독도박물관은 1995년 울릉군의 대지 제공과 삼성문화재단의 건물 건축, 이종학 초대관장의 기증 자료와 홍순칠 대장 유품, 독도의용수비대 동지회와 푸른울릉독도가꾸기모임 등의 자료를 바탕으로 1997년 개관했다.
독도박물관은 8,068㎡의 대지 위에 연면적 1,600㎡의 지하 1층, 지상 2층의 규모로 지어졌다. 박물관의 외형은 독도의 옛 모습인 삼봉도를 형상화했다. 독도박물관은 3개의 상설전시실과 기획전시실, 중앙홀, 자연생태영상실, 독도전망로비 등의 시설을 갖추고 있고, 야외전시장인 야외독도박물원이 조성되어 있다.
제1전시실에는 〈삼국사기 三國史記〉, 〈증보문헌비고 增補文獻備考〉, 〈삼국접양지도 三國接壤之圖〉 등을 포함해 서기 512년부터 1900년대까지의 우리나라와 일본, 러시아의 자료가 전시되어 있다. 제2전시실에는 우리나라와 일본의 고지도와 각종 문헌들이 전시되어 있는데, 주요 전시물로는 1894년 청일전쟁 시기에 제작된 〈대일본급조선청국전도 大日本及朝鮮淸國全圖〉가 있다. 제3전시실에는 독도 의용수비대와 푸른울릉독도가꾸기모임의 활동상과 일본의 독도 관련 연구서, 망언 관련 자료가 전시되어 있다.
야외독도박물원에는 울릉도산 자연석 828개로 이루어진 축대 위에 독도박물관표석과 대마도표석이 세워져 있다. 독도발문관 표석은 1998년 이순신장군 순국 400주년을 기념해 제막되었고, 대마도표석은 박물관 개관 5주년을 기념해 2002년에 세워졌다. 관람시간은 오전 9시부터 오후 6시까지이며, 관람료는 무료이다.
경상북도 울릉군 울릉읍 약수터길 90-17번지에 위치하고 있다.