브루나이 강 북쪽 너머에 있는 경작하는 삐상 사바 : 사바 주(Negeri Sabah)
보르네오 섬에 약 2,3만년 전 사람들이 이주해 온 것으로 짐작된다. 이들은 주로 오스트랄로이드(Australoid) 또는 네그리토스(Negritos)인으로 추정된다. 기원전 3000년 무렵 오스트로네시안 몽골로이드인(Austronesia Mongoloid)이 추가로 이주해 왔다.
브루나이 지역은 인도 종교인 힌두교와 불교의 영향을 깊이 받았다. 개인의 영토에 영향력을 발휘하고 있는 다양한 부족장에 의해 지배를 받아 왔다. 부르나이에 대한 역사는, 중국 기록들이 남아 있다. 이 나라를 가리키는 명칭은 조여괄(趙如适)의 『제번지(諸蕃志)』에 '발니(渤泥)', 『송사(宋史)』에 '발니(浡尼)'라고 나온다. 두 기록을 종합해 보면 태평흥국(太平興國) 2년(977)에 이 나라에서 사절을 보냈다고 하니 이것이 두 나라 접촉의 시작이다. 다만 동남아시아 역사를 구성할 때 자주 이용하는 고대 중국 사료에 따르면, 10세기경 중국은 동남아시아의 뿌니(Puni)라는 왕국과 무역 관계가 있었는데 이 왕국을 브루나이의 전신으로 추측한다.
브루나이는 지리적 여건상 자바(Jawa) 섬에서 흥기하는 왕조들과 경쟁해야 했지만, 주로 자바 왕국들(마자자빠힛, )의 통제를 받는 위치에 있었다. 중국에 사절을 보내고 우호적 관계를 유지하고자 하였는데 그것은 자바 왕국들을 견제하고자 함이었다.
9세기경에 현 인도네시아 수마트라(Sumatra)의 빨렘방(Palembang)을 중심으로 일어난 스리위자야(Srivijaya) 왕국와 자바(Hawa) 섬의 마자빠힛(Majapahit) 왕국의 영향 아래 있었다.
중국과의 접촉을 고려한다면 이미 10세기에 이곳에 중국인들이 이주해 와 살고 있었다고 사료된다. 왜냐하면 중국과의 교섭에 중국어나 한자 구사 능력이 필수이고, 그 일은 대부분 중국인들이 담당했기 때문이다. 중국과 무역이 행해졌었고, 통역 역시 중국인이 필요했다.
브루나이가 송 조정에 사절을 보낸 이후 브루나이와 중국과의 관계는 줄곧 우호적이었던 것 같다. 명대에 이르면 이곳의 왕이 직접 수도 남경을 찾았고, 이에 대한 황제의 감격 및 환대에 대한 사서의 묘사는 감동적이기까지 하다. 『명사(明史)』에 의하면, 홍무(洪武) 3년(1370)에 중국에서 먼저 사절을 보내 조공하게 했다 하며, 이에 응해 사절이 오기 시작해 영락(永樂) 3년(1405)에는 브루나이의 왕이 왕후 및 자제들을 이끌고 직접 중국을 방문했다고 한다. 왕의 일행은 복건(福建)의 유명한 대외 교역 도시 천주(泉州)로 들어왔고, 오랜 여정을 경과하여 3년 뒤에 수도에 도착했다. 『명사(明史)』에는 이렇게 여정이 늘어진 이유가 중도 곳곳에서 환대를 받았기 때문이라고 하지만, 자세한 내막은 알 수 없다. 왕이 중국을 직접 찾는 일은 동남아시아에서 종종 있었던 일이었다. 이렇듯 왕비며 자제들을 모두 이끌고 긴 여행을 한 사례는 브루나이가 최초였다. 『명사(明史)』에 기록되어 있는 대로 왕은 남경에서 객사를 했고, 그 묘소는 아직도 남경에 있으니, 왕이 친조한 것은 확실하다. 왕위 계승 분쟁이나 내분 때문에 피신했던 것 같지는 않고, 단지 이 시기도 자바( Jawa)의 공격에 시달리면서 그 세력을 견제할 후원자를 찾고자 함이었던 듯하다.
결과적으로 왕이 목숨까지 바쳐야 했던 이 여행은 성공적이었다. 영락제는 극진히 브루나이 왕가 일행을 대접했고, 브루나이 왕실에 대한 보호 세력을 자처했다. 왕은 사망했지만, 왕자 일행은 중국 군대의 호위를 받으며 귀국해 왕위에 올랐다. 왕은 중국으로부터 책봉받았고, 3년 1공을 허락받았다고 한다. 왕으로 책봉을 받으면 적어도 중국의 황제 아래 태국이나 믈라까, 베트남, 참파 등 각국 왕과 동격으로 간주되는 것이니, 브루나이 왕실의 외교는 큰 수확을 거둔 셈이다.
명의 보호를 더 확고히 과시하고자 함이었는지 브루나이의 왕은 나라 안에 있는 성스러운 산에 기념비를 세워 줄 것을 부탁했고, 영락제는 "··· 예부터 먼 곳으로부터 천도(天道)를 받들고 성교(聖敎)를 듣고자 황제의 궁정을 직접 찾아온 자들은 있으나 처자, 형제, 친척, 신하들을 모두 이끌고 와 황제 앞에 신하됨을 청하고 엎드린 자는 발니(浡泥) 국왕 한 사람 뿐이다 ···."라는 내용이 포함된 장문을 새겨 넣은 비석을 세우고 '장령진국지산(長寧鎭國之山)'이라 봉했다고 한다. 이에 대한 고마움의 표시였던 것 같은데, 1412년에 왕은 모친을 포함한 가솔들을 이끌고 다시 영락제를 찾았으니, 양국 사이 우호 관계의 절정이었다.
이후 조공 사절은 물론 양국 상인들의 왕래가 그치지 않았다. 중국인들의 활동도 활발해 브루나이 조정에서 고위직 관리를 맡았던 인물에 대해서도 기록하고 있다. 특히 명말에 중국 남부 광동과 복건에서 들끓었던 해적들이 이곳으로 이동했다 하니, 중국과의 교류는 다방면에서 활발했다.
시기적으로, 명과의 교류가 빈번하던 15세기 이후에 브루나이에 이슬람교가 들어와 있음직도 하지만 『명사(明史)』에서는 전혀 언급하고 있지 않다. 그러나 16세기 초에 씌어진 『수마 오리엔탈(Suma Oriental)』의 저자 똠 삐레(Tome Pires)는 브루나이의 왕이 "최근 개종을 했다"라고 기술하고 있다(Ricklefs 2001 : 10). 브루나이는 이 세기에 전성기를 구가하며 지배 영역을 북부 보르네오는 물론 동북부로 필리핀의 일부까지 확대하였다(Sardesai 1997 : 306).
1300~1400년대(14세기, 15세기)에 마자빠힛 왕국에 속한 브루나이는 교역국이었다가 독립하였다. 15세기에 이르러 브루나이는 주변 강대국들로부터 상당히 독립적인 지위를 획득한 것으로 보인다. 15세기 중반에 이곳 왕이 주변국을 견제할 세력으로 중국을 대신해서 그 당시 강력한 해상무역왕국으로 부상하고 있는 믈라까와 우호관계를 맺어 믈라까 왕에게 딸을 보내 결혼을 시키고 이슬람교 받아들였다.
1473년부터 1524년까지 브루나이를 통치한 제6대 술탄 볼키아흐의 재직 기간 동안, 술탄령의 제해권은 사바를 넘어 술루 군도, 북으로는 마닐라, 심지어 사라왁에 남쪽으로는 반자르마신까지 확대되었다. 1511년에, 포르투갈이 교역의 중심인 믈라까을 정복하여, 아랍 상인들과 이슬람 상인들의 믈라까 출입을 금지시켜 브루나이로 대거 몰려들었다.
16세기의 전성기시 해상 무역 거점지로 보르네오 해안 전체와 마닐라와 술루 일대까지 지배했다. 하지만 전성기는 백여년을 가지 못했다. 이후 스페인과 포르투갈의 무역선들이 들이닦치기 시작했다. 16세기 말부터 유럽의 대항해시대가 시작된 것이다. 동쪽에서 스페인과 서쪽에서 포르투갈의 진출로 인해 브루나이 왕국은 쇠퇴하기 시작했다. 스페인인들이 필리핀에 들어오기 시작했기 때문에 브루나이의 교역로의 팽창은 오래 가지 못했다. 단지 브루나이가 북부 보르네오 지역에서 다방면의 대외 접촉을 가지며 맹주 역할을 해 온 것은 분명한 것 같다.
1521년 페르디난드 마젤란의 첫 방문에서는 마젤란이 필리핀 제도에서 사망했으나, 50년 뒤 서쪽으로 진출한 스페인은 브루나이의 무역거점이었던 마닐라를 빼앗고(1578), 브루나이를 공격해 일시적으로 브루나이를 점령하기까지 하였다.
1658년 브루나이 술탄은 후반기 술탄령 내 시민 내전을 해결한 보상으로 보르네오의 북부 및 동부 지역을 술루 술탄에게 양도했다고 하지만, 많은 자료들이 브루나이는 사바의 그 어떠한 부분도 술루 술탄령에 양도하지 않았다고 주장한다(Rozan Yunos (2013년 3월 7일). “Sabah and the Sulu claims”. The Brunei Times.).
19세기 말 브루나이 왕국의 영토였던 북부 보르네오 섬 사바(Sabah)는 영국의 식민지가 되면서 동인도회사에 넘겨졌고, 1881년에 "사바"(Sabah)라는 이름은 공식적으로 "북부 보르네오"(Borneo Utara)로 바뀌었다. 사바(Sabah)에 있는 남쪽 지역들은 네델란드의 식민지였다. 1880년대 초기에는 미국의 무역상인 모세가 브루나이에서 사바(Sabah)의 땅을 빌렸다. 임대한 이 땅은 결국에는 영국인 알프레드 덴트로 넘어갔는데, 1881년 알프레드 덴트에게 양도되었으며, 그는 동년 영국 북부 보르네오 프로비져널 협회(the British North Borneo Provisional Association)를 형성하였으며, 이 회사가 영국 정부의 허가를 받게 되었다. 이듬해 5월에 영국 북보르네오 회사(the British North Borneo Company : the North Borneo Chartered Company : 북부 보르네오 영국령 특허 회사)가 설립되었고 꾸닷(Kudat)이 수도가 되었다. 1881년에 브루나이와 술루와 함께 이 땅의 임대를 할당제로 바꾸는 조약을 맺었다. 영국 북부 보르네오 특허 회사(British North Borneo Chart Company)가 일본 점령기까지 지배를 했었으며, 2차 세계대전 후 사바(Sabah)는 영국의 크라운 식민지로 되었으며, 1963년 8월 31일에 독립을 하면서 "사바(Sabah)" 이름을 다시 사용하였고 1963년 9월 16일에 사라왁주와 함께 말레이시아연방으로 합병되었다. 브루나이의 다른 지역은 현재의 일부를 제외하고 인도네시아로 속하게 되었다.