2025년 세법개정안 기재위 전체회의 통과

[이매진]

2025년 세법개정안 기재위 전체회의 통과

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기획재정부

251130 세법개정안 기재위 전체회의 통과(최종).pdf

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2025년 세법개정안 기재위 전체회의 통과

□ 국회 기획재정위원회는 `25.11.30.(일) 소득세법, 조세특례제한법 등 총 11개 세법개정안을 의결하였다.

   * 국세기본법, 국세징수법, 소득세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 부가가치세법, 개별소비세법, 농어촌특별세법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 관세법

□ 정부가 `25.9.3 국회에 제출한 세법개정안 대비 주요 수정 내용은 다음과 같다.

국세징수법

 ➊ 한국자산관리공사에 가상자산 매각 위탁 시행시기 3개월 유예

    * (정부안) ‘26.7.1. 시행 → (수정안) ’26.10.1. 시행

 ➋ 고액‧상습 체납자 감치 제도 현행 유지

부가가치세법

 ➊ 거짓세금계산서 발급･수취에 대한 가산세율 상향(3→4%)

 ➋ 납세의무자에게 실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 제출 의무 부과

개별소비세법

 ➊ 합성니코틴 담배에 대한 한시적 개별소비세 감면* 신설

    * 법 시행일(「담배사업법」 개정안 시행일과 동일)부터 2년간 50% 감면

조세특례제한법

 ➊ 배당소득 분리과세 최고세율 인하 등 관련 제도 수정*

구분	정부안	수정안
적용세율	• 3억원 초과구간 35%	• 3억원 초과 50억원 이하 구간 25% 50억원 초과구간 30%
시행시기	• ‘26년 발생한 이익 배당분	• ‘26.1.1. 이후 지급한 배당분
적용대상 전제요건	• 전년대비 배당이 감소하지 않을 것	• ‘24년 사업연도 대비 배당이 감소하지 않을 것
노력형법인 적용요건	• 직전 3년 평균대비 5% 이상 증가	• 전년대비 10% 이상 증가

 ➋ 상호금융 예탁금ㆍ출자금에 대한 이자ㆍ배당소득 비과세 대상 조정*

    * (정부안) 총급여 5천만원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용

      (수정안) 총급여 7천만원 초과 준조합원등에 대해 저율 분리과세 적용

 ➌ 청년미래적금 이자소득 비과세 도입

 ➍ 청년미래적금 가입을 위해 청년도약계좌 중도 해지 시 감면세액 미추징

 ➎ 상생협력기금 출연금 세액공제 대상에 무역보험기금* 추가

    * 내국법인이 중소·중견기업 보증·대출지원을 위해 출연하는 경우 출연금의 5~10% 세액공제

 ➏ 한국산업은행의 첨단전략산업기금 출연금 손금산입 특례 신설

 ➐ 도서지방 자가발전용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 1년 연장*

    * (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

 ➑ 농·임업인에 제공되는 목재펠릿에 대한 부가가치세 면제 적용기한 1년 연장*

    * (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

 ➒ 연안여객선박용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 1년 연장*

    * (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

 ➓ 연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면 적용기한 1년 연장*

    * (정부안) ‘28.12.31. → (수정안) ’26.12.31.

 ⓫ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례* 지원대상 지역을 비수도권 인구감소관심지역까지 확대

    * 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용

 ⓬ 비수도권 소재 준공 후 미분양 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 특례* 적용기한** 연장

    * 1주택자가 준공후 미분양 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용

   ** (현행) ‘25.12.31.까지 취득 → (개정) ’26.12.31.까지 취득

 ⓭ 장애인표준사업장 소득·법인세 감면 확대

    * (현행) 3년 100% + 2년 50% 감면 → (개정) 3년 100% + 2년 50% + 5년 30% 감면

 ⓮ 연구개발 우수인력 근로자 수에 따른 연구개발특구 입주기업 세액감면 한도 확대

    * (현행) 투자누계액의 50% + 상시근로자 수 x 1,500만원(청년·서비스업 2,000만원) → (개정) 투자누계액의 50% + 상시근로자 수 x 1,500만원(청년·서비스업·우수인력 2,000만원)

 ⓯ 기회발전특구 창업기업 등에 대한 소득·법인세 감면 적용기한 연장

    * (현행) ‘26.12.31. → (개정) ‘28.12.31.

 ⓰ 조세지출결산서 작성 의무 신설 및 조세감면제도 유지 의견 제출 시 의견서에 포함될 내용 구체화*

    * 조세감면 필요성, 정책목표 달성시기, 세수감면 보완 대책 등 포함

 ⓱ 저도수 혼성주류에 대한 한시적 주세 감면* 신설

    * ‘26.4.1.~’28.12.31. 기간동안 일정 출고량 한도 내에서 세율 30% 경감

 ⓲ 생계형 체납자의 징수곤란 소액체납액(5천만원 이하) 납부의무 소멸 특례 신설

관세법

 ➊ 항공기 부분품 관세 면제 3년 연장(~‘28.12.31.) 및 감면율 단계적 축소 구간 폐지

    * 감면율: (현행) ’25년 100%, ‘26년 80%, ’27년 60%, ’28년 40%, ’29년 20%, ‘30년 종료
(개정) ’25~‘28년 100%, ’29년 종료

 ➋ 희귀·필수의약품센터가 수입하는 희귀병 의약품 관세·부가가치세 면제 신설

 ➌ 해외자원개발을 통해 확보한 핵심광물* 관세 면제 신설

    * 「국가자원안보 특별법」에 따른 핵심광물

 ➍ 관세청의 마약류 관련 정보 요청 대상(승객예약자료, 위치정보 등)에 마약류 원료물질 및 임시마약류 정보도 포함되도록 일괄 정비

 ➎ 마약류 등 유해물품 휴대·은닉 의심자에 대한 신체 검색 가능 사유 구체화

    * (정부안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심되는 경우 →
(수정안) 휴대하거나 숨기고 있다고 의심할만한 상당한 이유가 있는 경우

  - 마약류 외 원료물질·임시마약류 휴대·은닉 의심자도 검색 가능 대상에 포함

농어촌특별세법

 ➊ 농어촌특별세 비과세 대상에 청년미래적금 추가

 
 ※ 세부적인 내용은 아래로 연락바랍니다. (044-215-내선번호)
 
  ▪ 국세기본법·국세징수법(4151, 4152, 4154),
소득세제(4211~3, 4215~4217), 금융세제 및 교육세법(4231~4234, 4236),
법인세제(4221~4, 4226),
상속증여세·양도소득세·종합부동산세(4311~4, 4316, 4308),
부가가치세(4321~3, 4326),
개별소비세(4331, 4333, 4337),
조세특례(4131~3, 4136, 4191, 4194~5),
국제조세(4651~4653, 4656),
관세(4411~3, 4416~4418)

담당 부서	세제실	책임자	과  장	김문건	(044-215-4110)
	조세정책과	담당자	서기관	권순배	(oh471@korea.kr)

     

참 고

정부안 대비 주요 수정내용 상세본

국세징수법

１ 체납자에 대한 실태확인 범위 명확화 등(국징법 §10의2)

정  부  안	수  정  안
□ 체납자 실태조사    ㅇ (범위) 납세자의 체납 원인, 납부 능력 등을 파악하기 위한 조사(구체적 범위 시행령으로 위임)	□ 체납자 실태확인(명칭 변경)    ㅇ (범위) 납세자의 체납 원인, 납부 능력 등을 파악하기 위한 확인     ➊ 체납자의 실태확인을 위해 자료의 제출 요구 또는 질문     ➋ 체납자의 납부의사 또는 납부계획 확인     ➌ 체납액 관련 설명을 위한 전화 또는 방문     ➍ ➊~➌에 준하는 단순 사실행위
ㅇ 직무상 취득 정보 누설 금지 의무 대상 : 조사원	ㅇ 직무상 취득 정보 누설 금지 의무 대상 : 실태확인원 또는 실태확인원이었던 자
ㅇ 실태조사 방법‧절차 시행령 위임	ㅇ 실태조사 조사‧방법 및 조사원의 교육‧감독 등 시행령 위임

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

２ 가상자산 매각 위탁 시행시기 변경(국징법 §103)

정  부  안	수  정  안
□ 국세청의 가상자산 매각 업무를 한국자산관리공사에 위탁    ㅇ (시행시기) ‘26.7.1. 이후 시행	□ 시행시기 3개월 유예      ㅇ ‘26.7.1. → ’26.10.1. 이후 시행

< 수정이유 > 한국자산관리공사의 집행 준비기간 확보

３ 고액‧상습 체납자 감치 신청 면제사유 신설 철회(국징법 §115)

정  부  안	수  정  안
□ 고액‧상습체납자 감치 면제 사유    ㅇ 심판청구 등이 계속중인 경우    ㅇ 최근 2년간 체납액 대비 납부비율이 50% 이상인 경우    ㅇ 수탁자 및 양도담보권자가 물적 납세의무 관련 체납한 경우	□ 현행 유지

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

부가가치세법

１ 거짓세금계산서 발급･수취에 대한 가산세율 상향(부가법 §60)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 거짓세금계산서 발급･수취에 대한 가산세	□ 가산세율 상향
ㅇ (대상)     ➊ 가공세금계산서등 발급･수취     ➋ 사업자가 아닌 자의 가공세금계산서 발급･수취
ㅇ (세율) 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3%	ㅇ (세율) 3 → 4%

< 개정이유 > 조세탈루 방지

< 시행시기 > ’26.1.1. 이후 가공세금계산서등을 발급･수취하는 분부터 적용

２ 납세의무자에게 실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 제출 의무 부과(부가법 §74)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 납세의무자의 자료제출 등 의무 및 이에 따른 과태료	□ 자료제출 범위 확대
ㅇ (목적) 납세보전 또는 조사    ㅇ (대상자) 납세의무자
ㅇ (의무) 장부･서류 등 제출 및 그 밖에 필요한 사항	ㅇ (의무) 장부･서류 등(실질적 사업운영 현황을 입증할 수 있는 증빙자료 포함) 제출 및 그 밖에 필요한 사항
ㅇ (과태료) 2천만원 이하	ㅇ (좌 동)

< 개정이유 > 조세탈루 방지

< 시행시기 > ’26.1.1. 납세지 관할 세무서장이 제출하도록 하는 분부터 적용

개별소비세법

１ 합성니코틴 담배에 대한 한시적 개별소비세 경감 신설(개소법 §1②)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 합성니코틴 담배* 한시적 감면 신설       * 「담배사업법」 개정으로 담배의 정의 확대 (원료: 연초의 잎 → 연초 및 니코틴)    ㅇ 법 시행일*부터 2년간 세율 50% 감면 적용       * 「담배사업법」 일부개정안 시행일

 ※ 「담배사업법」 일부개정안의 의결을 전제로 함

< 개정이유 > 담배사업법 개정에 따른 영세사업자 초기 부담 경감

< 시행시기 > 법 시행일 이후 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용

조세특례제한법

１ 무역보험기금 출연금을 상생협력기금 출연금 세액공제 대상에 추가(조특법 §8의3)

정  부  안	수  정  안
□ 상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제 적용기한 연장	□ 공제대상 기금에 무역보험기금 추가
ㅇ (공제대상 및 공제율)
- 대·중소기업 상생협력을 위한 출연금*: 10%       * 신보･기보 출연금, 대･중소･농어업 협력재단 출연금, 중소기업 사내·공동근로복지기금 출연금 등
- 협력중소기업에 유형고정자산 무상임대: 장부가액의 3%
- 수탁중소기업에 연구시설 등 설치: 투자금액의 1/3/7% (대/중견/중소기업)
- 대학 등에 중고자산 무상기증: 해당 자산 시가의 10%
<추 가>	- 무역보험기금 출연금: (중소기업 보증·대출지원) 10% (중견기업 보증·대출지원) 5%
ㅇ (적용기한) ’28.12.31.	ㅇ (좌 동)

< 수정이유 > 수출기업 상생협력 지원

< 시행시기 > ‘26.1.1. 이후 출연하는 분부터 적용

２ 연구개발특구 입주기업에 대한 세액감면 한도 확대(조특법 §12의2③)

정  부  안	수  정  안
□ 연구개발특구 입주기업에 대한 소득세·법인세 감면	□ 감면 확대
ㅇ (대상) 연구개발특구법에 따른 첨단기술기업 및 연구소기업	ㅇ (좌  동)
ㅇ (감면율) 3년 100% + 2년 50%	ㅇ (좌  동)
ㅇ (감면한도) 투자누계액 50% + 상시근로자수 × 1,500만원 (청년·서비스업 2,000만원)	ㅇ (감면한도 확대) 투자누계액 50% + 상시근로자수 × 1,500만원 (청년·서비스업·연구개발우수인력 2,000만원)
ㅇ (적용기한) ‘28.12.31.	ㅇ (좌  동)

< 수정이유 > 연구개발특구 입주기업의 경쟁력 제고

< 시행시기 > ‘26.1.1. 이후 개시하는 과세연도의 소득세 또는 법인세를 감면하는 분부터 적용

３ 인구감소지역 주택 취득 특례 적용 범위 확대(조특법 §71의2)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례*       * 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용	□ 지원대상 확대
ㅇ (주택소재지) 인구감소지역      - 단, 수도권 및 광역시 구지역은 제외하되, 수도권 내 접경지역은 포함	ㅇ 비수도권 인구감소 관심지역 추가      - (좌 동)
ㅇ (적용기간) ’24.1.4.~’26.12.31. 취득분	ㅇ (좌 동)

< 개정이유 > 지방균형발전 지원 및 지방 주택경기 활성화

< 시행시기 > ‘25.11.28. 이후 취득하는 주택분부터 적용

４ 장애인 표준사업장에 대한 세액감면 확대(조특법 §85의6②)

정  부  안	수  정  안
□ 장애인 표준사업장에 대한 소득세·법인세 감면	□ 감면 확대
ㅇ (대상) 장애인 표준사업장	ㅇ (좌  동)
ㅇ (감면율) 3년 100% + 2년 50%	ㅇ (감면율) 3년 100% + 2년 50% + 5년 30%
ㅇ (감면한도) 1억원 + 장애인상시근로자 수 × 2천만원	ㅇ (좌  동)
ㅇ (적용기한) ‘28.12.31.	ㅇ (좌  동)

< 수정이유 > 장애인 일자리 창출 지원

< 시행시기 > ‘26.1.1. 이후 장애인 표준사업장으로 인증받은 내국인부터 적용

５ 상호금융 예탁금‧출자금 비과세 적용기한 연장등
(조특법 §88의5․§89의3, 조특령 §82의5․§83의3)

정  부  안	수  정  안
□ 상호금융 예탁금·출자금 저율분리과세 일부 도입	□ 저율분리과세 전환 대상 축소
ㅇ (과세특례) 가입일에 따라 비과세 또는 저율 분리과세     ➊ 농ㆍ어ㆍ임업인 조합원, 총급여 5,000만원* 이하 가입자       * 종합소득금액 3,800만원	ㅇ (좌 동)       ➊ 농ㆍ어ㆍ임업인 조합원, 총급여 7,000만원* 이하 가입자       * 종합소득금액 6,000만원
➋ 총급여 5,000만원* 초과 가입자 (농ㆍ어ㆍ임업인 조합원 제외)       * 종합소득금액 3,800만원	➋ 총급여 7,000만원* 초과 가입자 (농ㆍ어ㆍ임업인 조합원 제외)       * 종합소득금액 6,000만원

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

< 적용시기 > ’26.1.1. 이후 가입·출자하는 분부터 적용

６ 청년도약계좌 비과세 미추징 사유 추가(조특법 §91의22)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 청년도약계좌에 대한 비과세 추징    ㅇ (추징) 계약 체결일로부터 3년 이내 해지시 비과세 적용받은 상당세액 추징	□ 감면세액 미추징 사유 추가
- (미추징 사유)
▪사망, 해외이주, 혼인ㆍ출산 등 부득이한 사유로 중도해지 시
<추 가>	▪ 청년미래적금 가입을 위해 대통령령으로 정하는 요건을 갖추어 중도해지 시

< 개정이유 > 청년도약계좌 가입자 보호

７ 청년미래적금 과세특례 신설(조특법 §91의25)

현행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 청년미래적금 과세특례 신설    ㅇ (가입요건) ➊만 19~34세 ➋총급여 7,500만원 또는 종합소득금액 6,300만원 이하 등      - 직전 3개연도 중 1회 이상 금융소득종합과세 대상자 제외    ㅇ (세제지원) 계좌에서 발생하는 이자소득 비과세    ㅇ (납입한도) 연 600만원    ㅇ (의무가입기간) 3년       * 의무가입기간 경과 전 인출·해지 시 감면세액 추징    ㅇ (적용기한) ‘28.12.31.까지 가입분

< 개정이유 > 청년 자산형성 지원

８ 비수도권 준공 후 미분양 주택 취득 특례 적용기한 연장(조특법 §98의9)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 준공 후 미분양 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례*       * 1주택자가 준공후 미분양 주택 취득시 기존 보유주택에 대해 1세대 1주택 특례 적용	□ 적용기한 연장
ㅇ (대상주택) 아래 요건을 모두 충족      - 비수도권 소재      - 대통령령으로 정하는 면적ㆍ가액 기준*         * 전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하
- ‘24.1.10. ~ ’25.12.31. 중 취득	- ‘25.12.31. → ‘26.12.31.

< 개정이유 > 지방균형발전 지원 및 지방 주택경기 활성화

９ 생계형 체납자의 체납액 납부의무 소멸 특례 신설(조특법 §99의15)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 생계형체납자의 체납액 납부의무 소멸
	ㅇ (대상) 다음 요건을 모두 갖춘 거주자     - 실태조사일 이전에 모든 사업을 폐업한 경우로서 실태조사 결과 경제적 어려움으로 체납액의 납부가 곤란하다고 인정될 것     - 소멸대상체납액*이 5천만원 이하일 것        * 실태조사 결과 납부가 곤란하다고 인정되는 ‘25.1.1. 이전에 발생한 종합소득세‧부가가치세 등 체납액     - 폐업 직전 3개 과세연도의 사업소득 총수입금액의 평균 금액이 일정 금액(시행령에서 규정*) 미만일 것        * 업종별 성실신고확인대상자 총수입금액 기준     - 실태조사일 직전 5년 이내에 「조세범 처벌법」에 따른 처벌‧재판 진행 사실이 없을 것     - 실태조사일 현재 「조세범 처벌법」에 따른 조사가 진행 중인 사실이 없을 것     - 종전 체납액 납부의무 소멸특례를 적용받은 사실이 없을 것    ㅇ (신청 기간) 2026. 1. 1. ~ 2028. 12. 31.    ㅇ (결정) 국세체납정리위원회 심의를 거쳐 신청일부터 6개월 이내 결정‧통지    ㅇ (취소) 실태조사일 당시 징수 가능한 다른 재산이 있었던 경우 납부의무 소멸 취소

< 개정이유 > 생계형 체납자 경제활동 지원

< 시행시기 > ‘26.1.1. 이후 시행

１０ 배당소득 분리과세 적용세율 인하 등(조특법 §104의27)

정  부  안	수  정  안
□ 고배당기업 배당소득 분리과세 대상 요건	□ 대상요건 정비
ㅇ (전제요건) 전년 대비 배당이 감소하지 않을 것	ㅇ 기준연도(‘24년 사업연도) 대비 배당이 감소하지 않을 것
ㅇ (대상)     ➊ 배당성향 40% 이상     ➋ 배당성향 25% 이상 및 직전 3년 평균 대비 배당 5% 이상 증가	ㅇ (좌 동)     ➊ (좌 동)     ➋ 배당성향 25% 이상 및 전년 대비 배당 10% 이상 증가
□ 적용세율	□ 적용세율 인하
ㅇ (적용시기) ‘26년 사업연도에 발생한 이익의 배당부터	ㅇ (적용시기) ‘26.1.1. 이후 지급되는 배당분부터

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

< 적용시기 > ‘26.1.1. 이후 지급되는 배당분부터 적용

１１ 한국산업은행의 첨단전략산업기금 출연금 손금산입 특례 신설
(조특법 §104의36 신설)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 한국산업은행의 첨단전략산업기금 출연금 손금산입 특례 신설
	ㅇ (대상) 한국산업은행
	ㅇ (내용) 첨단전략산업기금 출연금 손금산입
	ㅇ (적용기한) ‘28.12.31.

< 개정이유 > 첨단전략산업 경쟁력 강화 지원

< 적용시기 > ‘26.1.1. 이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용

１２ 도서지방 자가발전용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 연장 (조특법 §106·§111)

정  부  안	수  정  안
□ 도서지방의 자가발전용 석유류에 대한 부가가치세 등* 면제       * 개별소비세, 교통･에너지･환경세	□ 적용기한 연장
ㅇ (적용기한) ’28.12.31.	ㅇ ’26.12.31.

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

１３ 농·임업인에 제공되는 목재펠릿에 대한 부가가치세 면제 적용 기한 연장(조특법 §106)

정  부  안	수  정  안
□ 목재펠릿*에 대한 부가가치세 면제       * 목재 또는 제재소 부산물을 톱밥으로 분쇄한 후 고온으로 압축하여 일정한 크기로 생산한 바이오연료	□ 적용기한 연장
ㅇ (면제대상) 농민 및 임업인에게 공급하는 난방용 또는 농업·임업용 목재펠릿	ㅇ (좌 동)
ㅇ (적용기한) ’28.12.31.	ㅇ ’26.12.31.

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

１４ 연안여객선박용 석유류에 대한 간접세 면제 적용기한 연장
(조특법 §106의2)

정  부  안	수  정  안
□ 연안여객선박용 석유류에 대한 간접세* 면제       * 부가가치세, 개별소비세, 교통･에너지･환경세, 교육세 및 자동차세	□ 적용기한 연장
ㅇ (적용기한) ’28.12.31.	ㅇ ’26.12.31.

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

１５ 연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면 적용기한 연장(조특법 §111의5)

정  부  안	수  정  안
□ 연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면	□ 적용기한 연장
ㅇ (내용) 교통·에너지·환경세액 리터당 56원 감면	ㅇ (좌 동)
ㅇ (적용기한) ’28.12.31.	ㅇ ’26.12.31.

< 수정이유 > 국회 심의결과 반영

１６ 저도수 혼성주류에 대한 한시적 주세 감면 신설(조특법 §115의2)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 저도수 혼성주류에 대한 한시적 주세 감면    ㅇ (대상) ①~③까지의 요건을 모두 충족하는 주류 중 시행령으로 정하는 주류      ① 증류주류 및 기타주류(주세법 별표 제4호 라목·마목)      ② 알코올 도수분 일정 도수 이하      ③ ‘28.12.31까지 제조장 반출 또는 수입신고    ㅇ (감면) 주세율 30% 경감(일정 출고량 한도)    ※ 적용대상 주류의 구체적 범위, 출고량 한도, 알코올 도수 요건은 시행령 규정

< 개정이유 > 국회 심의결과 반영

< 시행시기 > ’26.4.1. 이후 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용

１７ 기회발전특구 창업기업 등에 대한 감면 적용기한 연장(조특법 §121의33①)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 기회발전특구* 내 창업기업 세액감면      * 「지방분권균형발전법」에 따른 기회발전특구	□ 적용기한 연장
ㅇ (대상) 기회발전특구 내 창업 (사업장 신설 포함)기업
ㅇ (감면율) 5년 100% + 2년 50%
ㅇ (감면한도) 투자누계액 50% + 상시근로자수 × 1,500만원 (청년·서비스업 2,000만원)
ㅇ (적용기한) ‘26.12.31.	ㅇ ’28.12.31.

< 개정이유 > 지역균형발전 지원

１８ 조세감면제도 존치 의견 제출 시 의견서에 포함될 내용 구체화(조특법 §142)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 조세감면 효과분석 및 조세감면제도 존치 여부 등에 대한 의견서 제출 의무    ㅇ (작성자) 중앙행정기관의 장    ㅇ (작성대상 조세특례) ❶ 일몰기한 도래 ❷ 시행 후 2년 미도과 ❸ 기존 조세특례 범위 확대    ㅇ (작성내용) 조세감면으로 인한 효과분석, 제도 존치 여부에 대한 의견 등    ㅇ (제출기한) 매년 4월 30일	□ 조세감면제도 존치 의견서 제출시 포함 내용 구체화
<추 가>	ㅇ 조세감면의 필요성, 정책목표의 예상 달성시기, 세수감소에 따른 보완대책 등

< 개정이유 > 조세특례 사후관리 내실화

< 적용시기 > ’26.1.1. 이후 제출하는 분부터 적용

１９ 조세지출결산서 작성 의무 신설(조특법 §142의3 신설)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 조세지출결산서 작성    ㅇ (작성자) 기획재정부장관*       * 1.2일부터는 재정경제부장관      ** 중앙행정기관의 장 등은 관련 자료 제출 의무    ㅇ (작성내용) 직전연도 조세지출 실적 분석       * 구체적인 작성방법·제출시기 등은 대통령령 위임

< 개정이유 > 조세지출 관리 내실화

< 적용시기 > ’26.1.1. 이후 제출하는 분부터 시행

관세법

１ 항공기 부분품 관세 면제 3년 연장 및 감면율 단계적 축소 구간 폐지(관세법 §89⑥1호)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 대기업이 민간항공기 협정 대상물품 수입 시 감면율	□ 100% 면제 3년 연장 및 감면율 단계적 축소 구간 폐지

< 개정이유 > 항공산업 경쟁력 지원

２ 희귀·필수의약품센터가 수입하는 희귀병 의약품 관세·부가가치세 면제(관세법 §91, 조특법 §106①10호)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 장애인용품 등 관세·부가가치세 면세 대상    ㅇ 장애인, 희귀난치성질환자 등을 위한 특수 용도 물품, 재활병원사용 장애인 재활용 의료용구 등   <추가>	□ 희귀·필수의약품센터가 수입하는 희귀난치성 질환 의약품 추가    ㅇ (좌 동)        ㅇ 희귀·필수의약품센터가 수입하는 희귀난치성 질환 치료용 의약품

< 개정이유 > 희귀난치성질환자 비용 부담 완화

< 시행시기 > ‘26.4.1. 이후 수입신고하는 분부터 적용

３ 해외자원개발사업자가 확보한 핵심광물 관세 면제(관세법 §93)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 특정물품의 관세 면제      ㅇ 동식물 양식 및 종자개량을 위한 물품 등   <추가>	□ 해외자원개발을 통해 확보한 핵심광물 추가    ㅇ (좌 동)      ㅇ 해외자원개발사업자가 확보한 핵심광물*       * 국가자원안보 특별법에 따른 핵심광물

< 개정이유 > 공급망 안정화 지원

< 시행시기 > ‘26.4.1. 이후 수입신고하는 분부터 적용

４ 마약류 관련 정보 요청 규정 일괄 정비(관세법 §137의2, §264의11, §266의2)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 관세청장 또는 세관장의 마약류 관련 정보 요청 대상    ㅇ 마약류 검사를 위한 승객예약자료, 마약류 관련 범죄사실·우편물 등, 밀반입된 마약류 위치정보	□ 마약류 원료물질, 임시마약류 정보도 포함    ㅇ 마약류 → 마약류등*       * ｢마약류관리법｣에 따른 마약류, 원료물질, 임시마약류

< 개정이유 > 마약류 단속 강화

< 시행시기 > ‘26.1.1. 이후 요청ㆍ요구ㆍ수집하는 분부터 적용

５ 마약류 등 유해물품 휴대·은닉 의심자에 대한 신체 검색 가능 사유 구체화(관세법 §265)

정  부  안	수  정  안
□ 마약류·유해물품 등 휴대·은닉 의심자에 대한 신체 검색 신설    ㅇ 마약류·무기류 등의 휴대·은닉이 의심되는 경우 물품을 내보이도록 요구하고, 불응 시 신체 검색 가능	□ 신체 검색 사유 구체화 및 마약류 원료물질·임시마약류 포함    ㅇ 마약류 → 마약류등* 의심되는 경우 → 의심할 만한 상당한 이유가 있는 경우       * ｢마약류관리법｣에 따른 마약류, 원료물질, 임시마약류

< 수정이유 > 마약류 단속 강화

농어촌특별세법

１ 농어촌특별세 비과세 대상에 청년미래적금 추가(농특세법 §4)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
□ 농어촌특별세* 비과세 대상인 조세특례제한법 상 저축 상품      * 「조세특례제한법」에 따라 감면받은 이자·배당소득 소득세의 감면세액 10%	□ 비과세 대상인 저축 상품 추가
ㅇ 비과세종합저축    ㅇ 개인자산종합관리계좌    ㅇ 장병내일준비적금    ㅇ 청년희망적금    ㅇ 청년도약계좌 등
<추 가>	ㅇ 청년미래적금

< 개정이유 > 청년 자산형성 지원

２ 농어촌특별세 납부유예 규정 신설(농특세법 §9의2)

현 행(정부안 없음)	개  정  안
<신 설>	□ 납부유예 규정 신설    ㅇ 본세를 납부유예 받은 경우 농어촌특별세도 해당 본세 납부유예의 예에 따라 납부유예 가능

< 개정이유 > 조문 명확화