치즈는 숙성이 계속되는 식품이므로 가능한 한 보관기간을 짧게 잡는 것이 좋다. 보관할 때는 통풍이 잘 되는 건냉한 곳이나 냉장고의 야채 칸이 적당하다. 치즈는 0℃ 이하에서 보관하면 치즈 안에 있는 수분이 동결되어 해동시킬 때 조직이 부스러지므로 얼리지 말아야 한다. 가공 치즈도 냉동보관은 품질저하의 원인이 된다. 가공 치즈는 냉장고에서 포장된 상태로 6개월 정도 장기 보관할 수 있다.
치즈의 신선도와 맛을 유지하려면 치즈별로 포장해둬야 한다. 치즈 냄새는 냉장고의 다른 음식에 스며들기 쉽고 특히 점액성이 있는 치즈는 다른 치즈나 음식의 냄새를 빨아들이기도 하기 때문이다. 포장은 치즈의 원래 포장지나 은박지, 랩으로 한다. 이때 연질 치즈는 랩보다 왁스나 기름 종이로 싸는 것이 낫다. 또한 두 개의 치즈를 딱 붙여두면 안 된다. 치즈와 치즈 사이에 공기가 잘 통하도록 해둔다.
치즈는 일단 한번 자르고 나면 맛과 향이 변하게 된다. 따라서 반드시 먹기 직전에 자르는 것이 좋다. 그리고 자른 치즈는 셀로판지로 싸두는 것도 좋다. 잘라낸 부분을 그대로 보관하면 건조되어 딱딱하게 되거나 곰팡이에 오염될 수 있다. 그러나 오염된 부분은 잘라내고 먹으면 된다. 굳어진 치즈는 체로 쳐서 분말로 만들어 요리에 사용하도록 한다.
치즈의 저장 기간은 종류에 따라 다르다. 수분이 많은 연질 치즈는 냉장고에서 약 3주 정도, 경질 치즈인 체다 치즈는 6개월 이상 보존할 수 있고 파메산 치즈와 같은 수분 함량이 적은 것은 더 오래 저장할 수 있다. 3주 이상 치즈를 보관할 때는 치즈를 뒤집어 놓는다. 치즈에 들어있는 자연 오일이 골고루 분산되므로 덜 딱딱해진다.
치즈는 조리하기 한 시간 전에 포장을 풀어놓고 온도를 실온에 맞추면 맛과 향이 살아난다. 단, 프레시 치즈는 녹으므로 미리 내놓지 않는다.