화농성 간농양은 발열이 가장 흔한 증상으로 화농성 간농양 환자의 80%에서 발생한다. 그러나 간이라는 비교적 큰 장기의 안쪽 깊숙한 곳에 고름집이 있기 때문에 피로, 식욕 감소, 전신 근육통과 함께 체중 감소 등 막연한 증상만 발생하고, 정작 간에서 발생한 문제라는 것을 추정할만한 증상은 발생하지 않는 경우가 많다. 특이적인 증상으로는 복통, 우상복부 압통(단순하게 아픈 것을 넘어, 누르면 더 아픈 것을 의미한다), 황달 등이 있으며, 복통은 55%, 우상복부 압통도 55%, 황달은 10~25%만이 발생한다. 발열과 황달 그리고 우상복부 통증이 발생하면 전형적으로 화농성 간농양을 의심할 수 있지만, 이러한 경우는 전체 화농성 간농양 환자 10명 중에서 1명에 불과하다. 이렇게 비특이적 증상만 발생하기 때문에 발열, 오한 그리고 전신 근육통 등의 증상만으로 여러 가지 검사를 하여도 발열의 원인을 찾지 못하다가 간농양으로 진단되는 경우도 있다.
이에 비해 아메바성 간농양은 좀 더 추정하기 쉽다. 아메바 만연 지역을 여행한 후 발생한 간농양 환자의 95%가 여행 후 5개월 이내에 발병한 것이며, 발열이 80%, 우상복부 통증도 80%, 우상복부 압통 역시 75%에서 발생한다. 그러므로 최근 6개월 이내에 앞서 언급한 아메바 만연 지역을 여행한 사람에게 발열과 우상복부 통증 혹은 압통이 발생하는 경우 아메바성 간농양을 의심할 수 있다. 이외에도 체중 감소, 구토, 설사, 황달 등의 증상이 동반될 수 있으나, 이러한 증상만으로 화농성 간농양인지, 아메바성 간농양인지 정확하게 구분할 수는 없다.