전자세금계산서 제도가 도입되면서 당초에 전송된 세금계산서를 파기할 수 없게 되어 당초에 발행한 세금계산서를 정정하는 수정세금계산서 규정이 중요시되고 있는 현실이다.
현행 세법에서 규정하고 있는 적법한 수정세금계산서를 발행하는 경우에는 가산세가 부과되지 않는다.
1. 당초 공급이 환입(반품)된 경우
당초 공급한 재화가 환입(반품)된 경우에는 재화가 환입(반품)된 날을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발행하면 된다. 이때 세금계산서의 비고란에 당초 세금계산서의 작성일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 수정세금계산서를 발행한다.
2. 계약의 해제로 공급되지 않은 경우
계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 않은 경우 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 하여 수정세금계산서를 발급하면 된다. 이때 비고란에 당초 세금계산서의 작성일을 부기하고, 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 수정세금계산서를 발행한다.
3. 공급가액이 변동된 경우
계약의 변경 등에 따라 공급가액이 변동되는 경우 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발행하면 된다. 이때 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 수정세금계산서를 발행한다.
4. 내국신용장 개설 또는 구매확인서 발급
재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되거나 구매확인서가 발급된 경우에는 내국신용장 또는 구매확인서가 개설된 때에 당초 세금계산서 작성일을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발행하면 된다. 이때 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 발행하고, 추가로 당초에 발행한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨 또는 (-)표시를 하여 세금계산서를 발행한다.
5. 필요적 기재사항 착오 오기
필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 당초에 발행한 세금계산서의 내용 대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 발행하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 세금계산서를 발행한다.
6. 필요적 기재사항 착오 외의 사유로 오기
필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 기재된 경우에는 위의 5번과는 달리 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지만 수정세금계산서를 발행할 수 있다. 이 경우 수정세금계산서의 발행방법은 위 5번과 동일하다.
7. 착오로 인한 이중발행
착오로 세금계산서를 이중으로 발행한 경우에는 처음에 발행한 세금계산서의 내용대로 (-)의 표시를 하여 수정세금계산서를 발행하면 된다.
8. 세금계산서 발행대상 아닌 거래에 발행
면세 등 세금계산서 발행대상이 아닌 거래 등에 대하여 세금계산서를 발행한 경우에는 처음에 발행한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 수정세금계산서를 발급하면 된다.
9. 세율을 잘못 적용하여 발행
세율을 잘못 적용하여 발행한 경우에는 당초에 발행한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 (-)표시를 하여 발행하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발행하면 된다.
주의할 점은 위 5번 및 6번의 경우 과세표준 및 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 수정세금계산서를 발행할 수 없다는 것이다. 여기서 경정할 것을 미리 알고 있는 경우란 세무조사의 통지를 받은 경우, 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 또는 세무서장으로부터 과세 자료의 해명안내 통지를 받은 경우 등을 말한다
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