문절망둑은 망둥어류 중에서는 대표적인 종이지만 그이름은 여러 망둥어와 혼용하여 쓰이고 있다. 그 이유는 망둥어류들이 대체로 크기가 작고 가격도 낮아 주요 수산물이 아니기 때문이며, 그 모양이 너무 비슷한 종이 많고, 분포 지역도 담수·해수·기수 지역 등 다양하기 때문이다. 문절망둑은 지방에 따라 문절이·문절어(순천·고흥·진해), 망둑이(경남북), 운저리(진도), 고생이(포항·강구), 문저리(통영), 꼬시래기(부산·마산) 등으로 불리우고 있다.
서유구의 <전어지(佃漁志)>에는 눈이 망원경 모양과 같이 생겼다 하여 ‘망동어(望瞳魚)’라고 기재하였다. 문절망둑의 학명은 Acanthogobius flavimanus이며 일반 영명은 Common brackish goby, goby(영), yellow goby(미)이며, 일본명은 마사제(マハゼ) 중국명은 紋鰕, 鰕虎魚이다. 문절망둑의 속명인 Acanthogobius는 그리이스어이 ‘가시’(akantha)와 ‘가치가 없는 작은 고기(kobius)’란 의미의 합성어이며, 일반명인 goby는 라틴어인 gobio에서 파생된 것이다. 독일에선 바닥에 사는 작은 고기란 뜻의 grundel, grondel로 불린다. 일본명인 하제(ハゼ)는 모래밭에서 사는 고기라는 데에서 유래하였으나, 버들잎 모양자나 남성의 음경을 뜻하는 말에서 유래했다는 설도 있다. 아무튼 문절망둑을 비롯한 망둑어류는 세계적으로 ‘바닥에 사는 별 가치 없는 작은 고기’란 뜻의 이름을 가지고 있다 할 수 있다.