＊법인의 취득세,등록세 관련 사례＊

[김유화]

◯법인의 취득세 . 등록세 관련 사례

(서울특별시,2009.)

1. 과점주주의 간주취득세

․ 법인(주식을 유가증권시장에 상장한 법인 제외)의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때, 그 과점주주는 당해 법인이 소유하고 있는 부동산 등 취득세 과세 대상을 해당 지분 비율 만큼 취득한 것으로 보아 취득세를 부과함(지법 § 105 ⑥).

- 다만, 법인 설립시 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 지방세법 또는 다른 법령에 의하여 취득세가 비과세. 감면되는 부분을 제외함.

. 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우, 최초로 과점주주 가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과함(지령 §  78 ①).

․ 이미 과점주주 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우, 그 증가된 부분을 취득한 것으로 보고 취득세를 부과함.

- 단, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비중이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니함(지령 § 78 ②).

①. 코스닥법인의 주식 등을 취득하는 경우

지방세법 제22조에서 과점주주의 간주취득세가 적용되는 법인에는 “주식을 한국증권선물거래소법 제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장하는 법인을 제외”하도록 규정하고 있으며, 한국증권선물거래소법 제2조 제1항에서는 “유가증권시장”을 유가증권의 매매거래를 위하여 한국증권선물거래소가 개설하는 코스닥시장 외의 시장으로 정의하고 있으므로 코스닥시장에 등록한 법인은 유가증권시장에 상장한 법인이 해당하지 않아 과점주주의 간주취득세를 적용함(세정 13407-58, 2003.1.22.).

②. 자기주식을 취득하는 경우

주주가 주식방행법인의 주식을 취득하여 과점주주의 주식소유비율이 증가되는 것이 아니라 주식발행법인이 자기주식을 취득함으로써 기존의 과점주주에 대한 주식소유비율이 증가하는 경우에는 과점주주에 대한 취득세 납세의무가 없음(세정 13407-58, 2003.1.22.).

③. 의결권 없는 주식을 취득하는 경우

지방세법 제22조에서 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식 제외)또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유 주식수(의결권이 없는 주식제외) 또는 출자액(당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액으로 규정하고, 그 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유 주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 초과인 자들이라고 규정하고 있으므로, 이 경우 과점주주의 주식소유비율 산정시 의결권이 없는 주식은 제외함(세정-276, 2003.6.25.)

④. 비상장법인의 과점주주(특수관계자)간 주식거래

지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주(지방세법 시행령 제6조의 규정에 의한 친족,특수관계인)로서 당해 과점주주 간에 주식을 양도.양수하는 경우에는 과점주주의 주식소유비율이 증가하지 아니하는 친족, 특수관계인 간의 내부이동에 해당되므로 취득세 납세의무가 없는 것인바, 이 경우 비상장법인의 과점주주들과 각각 특수관계에 해당하는 자가 기존의 과점주주로부터 주식을 새로이 취득하는 경우와 당해 주식 취득 후 다시 기존의 과점주주로부터 48%의 주식을 취득하는 경우라면 과점주주의 주식소유비율이 증가하지 아니하여 취득세 납세의무가 발생하지 않음(세정-413, 2003.7.9.).

⑤.비상장법인이 부동산 취득시 취득세를 면제받은 경우

비상장법인이 부동산을 취득하면서 취득세를 면제받은 경우라도 비상장법인의 취득세 납세의무와 과점주주 취득세 납세의무는 별개의 것이므로 당해 과점주주 비율 증가분에 대하여는 과점주주 취득세를 납부하여야 함(세정-767,2003.8.8. 대법99두6897,2001.1.30.).

2. 과밀억제권역 내 본점.주사무소용 부동산 등에 대한 취득세 중과

․ 법인이 과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한함)을 취득하는 경우와 과밀억제권역 (산업단지.유치지역.공업지역 제외) 안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우에는 일반 취득세율(2%)의 3배(6%)로 중과세함(지법 § 112 ③).

- 취득세 중과대상이 되는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사.합숙소.사택.연수시설.체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고 제외)을 말함(지령 § 84의2 ③).

․ 법인이 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한함) 이나 공장의 신설용 또는 증설용 부동산으로 사용되는 경우에도 취득세를 중과함(지법 § 112의 2 ① 2호, 3호).

①. 본사의 조직과 관계 없는 사무용 건물을 취득하는 경우

취득세가 중과되는 과밀억제권역  내 본점 똔ㄴ 주사무소의 사업용 부동산을 판정함에 있어 본사의 조직이나 중추관리기능이 없이 단순히 방송프로그램제작 등의 용도로 사용되고 있는 사무용 건물의 경우에는 주사무소에 해당되지 않는 것이나 그 해당 여부는 과세권자가 사실 판단할 사항임(세정 13407-140,2002.2.5.).

②. 지점이 사실상 본점용 부동산으로 사용되는 경우

지점용 부동산은 취득세가 중과되지 아니하나 지점으로 사업자등록을 필한 지점에 사실상 본점용 부동산(예 :중역실)으로 사용된 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세가 중과되는 것이며 그 해당여부는 과세권자가 사실조사 후 판단할 사항임(세정 13407-404 , 2002. 4. 30.).

③. 대도시 안에서의 법인에 대한 등록세 중과

․ 법인이 다음의 어느 하나에 해당하는 등기를 하는 때에는 일반적인 등록세율의 3배로 중과세함.(지법 § 138 ①).

㉠ 대도시(산업단지를 제외한 과밀억제권역 ) 안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

㉡ 대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기 (이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용)

㉢ 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립.설치.전입 이후의 부동산 등기

㉣ 대도시(유치지역.공업지역 제외) 안에서의 공장의 설립 또는 증설에 따른 부동산 등기

․ 위 ③에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기“란 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립.설치.전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 봄, 이하 같음)이전에 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기 제외, 이하 같음)를 말함(지령 § 102 ②).

․ 위 ③에서 “설립.설치.전입 이후의 부동산등기”란 법인 또는 지점 등이 설립.설치.전입이 후 5년 이내에 취득하는 업무용.비업무용 또는 사업용.비사업용을 불문한 부동산등기를 말하며, 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설.증설.공장의 승계취득,당해 대도시 내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함함(지령 § 102 ②).

㉠. 대도시 내 법인이 본점에서 임대용 부동산을 관리하는 경우

대도시 내에서 법인 설립 후 5년이 경과된 법인이 부동산임대업을 영위하기 위하여 부동산을 취득 등기한 후 당해 임대용 부동산에 별도의 이전.물적 설비를 갖춘 지점을 설치하지 아니하고 본점에서 임대업무를 수행하는 경우에는 등록세 중과대상에 해당하지 아니함 (세정-315ㅡ2003. 7.1.).

㉡. 등록세 중과요건 중 지점설치의 범위

등록세 중과요건인 지점의 설치에 따른 부동산등기에 잇어서 지점이란 법인세법,부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불분하고 인적.물적 설비를 갖추고 계속하여 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하며, 여기서 말하는 인적설비란 당해 법인의 지휘.감독 하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 당해 법인에 직속하는 형태를 요구하는 것은 아니라 할 것이며, 이 경우 건축물에 설치된 지점 업무를 위탁받은 법인은 건축물 소유 법인의 지휘.감독을 받으면서 건축물에 대한 임차 문의 관련사항과 임대차계약 체결 등 지점업무를 수행하고 있다고 볼 수 있으므로, 건축물에 대한 이전등기 및 소유권 보존등기를 각각 대도시 내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과한 처분은 적법함(지방세심사 2003-155,2003.7.28.).

㉢. 대도시 안에서의 법인에 대한 등록세 중과 제외

․ 대도시안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종(지령 § 101 ①)과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 일정 규모 이하의 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당하 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 제외)에 관한 등기 및 외국인 투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한함)에 대하여는 등록세 중과대상에서 제외함(지법 § 138 ①).

․ 등록세 중과제외업종(지령 § 101 ①)을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기위하여 취득세 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년(주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 등록세를 중과함(지령 § 101 ②).

․ 법인이 등록세 중과제의 업종과 중과대상업종을 겸업하는 경우로서 법인설립등기와 증자등기에 따른 등록세의 과세표준이 구분되지 아니하는 경우 당해 법인에 대한 등록세는 직전사업연도(중과제외업종이 신설되는 경우에는 당해 사업연도)의 당해 법인의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 과세하고, 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따라 안분하여 과세함(지령 § 102 ⑧).

㉠.오피스텔용 토지 취득 후 불가피한 사유로 매각한 경우

주택건설업자가 주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 대하여는 등록세 중과 제외대상에 해당하나,주택건설용이 아닌 오피스텔용 부동산에 대하여는 매각과 관계없이 등록세 중과 대상에 해당함(세정 13407-347,2002.4.12.).

㉡.주택건설용 토지 취득 후 주택건설사업자로 등록하는 경우

주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 추득.등기하는 부동산에 한하여,부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한함)에 대하여는 등록세 중과를 배제하는 것이나, 부동사네 대한 소유권이전등기일 혀재 주태겁ㅂ에 의한 주택건설사업자로 등록하지 아니한 채 소유권이전등기를 한 경우에는 등록세 중과대상에서 제외되는 주택건설사업자로 볼 수 없음(지방세심사 2003-126,2003.6.30.).