조세심판원, 다주택자 양도가액 9억원 초과분에 장기보유특별공제 배제 정당

[황사 人-박준호]

심판원, 다주택자 양도가액 9억원 초과분에 장기보유특별공제 배제 정당

조정지역 3주택자, 쟁점주택 양도에 중과세율 적용 합당…기각결정

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조세심판원은 처분청이 쟁점주택에 대해 양도 당시 소재 지역이 조정대상지역에 포함되어 있었고, 청구인 세대가 쟁점주택을 포함해 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었던 점 등에 비추어 소득세법 제95조 제2항에 따라 양도가액 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다는 심판결정례를 내놓았다.

조세심판원의 처분개요를 살펴보면 청구인은 2003.9.6. 쟁점주택을 취득하여 2018.10.18. 양도한 후, 2018.12.31. 양도가액 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 신고를 하였다가, 2019.10.1. 9억원 초과분에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 20% 추가세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

양도소득세 수정은 청구인과 청구인의 배우자 AAA은 2012∼2013년 주택임대사업자로 등록하여 쟁점주택의 양도 당시 장기임대주택 쟁점임대주택을 보유하고 있었고, 2018.9.18. 쟁점대체주택을 취득하여 보유하고 있었기 때문이다.

이에 따라 처분청은 청구인이 2021.1.14. 쟁점주택 양도에 대하여 양도가액 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율을 적용하여야 한다고 보아 당초 수정신고한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.2.3. 이를 거부처분하였다.

청구인은 이에 불복하여 2021.4.1. 심판청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점주택의 양도에 대해 일시적 2주택자로 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 양도가액 9억원 초과분에 대하여는 1세대 3주택 이상을 보유하고 있는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 중과세율을 적용하여 양도소득세를 수정신고·납부하였다. 하지만 쟁점주택의 양도는 일시적 2주택자로서 1세대 1주택 비과세 규정 적용대상이므로 쟁점주택의 양도가액 중 9억원 초과분에 대하여도 1세대 1주택자에게 적용되는 장기보유특별공제율을 적용하고 다주택자에 대한 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하는 것이 중과세율 및 장기보유특별공제 배제 규정의 입법취지와 목적에 부합한다고 주장했다.

또한 청구인은 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고 있으므로, 거주자에게 투기목적이 없다면 종전주택의 양도를 1세대 3주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 주장했다.

이에 대해 처분청은 소득세법 시행령 제167조의10 제1항에서 대체주택을 소유한 경우 중과세율을 배제하고 있다고 주장하나, 해당 규정은 2주택을 소유한 자에 대해 적용되는 규정이고, 청구인은 3주택 이상자를 규정한 제167조의3을 적용받으므로 해당 주장은 논점과 어긋나 있다는 의견이다.

또 처분청은 다주택자에 대한 중과세 규정이 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 투기수요를 억제하는 데 입법취지가 있으므로 투기목적이 없이 주거이전 목적으로 대체주택을 취득하는 경우에도 양도소득세를 중과하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만 쟁점주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우 조정대상지역 외 다주택 과세효과가 동일해 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않다는 의견을 냈다.

조세심판원은 처분청이 쟁점주택의 양도를 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 합당하다고 판단했다.

따라서 심판원은 쟁점주택의 양도 당시 쟁점주택이 소재한 용산구가 조정대상지역에 포함되어 있었고 청구인 세대가 쟁점주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었던 점 등에 비추어 처분청이 소득세법 제95조 제2항에 따라 양도가액 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 심리판단, 기각결정(조심2021서2728, 2021.07.20.)을 내렸다.