대부분의 농약은 인체에 침투하였을 때 나쁜 영향을 끼치게 되며, 독성이 강한 농약은 조금만 인체에 침투되어도 매우 위험하다. 농약의 주요 침투경로로는 호흡기흡입(코), 피부(피부흡수), 소화기(섭취)를 들 수 있다. 이러한 중독은 대부분 농약이 인체에 침투되지 못하도록 함으로써 예방할 수 있다.
흡입
농약은 가스나 미세 분무액, 더스트(dust), 흄(fume), 연무상태로 존재할 때 쉽게 호흡기를 통해 폐로 침투한다. 가스 상태는 공기와 쉽게 혼합되고 다른 형태의 것들은 분무 등에 의해 방출된 후 일정시간 동안 공기 중에 부유하기 쉽다. 이런 입자들은 너무 작거나 잘 분산되어 있어 육안으로는 식별할 수 없을 때가 있다. 적절한 예방대책 없이 농약을 살포하는 것은 독성물질을 흡입할 수 있는 원인이 될 수 있음에 유의하여야 한다. 흄이나 가스 상태의 농약을 취급하는 사람들은 농약을 흡입할 위험성이 특히 높다.
피부 흡수
피부흡수는 가장 흔히 볼 수 있는 독성물질의 침투경로이다. 농약은 잡초의 표피나 해충의 체벽을 쉽게 침투하여 잡초와 해충을 죽게 만든다. 그러므로 이들 물질은 조심하여 다루지 않으면 사람의 피부도 쉽게 침투할 수 있다. 계면활성제나 용제가 함께 들어있는 농약은 작업자가 인식하지 못하는 사이에 작업복을 통과할 수 있기 때문에 특히 위험하다. 고온 작업조건에서는 피부의 땀구멍들이 개방되기 때문에 위험도가 높아지며, 고온상태에서는 베인 곳, 피부병이나 찰과상에 의해 손상된 피부를 통한 농약의 흡수가 빨라진다.
섭취
농약을 우발적으로 섭취하거나 농약으로 입 주위가 오염되는 것은 부적절한 습관 때문인 경우가 많다. 작업 중에 담배를 피우거나, 막힌 스프레이 노즐을 입으로 불거나, 음식을 먹기 전에 손이나 얼굴 등을 씻지 않는 행위 등을 사례로 들 수 있다. 그리고 농약을 다른 용기에 보관하였다가 농약을 음료수로 잘못 알고 마시는 일이 발생하기도 하는데 이런 행위는 절대 해서는 안 될 것이다. 독성이 미미한 농약이라 하더라도 이런 부적절한 습관에 의해 섭취된다면 중독의 원인이 될 수 있다.