장애인 스포츠의 꽃이라 불리는 휠체어농구는 Ludwig Guttmann경이 1944년 영국 에일즈베리市 스토크맨드빌 병원에서 2차 대전 부상자들을 대상으로 처음 시작되었으며, 1946년 미국에서 미국휠체어농구협회(NWBA: National Wheelchair Basketball Association)가 결성되면서 본격적으로 시작되었다. 장애인의 올림픽 경기인 패럴림픽(Paralympic)에서 정식 종목으로 채택된 것은 1964년 동경 패럴림픽 대회였다.
현재 유럽을 중심으로 세계에서 97개국이 휠체어 농구를 하고 있으며, 아시아 지역에서는 한국, 일본, 중국, 홍콩, 대만, 말레이시아, 필리핀, 태국, 싱가폴 등 2000년도 들어 지속적으로 늘고 있는 추세이다. 국내에서는 1984년 삼육재활원 휠체어농구팀이 처음 창단되면서 시작되었다. 1985년에는 재가(在家) 장애인을 중심으로 한 정립회관 휠체어농구팀이 창단되었고, 그 해 국내 최초의 휠체어농구 경기가 정립회관에서 개최되었다. 우리나라 최초의 공식 경기는 1985년 제5회 전국장애인체육대회였다. 이후 홀트, 충남, 대구 등 많은 팀이 창단되었다. 1988년 제8회 서울 패럴림픽 대회에서 주최국의 이점을 안고 출전하였으나 짧은 역사, 경기력 부족 등으로 인하여 16개국 중 13위를 하였고, 이후 선수층 및 경기력의 향상으로 1998년 방콕(금메달), 2002년 부산(은메달), 2006년 말레이시아(동메달), 2014년 인천세계선수권대회(6위), 2014년 인천장애인아시안게임 금메달의 높은 성적을 이루었다.
국내 대회로는 충무기 쟁탈 전국휠체어농구대회(1989년)를 시작으로, 홀트배 전국휠체어농구대회(1995년), 회장배 전국휠체어농구대회(1997년), 전국휠체어농구연맹전(1997년), 대구컵 전국휠체어농구대회(1998년), 우정사업본부장배, SK텔레콤배 등의 단일대회와 전국장애인체육대회 그리고 장애인스포츠 최초의 리그인 휠체어농구리그(2015년 11월)가 있다.