감자의 덩이줄기는 생리적으로 일정 기간 휴면을 거치게 되며 이러한 휴면기간은 품종에 따라 다르다. 휴면기간이 지나감에 따라 감자눈은 정부의 정아(Apical Eye Buds)가 가장 먼저 싹이 트는데 이러한 현상을 정아 우세성(ApicalDominance)이라고 한다.또한 감자의 눈은 품종에 따라 눈이 돌출된 것, 깊이가 얕거나 깊은 것 등의 차이를 보여 덩이줄기의 모양과 더불어 형태적 품질특성으로서 중요한 판단기준이 된다. 덩이줄기 형태는 품종에 따라 다양하고 독특하지만, 생육환경이나 병 등에 의
해 고유한 덩이줄기의 형태가 변하기도 한다. 일반적인 재배종 감자는 원형, 한쪽으로 찌그러진 원형(편원형), 긴모양(장방형) 등이 주로 재배되고 있다.
덩이줄기 표면에는 숨구멍(피목, 皮目, Lenticel)이 분포되어 있으며 이곳을 통하
여 가스교환과 호흡작용이 이루어진다. 물기가 많은 과습한 토양조건에서는 숨구멍이 부풀어 올라 커지며, 열려진 숨구멍을 통해 병원균이 감염되어 감자가 썩을 수도 있다.

감자 덩이줄기의 표피색은 흰색, 담황색, 황색, 적색, 자주색, 부분적색, 부분자주색 등을 나타내며, 야생종 중에는 두 가지 이상의 색깔을 나타내는 것도 있다. 덩이줄기가 햇빛을 보게 되면 표피색이 점차 녹색으로 변하여 아린 맛이 강해져 먹을 수 없게 된다. 표피의 구조는 보통 매끄러운 편이나 일부 품종은 그물무늬(Russet) 또는 거친 표면을 가진 것도 있다.
덩이줄기의 내부구조는 <그림 3-4>에서 보는 바와 같이 가장 바깥부분에 표피(외피, Periderm)가 있는데 코르크화한 얇은 막으로서 이 속에 함유된 색소에 따라 덩이줄기의 표피색이 결정된다. 표피와 부름켜(유관속) 사이의 다소 두꺼운 부분을 후피(Cortex)라고 하며, 전분립이 적은 외후피(Outer Cortex)와 전분립이 많은 내후피(Inner Cortex)로 구분된다. 관다발(Vascular
Bundle Ring)은 땅속줄기와 맞닿는 부분에서 시작하여 뚜렷한 동심원상으로 후피와 수심부의 경계가 되어 있으며, 눈(目)에서는 수피에 도달하고 있는데, 덩이줄기가 굵어지는 데 필요한 물질의 전달 통로가 되며, 한편으로는 병원균의 침입 통로가 되기도 한다. 덩이줄기의 대부분을 차지하는 수심부(Medulla)는 외수부(External Medulla)와 내수부(Internal Medulla)로 구분되는데, 내수부는 외수부에 비하여 물을 많이 가지고 있으며 투명하게 보인다.
싹(맹아, 萌芽, Sprout)
감자싹은 덩이줄기의 눈 속에 있는 싹눈에서 자란 것으로 색깔과 모양이 품종에 따라 달라 품종을 구분하는 데 중요한 기준이 된다. 감자싹은 흰색에서부터 다양한 색깔을 나타내는데 기부(基部) 또는 정부(頂部)에 부분적 또는 전체적으로 착색된 것 등이 있으며,흰색인 경우는 약한 빛을 쬐어주면 점
차 녹색으로 변하다.

싹의 모양은 구조적으로 윗부분(상부)과 아랫부분(기부)으 로 나눌 수 있는
데, 아랫부분은 보통 줄기의 지하부위를 형성한다. 특히 아랫부분에는 숨구멍
(Lenticel)이 많은데 감자를 심은 후 이 숨구멍을 통해서 가스교환이 이루어지고
뿌리가 나온다. 그리고 아랫부분의 곁눈에서는 땅속줄기와 곁가지가 나오고, 윗부
분(상부)은 자라서 줄기와 잎으로 발달한다.
잎(葉, Leaf)
잎은 줄기의 각 마디에 2/5 잎차례(엽서)로 나선형으로 돌려가면서 마주나는데, 몇쌍의 1차 및 2차 소엽(Lateral Leaflet)과 정단엽(Terminal Leaflet)을 가
진 겹잎이며, 잎에는 털이 있다. 잎줄기 아랫부분에 있는 두 개의 작은 탁엽
(Pseudostipular Leaf)과 줄기 위의 잎자루가 붙는 각도는 종간또는 종 내
에서도 차이가 있어 품종을 구분하는 기준이 되기도 한다.
꽃
감자꽃은 암술과 수술을 모두 가지고 있는 양성화로서 꽃은 꽃받침, 꽃부리, 수술과 암술 등 4개의 주요 부분으로 나뉜다. 꽃받침은 기부와 5개의 꽃받침 조각으로 구성되고 꽃잎 아래에서 종 모양의 구조를 형성한다.
꽃받침은 녹색으로서 털이 있고, 꽃잎 색은 서로 다른 색조와 명조를 지닌 흰색, 청색, 붉은색과 자주색 등이 있다.
수술군은 꽃잎과 서로 교체하는 5~6개의 수술로 구성된다. 수술은 꽃잎관에 연결된 약(葯)과 화사(花絲)로 구성되어 있다. 암술은 꽃 하나당 한 개씩이며, 암술대와 씨방(자방)으로 구성되어 있는데 자방은 여러 배주를 포함한다. 배주가 수정된 후 씨앗(종자)으로 발달한다.
과실과 종자(眞正種子, True Potato Seed, TPS)
꽃이 수정되면 배가 과실로 발달하며 많은 씨앗을 형성하게 된다. 과실은 작은 토마토의 과실 모양과 비슷하며, 장과(Berry)에 속하고, 지름이 3㎝ 정도이다.과실의 색은 주로 녹색이지만 점 또는 줄무늬 등으로 색소를 띠는 경우도 있다. 씨앗의 모양은 토마토와 비슷하며, 계란형으로 길이가 2㎜, 너비가 1.5㎜ 정도이고, 담황갈색으로서 납작하며, 표면에 털이 있다. 과실당 종자수는 품종별 수정 능력에 따라 다소 차이가 있으나 대체로 50~200립 정도 들어 있다.