25.3.21 조세특례제한법 시행령 등 6개 시행령 개정

[이매진]

25.3.21 조세특례제한법 시행령 등 6개 시행령 개정

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기획재정부

250320 후속 시행령 개정안 보도자료(배포).pdf

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조세특례제한법 시행령 등 6개 시행령 개정

 - ‘25년 2월 국회 통과 세법 시행을 위한 규정 마련

  기획재정부는 2025년 2월 국회를 통과한 조세특례제한법 등 개정세법에서 위임한 사항을 규정하고 사망보험금 유동화로 지급 받는 연금 수령액의 비과세 요건 규정 등 신규 정책 수요 반영 및 기타 집행상의 미비점을 보완하기 위해 세법 시행령* 개정안을 마련하였습니다. 시행령 개정안은 입법예고, 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2025년 5월 중 공포·시행 될 예정입니다.

    * 국세기본법 시행령, 소득세법 시행령, 조세특례제한법 시행령, 상속세 및 증여세법 시행령, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령, 제주면세점규정 

※ 입법예고 기간

  - 상증령 : ‘25.3.21 ~ 4.16(26일)

  - 조특령 등 기타 시행령 : ’25.3.21 ~ 4.30(40일)

※ 자세한 내용은 첨부자료를 참고하여 주시기 바랍니다.

【 첨 부 】 시행령 개정안 주요내용

 
 ※ 세부적인 내용은 아래로 연락바랍니다. (044-215-내선번호)
 
  ▪ 조세특례제한법 시행령 법인관련(4221), 소득관련(4211), 기타(4131), 상속세 및 증여세법 시행령(4311), 국세기본법 시행령(4151), 소득세법 시행령(4211), 금융세제 관련 시행령(4231)

담당 부서	세제실	책임자	과  장	김문건	(044-215-4110)
	조세정책과	담당자	사무관	이종성	(jssj723@korea.kr)

참고

시행령 개정안 주요내용

 【조세특례제한법 시행령】

1. 중기업 규모 출판업 지원범위 구체화(조특령 §6 )

	< 법 개정내용(조특법 §7) >
□ 수도권에서 출판업을 영위하는 중기업에 대한 중소기업특별세액감면 감면율을 10%로 하고 출판업의 구체적인 범위는 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 수도권에서 중소기업 특별세액 감면이 적용되는 중기업 규모 출판업의 범위
	ㅇ 일반 서적 출판업

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

2. 연구개발세액공제 기술심의위원회의 심의사항 확대(조특령 §9⑮)

현  행	개  정  안
□ 연구개발세액공제 기술심의 위원회의 심의사항	□ 심의사항 확대
ㅇ 내국인의 연구개발 기술이 신성장･원천기술 또는 국가전략기술에 해당되는지 여부    ㅇ 신성장 사업화시설, 국가전략기술 사업화시설의 인정
<신 설>	ㅇ 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설의 인정

<개정이유> 투자세액공제가 적용되는 연구개발 시설 심의 근거 마련

<적용시기> ’25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

3. 국가전략기술 연구개발시설 및 신성장·원천기술 연구개발시설 규정
(조특령 §21④)

	< 법 개정내용(조특법 §24) >
□ 국가전략기술, 신성장･원천기술 관련 연구개발시설 투자에 대해 사업화시설 투자와 동일한 공제율 적용    통합투자세액공제 공제율 변화 비교       * (당해연도 투자액 - 직전 3년 평균 투자액)

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설의 정의
	ㅇ (국가전략기술 연구개발시설) 국가전략기술 연구･시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부･산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설       * 국가전략기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행하여 사용되는 시설도 국가전략기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능    ㅇ (신성장 원천기술 연구개발시설) 신성장･원천기술 연구･시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부･산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설       * 신성장･원천기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행하여 사용되는 시설도 신성장·원천기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능

<개정이유> 전략산업의 연구개발 촉진

4. 반도체 분야 국가전략기술 사업화시설 및 연구개발시설 규정
(조특령 §21④)

	< 법 개정내용(조특법 §24) >
□ 국가전략기술 반도체 투자에 대한 세액공제율 상향(+5%p)       * (현행) 대･중견 15% 중소 25% → (개정) 대･중견 20% 중소 30%

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 반도체 분야 국가전략기술 사업화시설, 연구개발시설의 정의
	ㅇ (사업화시설) 반도체 분야의 국가전략기술 사업화시설    ㅇ (연구개발시설) 반도체 분야의 국가전략기술 연구개발시설

<개정이유> 반도체 산업 경쟁력 강화

5. 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설
세액공제에 대한 사후관리(조특령 §21⑤ㆍ⑩ㆍ⑪ㆍ◯16)

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구개발시설(일반 연구개발 병행 시)에 대한 사후관리 특례    ㅇ (사후관리 기간) 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지    ㅇ (사후관리 기준) 사후관리 기간 동안의 누적 사용비율이 다음 기준을 충족하지 못하는 경우 전용(轉用)한 것으로 간주        - (전용시 납부세액) 공제세액 상당액(차액*) + 이자상당액 납부        * (예) 국가전략기술 연구개발시설 공제세액 등 – 일반시설 공제세액    ㅇ (자료제출) 사용시간* 관련 자료 작성·보관 및 제출(사후관리 마지막 과세연도 법인세 신고시) 의무       * 측정대상, 측정기간, 작성방법 등은 기획재정부령으로 규정

<개정이유> 연구개발시설 투자세액공제 합리화

6. 내일채움공제 중도해지시 소득세 감면을 적용하는 부득이한 사유 규정(조특령 §26의6)

	< 법 개정내용(조특법 §29의6) >
□ 기업의 부득이한 사유로 내일채움공제 중도해지시 만기를 채우지 못해도 근로자 수령액에 대해 소득세 감면*       * 중소기업 50%(청년 90%), 중견기업 30%(청년 50%)    ㅇ 부득이한 사유의 구체적인 내용을 시행령에 위임

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 내일채움공제 중도해지 시에도 소득세 감면 적용되는 부득이한 사유    ➊ 사업을 폐업하거나 휴업하는 경우    ➋ 법인을 해산하는 경우

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

7. 채용시 세제지원 대상 경력단절자 범위 확대(조특령 §26의8･§27)

	< 법 개정내용(조특법 §29의8②) >
□ 조세특례 적용대상*인 경력단절자의 요건 중 퇴직사유를 추가**하고 구체적인 사항은 시행령에 위임       * 통합고용 세액공제 우대공제(법§29의8), 중소기업 취업자 소득세 감면(법§30)    ** (현행) 결혼･임신･출산･자녀교육･육아(8세 이하) (개정) 결혼･임신･출산･자녀교육･육아･가족돌봄

현  행	개  정  안
□ 퇴직사유    ㅇ ➊결혼･➋임신･➌출산･➍육아･➎자녀교육       ➊ 퇴직 1년 이내 혼인 ➋ 퇴직 2년 이내 임신 또는 난임시술 ➌ 퇴직일 당시 임신한 상태 ➍ 퇴직일 당시 8세 이하 자녀가 있는 경우 ➎ 퇴직일 당시 ｢초･중등교육법｣에 따른     학교에 재학 중인 자녀가 있는 경우	□ 퇴직사유 추가
<추 가>	ㅇ (장애인* 자녀 육아) 퇴직일 당시 장애인 자녀가 있는 경우       * 「장애인복지법」 적용을 받는 경우    ㅇ (가족돌봄) 퇴직일 당시 고령 ･장애* 직계존속 동거봉양       * (고령) 70세 이상 (장애) 「장애인복지법」 적용을 받는 경우

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

8. 특별재난지역 고향사랑기부금 적용기간 구체화(조특령 §54 신설)

	< 법 개정내용(조특법 §58) >
□ 특별재난지역 선포일로부터 시행령으로 정하는 기간 이내에 특별재난지역에 기부한 고향사랑기부금의 세액공제율 상향*       * (~10만원) 100/110 (10만원~2,000만원) 15%<특별재난지역의 경우 30%>

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 특별재난지역 고향사랑기부금 적용기간 규정    ㅇ 특별재난지역 선포일로부터 3개월 이내에 기부한 고향사랑기부금에 대해 공제율 상향 적용

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

9. 노란우산공제 장기가입자에 대해 퇴직소득으로 과세하는 해약환급금의 경영악화 요건 규정(조특령 §80의3)

	< 법 개정내용(조특법 §86의3) >
□ 노란우산공제 10년 이상 장기가입자가 경영악화를 사유로 공제계약을 임의해지하는 경우 해약환급금에 대해 퇴직소득으로 과세     ㅇ 경영악화의 구체적인 요건은 시행령에 위임

현 행	개  정  안
<신 설>	□ 노란우산공제 10년 이상 가입자가 임의해지시에도 퇴직소득으로 과세하는 경영악화 요건    ㅇ 종합소득세ㆍ법인세 신고상 사업수입금액이 직전 3년 평균 사업수입금액 대비 50% 이상 감소

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

10. 해외건설자회사 출자전환차액상당액 손금산입 특례 신설(조특령 §104의30)

	< 법 개정내용(조특법 §104의33) >
□ 해외건설자회사 대여금 출자전환차액상당액에 대한 손금산입 특례 신설       * 출자전환차액상당액의 10%를 최대 10년 동안 손금에 산입할 수 있도록 허용    ㅇ 출자전환차액상당액의 계산 방법 및 사후관리 방법 등은 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 해외건설자회사 출자전환차액상당액 손금산입 특례    ㅇ (출자전환차액상당액) 출자전환 당시 대여금등의 장부가액에서 취득한 주식등의 시가를 차감한 금액*       * 출자전환 당시 손금에 산입한 금액이 있으면 추가 차감     ※ 손금산입 대상 금액: [출자전환차액상당액 - 해당 사업연도 종료일 현재 해외건설자회사 순자산 장부가액] × 10% (최대 10개 사업연도 동안 손금산입 가능)    ㅇ (합병･분할 시 승계) 합병･분할 등에 따라 해외건설자회사의 주식등을 승계한 법인이 손금산입 특례 승계 가능    ㅇ (사후관리) ➊해외건설자회사 순자산 장부가액 증가 시, ➋취득한 주식등 처분 시 익금산입      - ➊순자산 장부가액 증가 시: 출자전환 당시 장부가액 대비 장부가액 증가분만큼 익금산입      - ➋취득한 주식등 처분 시: 처분한 주식등의 비율만큼 익금산입    ㅇ (특례 신청절차) 과세표준 신고 시 특례 적용 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

11. 이스포츠대회 운영비용 세액공제 신설(조특령 §104의32 신설)

	< 법 개정내용(조특법 §104의35) >
□ 이스포츠대회 운영비용에 대한 법인세 세액공제 제도 신설       * 수도권 외의 지역에서 개최한 이스포츠대회 운영비용의 10%를 법인세에서 공제    ㅇ 이스포츠대회 운영비용의 범위 및 과세특례 신청 방법 등은 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 이스포츠대회 운영비용 세액공제    ㅇ (공제대상 운영비용) 상금, 경기장 대관비, 장비 대여료 등 해당 대회 운영에 직접 사용된 비용      - (공제 제외) 국가･지자체 지원금, 특수관계인에게 지급한 금액(상금 제외), 기업업무추진비에 해당하는 금액은 공제대상 운영비용에서 제외    ㅇ (공통비용 안분) 세액공제 대상 운영비용과 그 외 비용이 공통되는 경우 안분하여 공제        * 구체적 안분 기준은 시행규칙에서 규정      - ➊수도권과 수도권 외 지역에서 지출한 비용 구분: 지역별로 구분하여 경리한 금액으로 하되, 구분이 어려울 경우 대회 개최 일수로 안분      - ➋세액공제 비용항목과 공제 제외 비용항목의 구분: 항목별로 구분하여 경리한 금액으로 하되, 구분이 불가능할 경우 세액공제 적용 불가    ㅇ (특례 신청절차) 과세표준 신고 시 운영비용 명세서 및 공제 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 【상속세 및 증여세법 시행령】

1. 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 범위 확대 관련 세부사항 규정(상증령 §34의3)

	< 법 개정내용(상증법 §45의5) >
□ 특정법인(지배주주등의 지분율 30% 이상)이 지배주주의 특수관계인과 거래 시 지배주주에게 거래를 통한 증여의제가 적용되는 범위에 자본거래 추가    ㅇ 증여의제가 적용되는 자본거래의 유형 및 증여의제 이익 계산방법 등 구체적인 사항을 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 증여의제 적용대상 자본거래 유형    ➊ (불균등 감자) 특수관계법인*의 주식 등을 주식보유 비율에 의하지 않거나 고가ㆍ저가로 소각하는 감자       * 특정법인의 지배주주와 특수관계인인 법인    ➋ (불균등 증자) 특수관계법인의 일부 주주가 신주 인수를 포기하거나 고가ㆍ저가로 신주를 인수하는 증자    ➌ (현물출자) 특수관계법인의 주식등을 고가ㆍ저가로 인수하는 현물출자    ➍ (주식전환) 전환사채등을 통하여 전환가액보다 높거나 낮은 가액의 주식을 교부받는 주식전환    ➎ (초과배당) 특수관계인이 특수관계법인의 배당을 포기하는 등 주식보유 비율에 의하지 않은 배당    ❻ (합병) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 불공정한 비율의 합병    ❼ (주식의 포괄적 교환ㆍ이전) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 소유지분이나 가액이 변동하는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전
<신 설>	□ 증여의제 이익 계산방법    ㅇ 자본거래로 특정법인이 얻은 이익 × 주주의 지분율

<개정이유> 특정법인과 거래 이익 증여의제가 적용되는 자본거래 구체화

2. 투자조합의 증권 등 보유·거래내역 등 제출시 세부사항 규정
(상증령 §84)

	< 법 개정내용(상증법 §82) >
□ 투자조합이 증권 등을 보유·거래하는 경우 해당 내역 및 조합원 관련 사항을 제출하도록 의무 부여     ㅇ 제출대상, 자료의 내용, 제출시기 등 구체적인 사항은 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 자료 제출대상    ㅇ 투자를 목적으로 「민법」 제703조와 다른 법률에 따라 설립하는 투자조합*       * 「벤처투자조합 촉진에 관한 법률」에 따른 개인투자조합 등 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합 「소재․부품․장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법」에 따른 전문투자조합
<신 설>	□ 자료의 내용    ➀ 투자조합의 증권 등 보유내역 및 거래내역    ➁ 투자조합 조합원 출자지분 내역 및 변동내역
<신 설>	□ 제출시기    ㅇ 과세연도의 종료일부터 3개월 이내

<개정이유> 투자조합 자료제출 의무 규정 구체화

 【국세기본법 시행령】

1. 세무공무원에 대한 포상금 지급방법 규정(국기령§65의5 신설)

	< 법 개정내용(국기법 §84의3 신설) >
□ 국세의 부과ㆍ징수ㆍ송무에 특별한 공로가 인정되는 자에 대하여 포상금 지급    ㅇ 지급 대상 및 한도, 방법 등은 시행령에 위임

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 세무공무원에 대한 포상금 지급     ㅇ (대상) 부과ㆍ징수 및 승소 공로자     ➊ (부과ㆍ징수) 은닉재산ㆍ부당 세액공제 확인 등*을 통하여 국세 부과ㆍ징수에 기여한 자        * 명단공개, 감치대상 확정 등을 통한 자진납세 유도 포함     ➋ (승소) 국세청 소관 소송업무를 수행하여 해당 소송의 승소판결에 기여한 자    ㅇ (지급액) 징수금 또는 승소금액의 10%* 이내       * 지급액 300만원 이하의 경우 미적용       ㅇ (지급한도) 인당 연간 2천만원

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

2. 이행강제금 관련 규정 마련

	< 법 개정내용(국기법 §84의3 신설) >
□ 세무조사 과정에서 세법상 자료제출 의무 불이행에 대하여 이행강제금 제도 도입    ㅇ 부과기준 및 절차 등은 시행령에 위임

 (1) 이행강제금 부과기준 규정(국기법 §67의4 및 별표 신설)

현  행	개  정  안
<신 설>	□ (부과기준) ➀의무 불이행기간 × ➁1일당 부과금액    ➀ (대상기간) 세무조사 기간* 중 의무 불이행기간        * 자료제출 의무 불이행으로 인한 세무조사 중단기간 포함    ➁ (1일당 부과금액)     - (원칙) 직전 3개 과세기간 일 평균수입금액 × (0.001 ~0.002)*        * 일 평균수입금액별 부과비율 :  15억원 이하 : 2/1,000  15억원 초과 30억원 이하 : 2/1,500  30억원 초과 : 1/1,000     - (예외) 평균수입금액 불분명시 500만원 이하   □ (부과절차) 금액, 사유, 납부기한 등을 서면통지   □ (부과방법) 이행기한 도과시 매 30일 마다 부과

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 (2) 이행강제금심의위원회 운영규정(국기령 §67의5 신설)

현  행	개  정  안
<신 설>	□ 이행강제금심의위원회 심의 및 운영    ㅇ (심의사항)     ➊ 세무조사의 목적ㆍ범위에 부합하는지 여부     ➋ 장부등을 고의로 미제출하여 세무조사를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는지 여부     ➌ 기존 과태료 부과로는 세무조사의 목적 달성이 곤란한지 여부     ➍ 이행노력 등을 고려한 감경ㆍ면제 필요성    ㅇ (구성) 위원장이 지정하는 위원* 6명(전문가 4명 이상)으로 구성하고, 4인 이상 출석 시 개의 및 과반수 의결        * ➀ 위원장(지방국세청장) 포함 지방 국세청 소속 공무원 6명 이내 ➁ 법률ㆍ회계ㆍ세무 관련 전문가 13명 이내    ㅇ (임기) 2년 이내    ㅇ (공개 여부) 비공개 원칙(필요시 공개)    ㅇ (제척 및 회피요건) 관련 세무조사 참여, 부과 대상자와 친족관계인 경우 등

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 【소득세법 시행령】

1. 사망보험금 유동화에 따른 보험차익 비과세 요건 합리화(소득령§25)

현  행	개  정  안
□ 월적립식 저축성보험의 보험차익 비과세 요건    ㅇ (계약기간) 10년 이상     - 보장성보험 → 저축성보험 변경시 변경일부터 10년 이상   <추 가>                  ㅇ (납입한도) 월 150만원 이하	□ 사망보험금의 유동화 시 기간요건 합리화          - 요건*을 갖춘 사망보험금의 유동화 시 변경 전 보험의 계약 체결일부터 10년 이상 기준 적용      * ① 사망보험금이 9억원 이하일 것 ② 월적립식 종신보험일 것 ③ 보험료를 납입완료하였을 것  ④ 65세 이후 연금형태로 수령할 것 ⑤ 계약자·피보험자·수익자가 동일인일 것    ㅇ (좌 동)

<개정이유> 노후 연금수령 지원 강화

<적용시기> ‘25.7.1. 이후 사망보험금 유동화를 통해 연금수령으로 전환하여 지급받는 소득분부터 적용

2. 조각투자 제도화에 따른 조각투자상품 범위 추가(소득령 §26의3)

현  행	개  정  안
□ 조각투자상품인 비금전 신탁 수익증권 (➊ + ➋)	□ 조각투자 제도화에 따라 발행한 수익증권 추가 (➊-1 또는 ➊-2 + ➋)
➊ 혁신금융사업자*가 「자본시장법」 제110조에 대한 특례를 적용받아 발행한 수익증권일 것       * 「금융혁신법」에 따라 금융위원회가 혁신금융서비스로 지정한 금융서비스를 제공하는 회사	➊-1 (좌 동)
<추 가>	➊-2 신탁업자가 단일한 자산을 신탁받아「자산유동화법」에 따라 발행한 수익증권으로서 ｢자본시장법｣에 따라 모집(50인 이상)된 것일 것
➋ 신탁의 이익이 연 1회 이상 분배될 것(이익이 0보다 큰 경우 등 제외)	➋ (좌 동)

<개정이유> 조각투자상품 과세범위 합리화

<적용시기> ‘25.7.1. 이후 지급받는 소득분부터 적용

3. 주택차액 연금계좌 납입ㆍ사후관리 요건 보완(소득령 §40의2)

현  행	개  정  안
□ 연금계좌 납입한도	□ 주택차액 납입 요건 보완
ㅇ 연금저축 + 퇴직연금  : 연간 1,800만원	ㅇ (좌 동)
ㅇ 추가납입 가능 항목 (➋·➌ 합산 생애누적 1억원 한도)     ➊ ISA계좌 만기 시 전환금액	ㅇ (좌 동)       ➊ (좌 동)
➋ 주택 다운사이징 차액      - 부부 중 1명 60세 이상      - 부부합산 1주택자      - 기준시가 12억원 이하 주택 양도      - 주택 양도일 6개월 내 납입	➋ (좌 동)
- 연금주택 양도가액 > 본인이 취득한 축소주택 취득가액	- 연금주택 양도가액 > 본인 또는 그 배우자가 취득한 축소주택 취득가액
➌ 기초연금수급자의 장기보유 부동산 양도차익	➌ (좌 동)
□ 주택차액 연금계좌 추가납입 사후관리* 요건       * 추가납입액을 연금보험료로 보지 않음	□ 주택차액 사후관리 요건 보완
ㅇ 납입당시 대상 요건 미충족	ㅇ (좌 동)
ㅇ 납입 후 5년 내 본인이 주택 취득한 경우로, “다운사이징 차액* < 연금계좌 납입액”       * (연금주택 양도가액) - (축소주택 취득가액)	ㅇ 납입 후 5년 내 본인 또는 그 배우자가 주택 취득한 경우로, “다운사이징 차액 < 연금계좌 납입액”

<개정이유> 조세회피 방지

<적용시기> 납입요건영 시행일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용
사후관리영 시행일 이후 주택을 취득하는 경우부터 적용

 【제주면세점규정】

1. 제주지정면세점 주류 별도 면세범위 조정 (제주면세점규정 §5)

현  행	개  정  안
□ 주류 별도 면세범위	□ 병수 기준 삭제

<개정이유> 지정면세점 소비자 선택권 확대

<적용시기> 영 시행일 이후 구매하는 분부터 적용