6. 중소기업협동조합 등 공제사업 책임준비금의 손금산입 대상 추가(「법인세법 시행령」제57조)

• 개정내용

종전	개정
□ 책임준비금의 손금산입 ∙(대상) －보험회사의 보험사업 －수협 공제사업 －무역보험공사의 무역보험사업 －새마을금고 공제사업 <추 가> <추 가>	□ 대상추가 －중소기업협동조합 공제사업 －건설공제조합의 공제사업

• 개정이유

법령에 따라 책임준비금을 적립해야 하는 다른 보험･공제와의 형평성 제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 신고하는 사업연도분부터 적용

7. 금융회사 등 대손충당금 설정률 인하(「법인세법 시행령」제61조)

• 개정내용

종전	개정
□ 대손충당금 설정한도 ∙일반법인 －채권잔액×Max[1%, 대손실적률] ∙은행, 증권, 신탁, 보험, 여신전문금융, 종합금융 －채권잔액 × Max[2%, 대손실적률, 금융감독규정상 적립률] ∙신보, 기보, 무역보험 등 보증･공제 관련 금융회사 －채권잔액 × Max[2%, 대손실적률]	□ 설정률 인하 －(좌 동) －2% → 1% －2% → 1%

• 개정이유

▪ 법인간 형평성 제고

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

8. 비상장법인이 보유한 상장주식 평가규정 개선(「법인세법 시행령」제89조)

• 개정내용

종전	개정
□ 부당행위계산부인 적용시 상장주식의 시가계산 방법 ∙(원칙) 평가기준일 현재 거래소 최종시세가액 ∙(비상장법인이 보유한 상장주식) －시가가 불분명한 경우 상증법을 준용하여 평가 ：평가기준일 전후 2개월동안 거래소 최종시세가액 평균(상증법 63 ①)	－평가기준일 현재 거래소 최종시세가액

• 개정이유

▪ 법인세법상의 상장주식의 평가원칙과 통일

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 거래하는 분부터 적용

9. 전자단기사채에 대한 원천징수 면제(「법인세법 시행령」제111조)

• 개정내용

종전	개정
□금융회사에 대한 원천징수 ∙(원천징수 대상) －채권이자소득 ∙(원천징수 면제) －기타 이자소득 －배당소득 <추 가>	∙(원천징수 대상) －채권이자소득(요건을 충족하는 전자단기사채 제외) ∙(원천징수 면제) －(좌 동) －(좌 동) －만기 1개월 이내의 전자단기사채에서 발생하는 이자소득

• 개정이유

기업어음 투명성 제고 및 전자단기사채 활성화 지원

• 적용시기 및 적용례

▪ 2013.2.15. 이후 발행하는 전자단기사채부터 적용

10. 연결납세방식 적용신청･승인 기간 변경(「법인세법 시행령」제120조의 13)

• 개정내용

종전	개정
□ 연결납세방식 적용 신청･ 승인 기간 ∙(신청) 최초 연결사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 ∙(승인) 최초 연결사업연도 개시일의 전날까지	□ 적용 신청･승인 기간 연장 ∙(신청) 최초 연결사업연도 개시일의 전날까지 ∙(승인) 최초 연결사업연도 개시일부터 3개월 이내

• 개정이유

▫ 납세자 편의 제고

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 연결납세 신청 등을 하는 분부터 적용

11. 연결집단의 수입배당금 익금불산입 계산 방법 명확화(「법인세법 시행령」제120조의 19)

• 개정내용

종전	개정
□ 각 연결사업연도 소득 중 수입배당금 익금불산입 조정 ∙연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 수입배당금익금불산입규정 준용 □ 준용시 세부 규정 ∙출자비율：각 연결법인이 수입배당금을 지급한 내국법인에 출자한 비율 합계 ∙차입금 및 차입금의 이자：각 연결법인의 차입금 및 차입금의 이자의 합계(연결법인간 차입금 및 이자 제외) ∙대차대조표상의 자산총액：결법인의 대차대조표상의 자산총액의 합계액 －연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산 제거	∙세부 규정 명확화 －연결사업연도 종료일 현재 연결집단의 자산 총액의 합계액에서 기획재정부령으로 정하는 자산✽ 차감 ✽차감 자산(시행규칙)：매출채권, 대여금, 미수금 등 연결법인 대상 채권, 연결법인의 주식

※ 수입배당금 익금불산입액(「법법」18의2)

(수입배당금액－지급이자 × 자회사 주식 등의 장부가액 /사업연도 종료일 현재 자산총액 )×익금불산입률

• 개정이유

▫ 연결집단의 수입배당금 익금불산입제도 취지에 부합하도록 조문 명확화

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

12. 대표자가 서명날인한 신고서의 제출의무(「법인세법 시행령」제97조)

• 개정내용용

종전	개정
□ 법인세 신고서 제출시 대표자의 서명날인 ∙(수동신고) 대표자의 서명날인 필요 ∙(전자신고) 대표자의 서명날인 불가 ※ 전자신고 비율 평균 97%	∙「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따른 외부감사 대상법인이 전자신고시에는 대표자가 서명날인한 신고서를 서면으로 관할세무서장에게 제출

• 개정이유

▫ 법인세 신고의 성실성과 책임성 확보

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.2.15. 이후 신고하는 분부터 적용

13. 지급명세서 제출면제 대상 추가(「법인세법 시행령」제162조)

• 개정내용용

종전	개정
□ 지급명세서 제출면제 대상 ∙금융기관에 지급하는 이자소득 중 원천징수 대상이 아닌 소득 <추 가>	∙한국예탁결제원이 증권회사등예탁자에 지급하는 의제배당

• 개정이유유

▫ 예탁결제원이 주주의 주식취득가액 정보를 보유하지 않은 점을 고려하여 지급명세저 제출 면제

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 지급명세서를 제출하는 분부터 적용

Ⅲ. 법인세법 시행규칙 개정사항

1. 업종별 감가상각 기준내용연수 합리적 조정(법칙 별표6)

• 개정내용

종전	개정
□ 업종별 감가상각 기준내용연수 ∙기준내용연수：5개 －5년, 8년, 10년, 12년, 20년	□ 기준내용연수 구간 추가 ∙5개 → 9개 －4년, 6년, 14년, 16년 추가

• 업종별 기준내용연수 조정(11개 업종)

업종	종전(연)	개정(연)
교육서비스업	5	4
살충제 및 기타 농약 제조업	5
가죽, 가방 및 신발 제조업	10
통신업	8	6
전자부품,컴퓨터, 영상,음향 및 통신장비 제조업	5
부동산업	5	8
종합건설업	5
수리업	5
자동차 및 트레일러 제조업	10	12
코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업	8	14
전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업	20	16

• 개정이유

▫ 경제상황 변화를 반영하여 합리적으로 조정

• 적용시기 및 적용례

▫ 2014.1.1. 이후 취득하는 자산부터 적용(유예기간 1년)

2. 업무무관부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산 추가(법칙 26조 ⑤)

• 개정내용

종전	개정
□부득이한 사유로 업무무관부동산에서 제외되는 부동산 ∙「문화재보호법｣에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산 ∙지식경제부장관의 인가를 받아 휴광 중인 광업용 부동산 ∙부동산의 소유권에 관한 확정판결일부터 5년이 경과되지 아니한 부동산 <추 가>	∙(좌 동) ∙「주택법｣에 따라 사업계획승인권자의 승인을 받아 착공연장기간 중에 있는 부동산. －업무무관부동산에서 제외되는 착공연장기간은 최초 착공연장 승인일로부터 5년으로 제한 ※ (경과규정) 규칙 시행 전에 착공연장 승인을 받은 법인의 경우 업무무관부동산에서 제외되는 착공연장기간은 규칙 시행일부터 5년으로 제한

• 개정이유

▫ 주택건설경기 침체에 따른 주택건설업계의 어려움을 감안하여 업무무관부동산에서 제외되는 부동산 추가

• 적용시기 및 적용례

• 규칙 시행일 이후 착공연장을 승인(재승인 포함)받는 분부터 적용
• 규칙 시행 전에 착공연장 승인을 받은 법인의 경우 업무무관부동산에서 제외되는 착공연장기간은 규칙 시행일부터 5년으로 제한

3. 지정기부금단체 추가(법칙 별표 6의2, 별표 6의5)

• 개정내용

종전	개정
□지정기부금단체 범위 ∙국립대학병원 ∙서울대학교병원 ∙서울대학교치과병원 등 <신 설> ∙「참전유공자예우 및 단체설립에 관한 법률｣에 따른 대한민국6･25참전유공자회 ∙「고엽제후유의증 환자지원 등에 관한 법률｣에 따른대한민국고엽제전우회 등 <신 설> <신 설> ∙「학교안전사고 예방 및 보상에 관한 법률｣에 따른학교안전공제회 및 학교안전공제회중앙회 <신 설> ∙「대한민국재향군인회법｣에 따른 대한민국재향군인회 ∙「대한민국재향경우회법｣에 따른 대한민국재향경우회 <신 설> <신 설> ※ 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화･예술단체는 지정기부금단체로 인정(「법인세법 시행령」제36) <신 설>	□ 범위 추가 ∙(좌 동) ∙「국립대학치과병원 설치법｣에 따른 국립대학치과병원 ∙(좌 동) ∙「참전유공자예우 및 단체설립에 관한 법률」에 따른 대한민국월남전참전자회 ∙「군사정전에 관한 협정 체결 이후 납북피해자의 보상 및 지원에 관한 법률｣에 따른 전후납북자피해가족연합회 ∙(좌 동) ∙「영유아보육법｣에 따른 어린이집안전공제회 ∙(좌 동) ∙「대한민국재향소방동우회법｣에 따른 대한민국재향소방동우회 ∙「유네스코 활동에 관한 법률｣에 따른 유네스코한국위원회 □ 국제기구인 지정기부금단체 신설 ∙유엔난민기구(UNHCR) ∙세계식량계획(WFP) ∙국제이주기구(IOM) ∙글로벌녹색성장연구소(GGGI)

• 개정이유

▫ 기부문화 활성화 지원

• 적용시기 및 적용례

▫ 규칙 시행일 이후 지출하는 분부터 적용

4. 지정기부금단체 추천기한 변경(법칙 18조 ⑤)

• 개정내용

종전	개정
□ 지정기부금단체 추천기한 ∙매분기 종료일부터 20일 전까지	□ 추천기한 변경 ∙20일 전까지 → 1개월 전까지

• 개정이유

▫ 지정기부금단체 추천건수의 증가에 따른 검토기간, 관보게재 의뢰기간 등을 고려하여 지정기부금단체 추천기간을 변경

• 적용시기 및 적용례

▫ 규칙 시행일 이후 추천하는 분부터 적용

IV. 조세특례제한법 및 시행령 개정사항

1. 제약회사간 합병에 대한 과세특례 적용기한 연장(「조세특례제한법」제47조의 4,「조세특례제한법 시행령」제44조의 4)

• 개정내용

종전	개정
□ 합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례 ∙(대상) 모든 업종을 경영하는 내국법인 ∙(요건) 합병등기일부터 1년 이내에 중복자산을 양도하고 양도한 사업연도의 종료일까지 새로운 사업용 고정자산 취득 ∙(특례) 양도차익을 3년 거치 3년 분할익금산입 ∙(적용기한) 2012.12.31.	□ 제약회사간 합병에 따른 중복자산의 양도에 한해과세특례 적용기한 3년 연장 ∙(대상) 제약업을 주된 사업✽으로 경영하는 내국법인 ✽2 이상의 서로 다른 사업을 경영하는 경우 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 봄 ∙(좌 동) ∙(적용기한) 2015.12.31.

• 개정이유

▫ 제약회사 구조조정 지원

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 합병하는 분부터 적용

2. 자기관리 부동산투자회사에 대한 세제지원 확대 및 적용기한 연장(「조세특례제한법」제55조의 2)

• 개정내용

종전	개정
□ 자기관리 부동산투자회사✽의 주택임대소득 소득공제 ✽「부동산투자회사법｣에 따라 부동산에 투자하는 것을 주된 목적으로 설립된 회사로서 자산의 투자･운용을 직접 수행하는 회사 ∙(요건) 자기관리 부동산투자회사가 연면적 149㎡ 이하인 주택을 신축하거나 매입(미입주 주택)하여 임대 ∙(특례) 최초 소득발생 연도와 그 이후 5년간 소득금액의 50% 공제 ∙(적용기한) 2012.12.31.	□ 세제지원 확대 및 적용기한 3년 연장 ∙(좌 동) ∙소득공제율 50% → 100% ∙(적용기한) 2015.12.31.(3년 연장)

• 개정이유

▫ 서민주거 안정 및 부동산 거래정상화 지원

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 주택을 신축･매입하여 임대하는 분부터 적용

3. 혁신도시 이전 공공기관의 부동산 양도차익 과세이연 대상(「조세특례제한법 시행령」제58조)
　

<법률개정 내용(「조세특례제한법」제62조)>

• 과세이연 대상

－혁신도시 이전 공공기관의 양도차익 과세이연 대상이 되는 부동산의 범위를 ‘종전부동산’에서 ‘종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산’으로 명확화

• 개정내용

종전	개정
□ 혁신도시로 이전하는 공공기관이 종전부동산을 양도하는 경우 ∙(과세특례) 양도차익 5년 거치 5년 분할익금산입 ∙(대상 부동산) 수도권에 있는 청사 등의 건축물과 그 부지 ∙(적용기한) 2015.12.31.	∙(좌 동) ∙대상 부동산 범위 －「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지 ∙(좌 동)

• 개정이유

▫ 종전부동산’의 구체적인 범위를 종전부동산 처리계획에 명시된 건축물과 그 부지로 명확화

4. 조합법인에 대한 당기순이익 과세제도 개선(「조세특례제한법」제72조,「조세특례제한법 시행령」제69조)

• 개정내용

종전	개정
□ 조합법인✽에 대한 당기순이익 과세제도 ✽농협, 수협, 산림조합, 새마을금고, 신협, 중소기업협동조합, 엽연초생산협동조합, 소비자생활협동조합 ∙(과세표준) 재무제표상 당기순이익에 아래 사항을 세무조정 －접대비 －기부금 <추 가> <추 가> ∙(세율) 9% 단일세율 ∙(복식부기 기장) 의무면제 ∙(적용기한) 2012.12.31.	□ 제도개선 및 적용기한 2년 연장 ∙(과세표준) 세무조정 사항 추가 －(좌 동) －인건비･복리후생비 등 과다경비, 업무무관비용, 차입금 지급이자, 퇴직급여충당금 －채무보증 구상채권과 업무무관 가지급금에 대한 대손충당금･대손금 ∙(좌 동) ∙(복식부기 기장) 의무부여 ∙(적용기한) 2014.12.31.(2년 연장)

• 개정이유

▫ 일반 비영리법인이나 중소기업과의 과세형평 제고

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

5. 당기순이익 과세제도 적용 조합법인의 퇴직급여충당금 손금불산입액 계산방법(「조세특례제한법 시행규칙」제29조)
　

<시행령 개정 내용(조특령 69)>

• 조합법인에 대한 당기순이익 과세제도 세무조정사항 추가

－세무조정사항：(현행) 기부금, 접대비 → (개정) 과다경비, 업무무관비용, 차입금 지급이자, 퇴직급여충당금, 대손충당금･대손금(채무보증 구상채권, 업무무관 가지급금에 한함) 추가
－손금불산입액의 계산방법은 기획재정부령으로 정하도록 함

• 개정내용

종전	개정
󰊱 퇴직급여충당금 손금산입 한도(「법인세법 시행령」제60조 ②) ∙(2013년) 퇴직급여추계액 × 15% ∙(2014년) 퇴직급여추계액 × 10% ∙(2015년) 퇴직급여추계액 × 5% ∙(2016년) 퇴직급여추계액 × 0% 󰊲 위 ‘󰊱’의 한도 내로 적립한 퇴직급여충당금은 향후에 한도가 축소되더라도 익금에 환입하지 않음(「법인세법 시행령」제60조 ③) <신 설>	󰊱 (좌 동) 󰊲 (좌 동) ∙당기순이익 과세제도 적용법인의 2012사업연도말 현재 퇴직급여충당금 잔액은 ‘󰊱’에 따라 적립한 것으로 하여 향후 익금에 환입하지 않음

• 개정이유

• 2013년부터 퇴직급여충당금 세무조정을 하게 됨에 따른 조합법인들의 부담 완화
• 2012사업연도까지 기적립한 퇴직급여충당금은 익금에 환입하지 않고 향후 추가 적립분만 세무조정토록 함

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

6. 고유목적사업준비금 손금산입특례 적용기한 연장 및 대상 추가(「조세특례제한법」제74조)

• 개정내용

종전

개정

□ 수익사업 소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 대상법인 ∙사립학교(초･중･고･대학) 등 ∙국립대학법인 서울대학교 및 발전기금 등 <추 가> ∙사회복지법인 ∙국립대학병원, 서울대학교 병원 ･치과병원, 국립암센터 등 <추 가> ∙도서관, 박물관, 미술관, 예술의 전당, 전문예술법인 등 ∙국제행사 조직위원회(8개)✽ ✽2012여수세계박람회조직위, 2014인천아시아경기대회조직위, 2014인천장애인아시아경기대회조직위, 2015광주하계유니버시아드대회조직위, 2013평창동계스페셜올림픽조직위, 포뮬러원국제자동차경주대회조직위, 2012세계자연보전총회조직위, 2011대구세계육상선수권대회조직위 □ 수익사업 소득의 80%를 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 대상법인 ∙수도권 과밀억제권역 및 광역시 외 지역에서 의료업을 영위하는 비영리내국법인 □ (적용기한) 2012.12.31.

□ 대상법인 추가 및 적용기한 2년 연장 ∙(좌 동) ∙(좌 동) ∙국립대학법인 인천대학교 및 발전기금 추가 ∙(좌 동) ∙(좌 동) ∙국립대학치과병원, 국립중앙의료원 추가 ∙(좌 동) ∙국제행사 조직위원회 추가 및 삭제 －(추가：2개) 2013충주세계조정선수권 대회조직위, 2018 평창동계 올림픽대회 및 장애인동계 올림픽대회 조직위 －(삭제：2개) 2012세계자연보전총회 조직위, 2011대구세계육상선수권 대회조직위 □ (적용기한) 2014.12.31.

• 개정이유

▫ 공익성이 큰 단체들의 고유목적사업 수행 지원

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1.이 속하는 사업연도분부터 적용

7. 금융기관의 신용회복목적회사 출연금 손금산입특례 신설(「조세특례제한법」제104조의 11)

• 개정내용

종전	개정
<신 설>	□ 금융기관이 금융소외계층에 대한 신용보증을 지원하기 위하여 신용회복목적회사에 출연하는 경우 출연금 손금산입 ∙(적용기한) 2015.12.31.

• 개정이유

▫금융소외계층에 대한 신용보증 지원

• 적용시기 및 적용례

▫ 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

8. 「성장동력 확충 지원」 관련 적용기한 연장

제도	연장이유	적용기한
∙중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세(「조세특례제한법」제13조)	중소기업 창업, 벤처기업 투자활성화를 지속 지원	2년 연장(2014.12.31.까지)
∙주식의 현물출자에 의한 지주회사의 설립 등 과세특례(「조세특례제한법」제38조의 2)	기업지배구조의 투명성 제고를 위해 지주회사 설립 등을 지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)
∙내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제38조의 3)	기업구조조정 및 투자지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)
∙주주의 자산증여에 관한 법인세 등 과세특례(「조세특례제한법」제40조)
∙채권금융회사의 채무면제익 과세특례 (「조세특례제한법」제44조)
∙금융기관의 자산･부채 인수에 대한 법인세 과세특례(「조세특례제한법」제52)	부실금융기관 정상화와 예금자 보호를 지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)
∙영농조합법인･영어조합법인･농업회사법인에 대한 법인세 면제(「조세특례제한법」제66조~68조)	한･미, 한･EU FTA의 발효에 따라 농어업에 대해 지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)
∙신용회복목적회사에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제104의12)	금융소외자의 회생지원을 위해 신용회복목적회사에 대해 지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)
∙기업도시･신발전지역 개발사업구역내 토지의 현물출자에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제85조의 3)	기업도시･신발전지역의 원활한 개발사업을 지속 지원	3년 연장(2015.12.31.까지)

9. 「비과세･감면 정비」 관련 적용기한 종료

제도	연장이유	적용기한
∙기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제34조)	양도차익 중 채무상환 상당액을 3년 거치, 3년 분할익금산입	적용기업이 없는 등 실효성이 없는 비과세･감면 제도 정비
∙기업간 주식 등의 교환에 대한 과세특례 (「조세특례제한법」제46조)	주식양도차익에 대한 법인세･양도소득세를 양수 주식 처분시까지 과세이연
∙채무의 인수･변제에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제39조)	－(법인) 채무감소액을 3년 거치 3년 분할익금산입 －(법인주주) 채무 인수･변제액을 손금산입
∙감자에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제45조)	－(법인) 자산수증익 익금불산입 －(주주) 주식 장부가액 손금산입, 부당행위계산부인 적용배제
∙벤처기업 합병시 이월결손금 승계에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제47조의 3)	일정요건을 갖출 경우 법인이 벤처기업 합병시 이월결손금 승계	현행 「법인세법｣상 합병과세특례 규정으로 충분한 세제지원이 가능하므로 제도의 실익 없음
∙행복도시･혁신도시 개발예정지구내 공장의 지방이전에 대한 과세특례(「조세특례제한법」제85조의 2)	행정중심복합도시･혁신도시 예정지구내 공장을 지방이전을 위해 사업시행자에게 양도한 경우 공장토지･건물 양도차익을 5년 거치 5년 분할익금산입	금년말로 사업시행자에게로 양도가 종료될 예정이므로 적용기한 연장의 필요성이 없음

[박정규 세무사]

박회계사님! 고생많으셨습니다 ^^