신념 체계의 측면에서 볼 때 약간 진보적인 성격을 띠는 신복음주의 운동, 성서 해석의 방법에 있어서 엄격한 전통방식을 벗어나는 방식이 도입되었다. 합동 진보측은 이러한 시도들을 어느 정도 인정하는 편이었고, 합동 보수측은 매우 비판적인 태도를 취했다. 또한 교단 운영과 신학교 운영을 둘러싼 의견 불일치와 대립이 심화되었다. 1979년 9월 대구총회에서 합동 진보측이 합동 보수측을 총회장소에 들어오지 못하게 하였다. 이에 합동보수측은 대구 은일 교회당에서 자기들만의 또 다른 총회를 개최하였다. 그리하여 예수교장로회 합동측은 예수교 장로회 합동 진보와 예수교 장로회 합동 보수로 또 다시 분열 되었다. 합동 보수측은 분열 후에도 서로 마음이 맞지 않아 또 다시 몇 개의 교단으로 분열하였다.
⑤ 기타 장로교단의 분열
ㅇ 대한예수교 성경장로교 대한신학교의 교장 김치선의 주도로 합동 측에서 1960년 9월 창립하였다. 1961년 총회를 개최하여 완전 분열하게 되었다. 미국의 성경장로회 선교회의 원조를 받으며 국제 기독교협의회(ICCC)에 가입하였다. 이들은 근본주의 신앙을 가지고 성서대로만 믿고 그대로 실행한다.
ㅇ 대한예수교 호헌장로회 1962년 9월 제47회 합동 총회에서 분립하여 11월 19일 호헌총회를 창립하였다. 이들도 대한예수교성경장로교와 마찬가지로 국제기독교협의회(ICCC)에 가입하였다.