이스라엘은 지형학적으로 4개 지역으로 나눌 수 있다. 첫째, 서쪽 가장자리를 따라 형성된 길이 185km, 남쪽 가장 넓은 곳의 너비가 32km밖에 안 되는 지중해 연안의 좁고 기다란 평원지대이며, 둘째, 북쪽 국경에서 점령지인 웨스트뱅크를 지나 이스라엘 중부에 이르는 구릉지대, 셋째, 동쪽 국경을 따라 지구표면에서 가장 낮은 지역인 사해(해수면보다 400m 낮음)를 거쳐 아카바 만까지 크게 갈라진 틈의 일부를 이루는 그레이트리프트밸리, 넷째, 이스라엘 남부 대부분을 차지하는 가장 넓은 지역인 네게브 사막지대이다.
네게브 (Negev)
이스라엘 남부를 대부분 차지하고 있는 사막지대
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주요하천들은 요르단 강이 남쪽으로 흐르면서 형성된 내륙분지로 유입된다.
요르단 강 (Jordan River)
시리아에서 남쪽으로 흐르며 이스라엘을 지나 요르단에 이르는 강
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요르단 강은 내륙분지에서 훌라 분지(해수면과 거의 같음), 담수호인 갈릴리 호(해수면보다 210m 낮음), 세계에서 가장 염도가 높은 호수 가운데 하나인 사해로 차례차례 흘러들어간다. 갈릴리 호는 급수장과 저수지를 통해 서쪽의 대수층과 연결되며, 전국 농토의 절반에 해당되는 지역에 물을 공급한다.
갈릴리 호 (Sea of Galilee)
요르단 강이 흘러들어 가는 그리스도교 성서에 등장하는 호수
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기후는 북쪽에서 남쪽까지 지역에 따라 다양하게 나타난다. 겨울 기온(1∼2월)은 예루살렘의 약 8℃에서 네게브 사막 남쪽 아카바 만 엘라트의 16℃ 사이를 오르내리며, 여름 기온(7∼8월)은 같은 지역의 경우 23∼32℃를 기록한다. 북부 산악지대와 북부 연안지역은 연강우량이 400㎜ 이상이며, 북부 산악지대 끝부분은 1,016㎜에 이른다.
북부의 경우 10∼4월에 집중적으로 비가 온다. 네게브 사막은 102㎜ 이하, 사해 남쪽 아라바 계곡 주변은 25㎜ 이하를 기록한다.
강우량이 203㎜ 이하인 지역이 전국토의 1/2 이상을 차지한다. 농업은 연강우량이 305㎜가 넘는 북위 31°30′ 북부에서 주로 이루어진다. 옛날의 상록수림은 대부분 사라졌으나 조림사업이 계속 펼쳐지고 있다. 구릉지대는 상록관목(야생 관목식물)으로 뒤덮여 있으며, 네게브 사막에는 야생사막관목이 자란다. 동물은 멧돼지·살쾡이·영양 같은 포유류에서 아가마도마뱀 같은 파충류에 이르기까지 다양한 종류가 서식한다. 천연자원이 풍부하지 않은 편이며, 한정된 양의 구리와 석유 및 천연 가스가 조금 매장되어 있다.