적석사는 <강화부지>와 <전등사 본말사지> 등에 고구려 장수왕 4년(416년)에 천축조사가 고려산에서 오색 연꽃을 날려 그 꽃이 떨어진 곳마다 절을 창건하였는데, 적석사는 그 중 적(赤)색 연꽃이 떨어진 곳으로 절을 지어 적련사(赤蓮寺)라 하였으며,후에 적석사(績石寺)로 바뀌었다.
<강도지>에 의하면 “사찰은 고려산 서쪽 낙조봉 아래 있으니 적련사(赤蓮寺)라 한다. 사찰에 있는 우물은 맑고 깨끗하며 차고 달다. 나라에 재난이다가오면 물이 마르거나 탁해져 마실 수 없다. ” 또 “서쪽 낙조봉에 오르면 일몰의 경관이 빼어나 적석사 낙조가 강화도팔경의 하나로 선입(選入)되었다.”라고 기록되어 있는 것으로 보아 예로부터 신비한 우물과 더불어 명승고적으로 유명한 곳이다.
1998년 8월의 수해로 큰 피해를 입었으나 복원에 힘써 2005년에는 대웅전을 새롭게 중건 복원하였다.