이 영화는 전편 <혹성탈출: 진화의 시작>의 유인원 대탈주 사건 이후 10년이 지난 시점에서 시작된다. 10년 후 치명적인 바이러스로 인해, 인류는 멸종위기에 처해 고아가 수없이 늘어나고 있는 반면, 유인원 집단은 인간의 지능을 뛰어넘는 발전을 거듭하며 폐허가 된 샌프란시스코에서는 인근의 산속에서 야생 동물을 사냥하면서 평화롭게 지낸다. 그들의 무리 중 우두머리는 전편에서 인간의 잔인함을 목격하고 실망하여 인간의 곁을 떠난 '시저'. 그는 동료들에게 언어와 수화를 가르치고 집단 규율을 만들었는데, 가장 인상적인 규율은 '유인원은 유인원을 죽이지 않는다.'라는 것. 시저는 이 규율을 유지하면서 지내고 있던 중 아들이 생겼다. 아버지와는 달리 소심한 큰아들 블루아이즈와 아내 코넬리아가 낳은 이제 막 태어난 둘째가 생긴 것이다.
그러나 영원할 것 같던 이들의 평화에 예상치 못한 일이 벌어지기 시작한다. 샌프란시스코에서 겨우 생존하여 살아남은 소수의 인간들이 외곽을 수색하면서 시저의 동료들과 조우하게 된 것이다. 이 과정에서 당황한 남자는 침팬지 한 마리를 권총으로 사살하게 되는데, 수십 마리의 유인원들이 그들을 포위한다. 그러나 시저는 인간들을 살려 보내고 돌아가라는데 이 과정에서 유인원 집단에 의견충돌이 발생한다. '인간이 먼저 우리 동료를 습격했으니 먼저 복수를 해야한다.'는 전쟁불사론과 '양측의 막대한 희생을 막기 위해 평화를 유지해야한다.'는 평화유지론이 크게 대립한다. 이를 두고 방안을 찾고자 시저는 갈등한다.
그러던 어느 날 연료 고갈에 처한 인간들이 생존을 위해 전기가 필요하다며 유인원 군락 근처에 있는 소형 수력발전기를 가동하게 해달라는 부탁을 하려고 말콤이라는 사람이 유인원 마을을 찾아온다. 시저는 인간을 도와주려 하지만, 2인자인 '코바'가 그것에 대해 불만을 표출한다. 전편에서 실험실에 오랫동안 갇혀 인간들에게 극심한 고문을 당해왔던 코바는 인간을 매우 적대시하고 시저와 갈등이 생긴다. 코바는 시저가 인간을 사랑한다는 이유로 총으로 쏴 시저를 죽이려하고 인간들과의 전쟁을 선포한다. 코바에게 총을 맞은 시저는 말콤부부의 도움으로 다행히 목숨을 건지고 결국엔 코바와 일전을 벌인다.
싸움에서 승리한 시저는 '유인원은 유인원을 죽이지 않는다.'는 말을 하며 목숨을 구걸하는 코바에게 '넌 유인원이 아니다.'라는 말을 남기고 코바를 처단한다. 그렇게 다시 말콤과 만나게 된 시저는 “전쟁은 이미 시작되었고 인간들은 더 이상 우리를 용서하지 않을 것”이라고 짐작한다. 진짜 전쟁은 다음 편에서 시작될 것을 예고하며 영화는 끝이 난다.
2014년 8월 1일 영화관 입장권 통합전산망에 따르면 '혹성탈출'의 누적관객수는 395만 2017명이다.
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