체질에 따라 카페인에 굉장히 민감한 사람도 있으니 자신이 어떤지 잘 확인해봐야 하는 건 물론이고 남에게 무조건 커피를 권하는 것도 조심해야 한다. 몇 모금만 마셔도 극심한 현기증과 두통을 호소하는 경우도 있다.
불면증 과다 섭취 시 카페인이 중추 신경을 자극하여 불면증이 유발할 수 있다. 카페인에 대한 민감도에 따라 다르지만 잠 들기 최소 6시간 전에는 섭취를 하지 않는 것이 좋다. 다만 섭취하는 량에 따라 커피에 내성이 생길 수도 있기 때문에 개인간 불면증의 차이가 존재한다.
일사병 운동선수나 야외에서 시행되는 직종들은 대부분 평소에도 태양에 노출되있고 소모되는 수분량도 상대적으로 많기 때문에 업무 이후에 과도한 커피 섭취를 삼가자. 특히 평균적으로 기온이 높은 여름철에는 일사병등의 원인으로 작용할 수 있으니 주의해야 한다.
카페인 유발성 두통 드립 커피 기준으로 하루에 5-6잔 이상씩 2년 정도 마시면 60% 정도에서 카페인 유발성 두통이 생긴다. 카페인 자체는 뇌혈관 순환을 촉진하여 두통을 줄여주지만, 반발성으로 카페인이 없으면 두통을 유발시킨다.[62] 참고로 저 커피 기준은 드립 커피이다. 인스턴트 커피, 특히 자판기용 커피는 g당 카페인 함량이 37.5mg로, 12.2mg인 드립 커피, 19.7mg인 일반 인스턴트 커피에 비해 2~3배 정도 카페인 함량이 높으니 주의를 요한다. 즉, 인스턴트 커피는 하루 3잔, 자판기용 인스턴트 커피는 하루 2잔 이상 마시면 카페인 유발성 두통이 발생할 수 있다는 것.
심장마비 또는 탈수 술맛을 돋우기 위해서 섞어 마시기도 하는데,[63][64][65] 커피랑 섞어서 술이 맛있다고 많이 마시는 건 절대 삼가야 한다. 과음 자체도 해롭지만 커피랑 술을 섞은 것을 과다복용할 경우 자칫 잘못하면 심장마비나 탈수 때문에 골로 갈 수가 있으며 소화기 계통에 심각한 악영향을 끼친다.
입 냄새 입냄새에 심각한 기여를 한다. 미국에서는 아예 "coffee breath" (커피 숨결)라고 하며, 주기적으로 커피를 마시는 사람들은 입냄새에 각별히 신경쓰지 않으면 어마어마한 악취가 풍겨나온다. 커피애호가들은 항상 휴대용 양치도구나 귀찮으면 가글이라도 들고다니자.
불안감 카페인이 신경자극을 과도하게 하여 불안감이 생길 수 있다.
치아 착색 커피의 탄닌 성분과 검은 색소가 치아를 착색할 수 있다.
신경계 교란 카페인은 첨가제 역할을 해서 체내 순환을 교란시키고 뇌 시스템을 방해할 수 있다.
우울증 카페인 내성이 생기면 우울증을 악화시킬 수도 있다.
카페인 흡수량 증가 커피를 습관적으로 마시면 카페인 흡수량이 많아져 중독에 이를 수도 있다.
구토 및 어지럼증 간에 있는 카페인의 분해효소가 부족한 사람의 경우 커피 1잔에 들어있는 카페인 정도로도 심장이 심하게 뛰어 어지럼증이나 구토 증세를 보일 수 있다.
성장 저하 특히 중고등학교 시절에는 대학에 붙기 위해 잠을 줄이기 위해 커피를 선택하기도 한다. 카페인 성분으로 인해 신체발육이 늦거나 안 자랄수도 있다. 이는 직장인들도 예외가 아니다.