샤먼대학은 중국 화교사회의 저명한 지도자이자 싱가포르의 고무왕으로 불리는 진가경(陳嘉庚, 천자겅)이 1921년에 창설한 대학교이다. "교육입국의 근본”이란 신념하에 고향땅에서 가까운 샤먼에 투자하여 설립한 중국 근대교육 역사상 최초로 화교가 창설한 대학이다.
샤먼은 1920~30년대 개발 붐이 불었는데, 샤먼의 땅값은 상하이 조계 다음으로 높았다. 샤먼의 건설 붐은 중국에서 개발의 기회를 찾던 외국인 회사와 건축가들을 끌어들였으며, 미국인 헨리 K. 머피가 1921년에 샤먼대학교를 설계했다.
서양 궁전식 건물로 디자인된 이 대학은 중화인민공화국 교육부 직속 대학, 국가중점대학 중 하나로 중국에서 석사 과정을 처음으로 개설한 3개의 대학 중 하나이다. 중국 동남지역에서 학술수준이 가장 높은 종합대학으로 알려져 있다.
26개 학부, 66개 학과에 학생 40,000명, 교수 1,600여명 규모로 2016년 기준 한국인 유학생은 약 100여명 정도이며, 우리나라 인하대학교와 자매결연을 맺고 있다.
타이완과 경계지역인 샤먼에 있는 대학인만큼 타이완 연구로 명성을 날리고 있는데, 1980년에 타이완연구소로 출발하여 2004년에 타이완연구원으로 승격하였다. 현재 7개 학과에 전임연구원 15명, 겸임연구원 15명이 소속되어 있는 중국 최대의 타이완 연구기관이다.
또한 말레이시아에 분교가 설치되어 있는데, 이는 중국의 유명 대학이 설립한 첫 번째 해외 분교로 일찍 개방된 지역의 대학답게 국제화에 앞장서고 있음을 대변해 주고 있다. 루쉰(魯迅)이 한때 이곳에서 교편을 잡았기에 교내에 루쉰기념관을 설치해 놓았다.