경남도 의사회는 공문에서 "정부가 한의학의 기초연구와 임상연구를 강화하고 한의학 교육을 진료중심에서 연구중심으로 전환한다는 목적으로 '국립대학교 한의학전문대학원'설립을 추진하고 있다"며"경남도에서는 국립경상대학교가 대학 특성화와 대학 발전이라는 명분 아래 한의학전문대학원 유치를 추진하고 있고,전국 여러 국립대학교도 이에 뒤질세라 한의학전문대학원 유치를 위해 경쟁적으로 힘을 소모하고 있다"고 지적했다.
이어 "국립 한의학전문대학원 신설은 국가 보건의료정책의 방향과 비전의 큰 틀에서 논의돼야 함에도불구하고,한의계의 이권과 각 국립대학의 통합·발전을 위한 이기적인 논리에 의해 추진되고 있는 것에 우려를 금할 수 없다"며 "국민보건향상과 의료제도의 일원화를 위해 한의학전문대학원 설립을 강력 반대한다"면서 "국립경상대학교의 한의학전문대학원 설립 계획을 철회해 달라"고 요청했다.
한편 경상남도의사회는 '국립경상대학교 한의학전문대학원 설립에 대한 입장'을 통해 ▲국립 한의학전문대학원의 설립은 그간 정부가 취해 온 의료일원화 정책방향을 일거에 뒤집는 폭거적 사태이며, 의료이원화에 따른 제도적 모순을 심화·고착시켜 국민 의료이용의 혼란과 불편 그리고 국민의료비 증가만 초래할 것이라고 우려했다.
또 정부에서 국립한의과대학 및 한의학전문대학원 설립 취지로 내세우고 있는 한의학의 정체성 확립 및 세계 최고 수준의 한의학 육성은 대학 또는 대학원의 설치·운영으로는 실현될 수 없는 허구의 정책으로,세계적으로 대체의학은 과학적인 검증과정을 거쳐 의학의 한 분야로 편입 발전되고 있는 추세며,중국 등에 비해 차별된 한의학 육성을 위해서라면 의학에 대한 세계적이며 보편적 시각에서 한의학을 하루 빨리 과학화해야 한다고 주장했다.
이어 의료계는 한의계와 학술토론회를 통해 의학교육 과정의 통합 등을 모색한 바 있으며, 이의 연장선에서 질병치료라는 궁극적인 공동목표를 위해 의학과 한의학이 통합되기를 주장하며, 지금과 같은 정치적 목적 달성을 위한 정책추진에 실망을 금치 못한다고 밝혔다.
경남도의사회는 이같은 이유로 현재와 같이 이원화된 의료체계에서는 국립대학교에 한의학전문대학원을 설치를 반대한다는 점을 분명히 했다.
그러나 국가적으로 의료일원화정책의 구체적인 일정 속에서 의대나 의학전문대학원내에 한의학과를 설치하는 것은 적극 찬성하며 모든 지원을 아끼지 않겠다고 강조했다.