1. 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우에는 공급가액에 업종별 공제율을 곱한 금액(의제매입세액)을 납부세액에서 공제받을 수 있는 것이며
의제매입세액으로 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 합니다.
2. 귀 상담의 경우와 같이 의제매입세액으로 공제된 면세농산물 등이 면세로 판매된 경우에는 바로 불공제되며 농산물을 원재료로 제조ㆍ가공한 재화가 과세 및 면세로 판매여부가 불분명한 경우에 한하여 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 계산한 금액을 불공제처리하는 것입니다.
아래법령 및 사례를 참고하시기 바랍니다.
* 관련법령
* 부가가치세법 시행령 제62조 【의제매입세액계산】
① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 다음 각 호의 율을 곱한 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)
1. 음식점업: 다음 각 목의 구분에 따른 율 (2012. 2. 2. 개정)
가. 「개별소비세법」 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소의 경영자(이하 “과세유흥장소의 경영자”라 한다): 104분의 4 (2012. 2. 2. 개정)
나. 과세유흥장소의 경영자 외의 음식점을 영위하는 사업자: 106분의 6(개인사업자인 경우에는 108분의 8) (2012. 2. 2. 개정)
2. 제1호 외의 사업: 102분의 2 (2010. 12. 30. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다
* 참고사례
* 부가가치세법 집행기준 17-62-8 【의제매입세액 재계산】
면세로 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 구입시에 의제매입세액을 공제받은 후 해당 재화의 구성부분의 일부만을 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하고 나머지 부분은 그대로 양도 또는 인도하는 경우에는 그 공제한 의제매입세액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다. 이 경우 양도한 부분의 취득가액을 구분할 수 없거나 합리적인 구분 기준이 없는 때에는 양도한 부분의 양도가액을 기준으로 하여 계산할 수 있다.
* 제도46015-11868, 2001.07.04.
과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실질귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분하고 차기이월 원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 같은법시행령 제61조의 공통매입세액 안분계산방법을 준용하는 것임.
* 부가가치세기본통칙 5-3-16…17(겸업자의 의제매입세액 계산))
① 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분하고 차기이월 원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 영 제61조 제1항 규정을 준용한다.
② 영 제61조 제1항을 준용함에 있어서 적용하는 산식은 당해 사업장에서 매입한 면세원재료로써 제조・가공한 과세재화 또는 창출한 과세용역과 면세재화 또는 면세용역과의 총공급가액에 대한 과세재화 또는 과세용역 공급가액이 차지하는 비율에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료를 구분한다. (1995. 9. 1 개정)
③ 구분된 의제매입세액 공제대상 원재료의 매입가액으로 의제매입세액을 계산 공제한다.
④ 의제매입세액이 공제된 원재료가 과세재화 또는 과세용역의 원재료로 사용되지 아니하고 면세재화 또는 면세용역의 원재료로 전용되는 경우 영 제62조 제2항의 규정에 의하여 전용한 날이 속하는 예정 또는 확정신고시 추가 납부한다. (1995. 9. 1 개정)