너무 어려운 한자를 사용할 경우 사회적 불편을 야기한다는 취지로 시작된 인명용 한자는 그동안 성명 선택권을 고려하여 지속적으로 글자수를 확대해 왔으나 한자 자형에 대한 정밀한 고찰 없이 그때그때 민원인에 요청에 맞춰 추가해 왔다. 출생신고 시 인명용 한자가 아닌 경우 우선 한글로 등록해 뒀다가 나중에 한자가 추가되면 추후보완신고를 진행하는 식인데, 대법원 관계자는 "시간이 걸릴 뿐 결국은 인명용으로 추가된다고 보면 된다"고 설명했다. 이럴 거면 애초의 취지는 무색해지고 괜히 두 번씩 추가 신고하느니 그때그때 신청을 받아 추가하는 게 낫다는 주장도 있다.#
한자를 모국어 문자로 사용하는 중국의 경우도 상용한자 3,500자, 일본은 2,999자(상용한자 2,136자 + 인명용 863자)로 제한하고 있는 상황에서 한국의 인명용 한자는 지나치게 많다는 비판이 있다.
그 밖에 지적되는 사항으로는 다음과 같은 것들이 있다.
"⺿"(++)와 "⺾"(卄)는 서로 바꾸어 쓸 수 있다는 단서가 있으므로 어느 한쪽으로 통일하여 표기하는 것이 바람직할 것이나, "애" 독음의 와 처럼 어느 글자는 "⺿"(++)로, 다른 글자는 "⺾"(卄)로 표기하는 등 일관성이 없다. 示변도 마찬가지다.
"애"와 "예"에서 와 는 아래의 '乂' 부분을 삐침이 있는 것과 없는 것의 두 가지 자형을 모두 수록하고 있는데, 정작 '乂'는 삐침이 있는 자형만 수록하고 있다.
"령"에서 伶은 의 형태를 허용하지만 정작 令과 令이 포함된 다른 글자들은 다른 형태(令의 아래가 マ꼴)를 허용하고 있지 않다.
동자(同字), 속자(俗字), 약자(略字)는 별표 2의 괄호 내에 기재된 것에 한하여 사용할 수 있다는 단서가 있음에도 어떤 글자는 별표 2에 괄호 안에 수록하기도 하고 어떤 글자들은 별표 1에 두 글자를 중복해서 수록하기도 하는 등 일관성이 없다. 예를 들어 匀와 勻은 "균"에서는 별표2에서 괄호의 형태로 勻(匀)로 수록되었는데 "윤"에서는 별표 1에 각각 수록되어 있다. 龜의 경우 "귀"와 "균"에서는 별표 2에서 괄호 처리하고, "구"에서는 별표 1에 각각 수록되어 있다.
"단"에서 와 는 旦과 且의 형태를 모두 수록한 것에 반해, 는 旦, 는 且의 형태로만 쓸 수 있다.
"저"에서 '돼지 저'의 속자인 猪만 수록하고 본자인 豬는 수록되지 않았다. 그런데 潴와 瀦는 犭변과 豕변의 두 형태를 모두 수록하고 있다.
"정"에서 靜은 별표2에서 신자체·간체자 형태인 静도 허용한다. 그런데 瀞의 경우는 에서 爭 부분은 바뀌지 않고 円만 月로 바뀐 도 함께 수록되어 있다.
해결된 문제
愼은 "진"에서 目이 日로 바뀐 으로 한동안 수록되어 있었다. 이후 입법 예고에서는 愼으로 정정하는 것으로 나왔는데, 최종본에서는 기존 자형을 두고 愼이 새로 추가되어 두 가지 자형이 모두 남았다.
娘은 본음은 "낭"이지만 어두에서는 "낭", 어말에서는 "랑"으로 사용되고 있다. 기존에는 "낭"에만 수록되어 있었고 첫소리가 "ㄴ" 또는 "ㄹ"인 한자를 "ㅇ" 또는 "ㄴ"으로 사용할 수 있다는 단서와는 반대의 경우라서 "랑"으로 쓸 수가 없었다. 최근 개정에서 "랑"에도 추가되었다.