(5) 일시적 2주택이 되는 경우
① 2년 이내에 양도시 일시적 2주택
가. 개요
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국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함함)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 1세대 1주택의
비과세 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한함)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다(
시행령 제155조 제1항).
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한편, 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 취득한 다른 주택으로서 그 취득일로부터 2년이 되는 날 현재 다음의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당 방법에 따라 양도된 경우에는 2년 이내에 종전의 주택을 양도하지 못하더라도 이를 1세대 1주택으로 보아 1세대 1주택의
비과세 규정을 적용한다(
시행규칙 제72조 제1항).
① 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률에 의하여 설립된 한국자산관리공사에 매각을 의뢰한 경우
② 법원에 경매를 신청한 경우
③ 국세징수법에 의한 공매가 진행중인 경우
④ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행으로 같은 법 제47조에 따라 현금으로 청산을 받아야 하는 토지 등 소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우
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2012년 2월 28일 시행규칙 개정시 일시적 2주택자가 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행으로 현금 청산을 받아야 하는 토지 등 소유자로서 현금청산금 지급소송 절차가 진행 중인 경우에는 2년 이내 다른 주택을 양도하지 못하더라도
비과세를 적용받을 수 있도록 개정하였다. 동 개정규정은 2012년 3월 2일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하되, 2012년 3월 2일 당시 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우에 대해서도 적용할 수 있다.
2008년 11월 28일 시행령 개정시에는 일시적인 1세대 2주택에 대하여
양도소득세가
비과세되는 주택 양도기간을 종전 1년에서 2년으로 확대하였는 바, 본 개정 규정은 2008년 11월 28일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
한편, 2002년 3월 30일 시행령 개정시에는 일시적인 1세대 2주택에 대하여
양도소득세가
비과세되는 주택 양도기간을 2년에서 1년으로 단축하여 2002년 3월 30일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 개정한 바 있다. 다만, 2002년 3월 30일 당시 종전의 규정에 의하여 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득한 경우로서 종전의 규정에 의한 1세대 2주택의 보유허용기간(2년)이 종료되지 아니한 경우에는 다음의 해당하는 날까지 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아
비과세 규정을 적용한다.
① 다른 주택을 취득한 날부터 2002년 3월 30일까지의 기간이 1년을 초과하지 아니한 때에는 2002년 3월 30일부터 1년이 되는 날. 다만, 2002년 3월 30일부터 6월이 경과하는 날 이후에 종전의 주택이 제154조 제1항의 규정에 의한 보유기간(동항 제1호의 규정에 해당하는 경우에는 동호의 규정에 의한 거주기간을 말하며, 이하 이 호에서 “보유기간 등”이라 한다)을 충족하는 경우에는 보유기간 등을 충족하는 날에 6월을 가산한 날 또는 그 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날 중 빠른 날로 한다.
② 다른 주택을 취득한 날부터 2002년 3월 30일까지의 기간이 1년을 초과한 때에는 다른 주택의 취득일부터 2년이 되는 날
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2003년 11월 20일 시행령 개정시 서울, 과천 및 택지개발예정지구로 지정된 수도권 5대 신도시(분당, 일산, 평촌, 산본, 중동) 일부 지역에 소재하는 주택에 대한 1세대 1주택의
비과세 요건이 3년 이상 보유 및 보유기간 중 1년 이상 거주에서 3년 이상 보유 및 보유기간 중 2년 이상 거주로 그 거주요건을 1년 연장하여 개정하였으나, 2004년 1월 1일 현재 본 규정에 의한 일시적 2주택을 소유한 자가 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 양도하는 종전 주택에 한하여는 동 개정규정에 불구하고 종전 규정에 따라
비과세 여부를 판단하도록 경과규정을 두고 있다(부칙 (2003. 11. 20. 대통령령 제18127호) 제3조 제1항).
나. 적용요건
(가) 종전 주택의 1세대 1주택으로서의 비과세요건
기본통칙 89-155…1에서는 다른 주택의 양도일 현재 종전 주택이
비과세되는 1세대 1주택 요건(3년 보유, 취학 등의 부득이한 사유 해당)에 해당할 것을 요구하고 있으며 판례 및 심판례에서도 시행령 제155조 제1항의 규정에 3년의 보유기간 이후에 다른 주택을 취득한 경우에 한하여
비과세한다는 제한이 없는 바, 종전 주택의 양도시기까지 1세대 1주택으로서의
비과세요건을 갖추면 된다고 판시하고 있다〈
대법 87누 971, 1988. 6. 28〉.
(나) 일정기간내 양도요건
다른 주택의 취득일로부터 2년(2008년 11월 27일 이전 양도 분은 1년) 이내에 종전 주택을 양도해야 하며 도시계획사업 시행으로 인하여 종전의 주택의 일부 또는 전부가 철거된 경우에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 손실보상을 받은 날로부터 2년(2008년 11월 27일 이전 양도 분은 1년) 내, 자기가 건설하여 취득한 경우에는 완성한 날로부터 2년(2008년 11월 27일 이전 양도 분은 1년) 내에 양도하면 된다.
다. 신축주택으로 거주이전하는 경우
1세대 1주택을 소유한 자가 다른 주택을 신축하고자 매입한 낡은 주택을 헐어버리고 나대지상태로 보유하고 있는 동안에는 종전의 주택이 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하는 경우에는 1세대 1주택으로 본다(
통칙 89-155…1 제2항).
라. 공공기관 및 법인의 지방이전으로 인한 1세대 2주택의 비과세 특례
수도권에 소재한 법인 또는 국가균형발전 특별법 제2조 제10호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전함에 따라 법인의 임원과 사용인 및 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대 1주택자가 당해 공공기관 또는 법인이 이전한 시(광역시 포함)ㆍ군 또는 이와 연접한 시ㆍ군의 지역에 소재하는 주택을 취득하여 1세대 2주택자가 되는 경우에는 그 주택 취득일로부터 5년(2006년 2월 9일부터 2008년 2월 21일의 기간 중에 지방으로 이전하는 분은 2년) 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는 국내에 1주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택의
비과세 규정을 적용한다(
시행령 제155조 제16항).
마. 미분양주택의 1세대 2주택 비과세 특례
1세대 1주택자가 종전 주택을 양도하기 전에 미분양주택을 취득함으로써 1세대 2주택자가 되는 경우, 그 미분양주택 취득일로부터 2년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는 2008년 7월 24일 이후 양도하는 분부터 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용하였으나, 2008년 11월 28일 시행령 개정시 일시적인 1세대 2주택에 대하여 양도소득세가 비과세되는 주택 양도기간을 종전 1년에서 2년으로 확대함에 따라 본 규정은 폐지되었다. 한편, 본 규정을 적용함에 있어 미분양주택이란 주택법 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택 중 다음의 요건을 모두 충족하는 주택을 말한다(구시행령 제155조 제16항 제2호).
① 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택일 것
② 투기지역(지정지역)에 소재하지 아니하는 주택일 것
③ 2008년 6월 11일 ~ 2009년 6월 30일의 기간 중에 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택일 것
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구영 제155조 【1세대 1주택의 특례】
(16) 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 경우에는 같은 항의 “1년”을 다음 각 호에서 규정한 기간으로 본다. 이 경우 제2호를 적용받으려는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 7. 24. 개정)
2. 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 수도권 밖의 지역에 소재하는 미분양주택[분양계약일 현재 법 제104조의 2에 따른 주택(그 부수토지를 포함한다) 지정지역에 소재하는 주택은 제외한다]으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우: 2년. 이 경우 미분양주택이란 「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. (2008. 7. 24. 개정) |
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② 상속으로 인한 일시적 2주택
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상속 개시 당시 피상속인으로부터 상속받은 주택(조합원입주권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택 포함)과 그 밖의 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택의
비과세 규정을 적용한다. 즉, 상속주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 먼저 양도하는 경우에는 1세대 1주택에 해당하나, 상속주택을 먼저 양도하는 경우에는 1세대 2주택에 해당한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(
시행령 제155조 제2항).
한편, 피상속인이 상속 개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음의 순위에 따른 1주택을 상속주택으로 보아 1세대 1주택의
비과세특례 규정을 적용한다.
① 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택
② 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택
③ 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2 이상일 경우에는 피상속인이 상속 개시 당시 거주한 1주택
④ 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2 이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)
2010년 2월 18일 시행령 개정시 동거봉양 활성화를 지원하기 위하여 동일세대 구성원으로부터 세대 합가 이전부터 보유하던 주택을 상속받은 경우에도 비과세 특례를 적용하도록 개정하였으며, 동 개정규정은 2010년 2월 18일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 이 경우 시행령 제155조 2항 각 호 외의 부분 단서의 개정규정을 적용할 때 2009년 2월 3일 이전에 직계존속(여자의 경우만 해당함)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합친 경우에는 “60세”를 “55세”로 한다.
2008년 2월 22일 시행령 개정시 주택이 아닌 조합원입주권을 상속받은 경우로서 그 상속받은 조합원입주권이 재개발ㆍ재건축 등으로 준공된 경우에는 그 준공일로부터 1년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 한하여 1세대 1주택의 비과세특례 규정이 적용됨에 따라 상속받은 자산이 주택인지 조합원입주권인지 여부에 따라 비과세특례의 적용 규정이 상이해지는 문제점을 해결하기 위해 상속받은 주택의 범위에 “조합원입주권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택”을 포함하는 것으로 개정하였으며, 동 개정규정은 2008년 2월 22일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
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1997년 12월 31일 시행령 개정 전에는 상속주택에 대한
양도소득세 비과세제도를 상속인 기준으로 판정을 하여 다주택을 소유한 자가 사망하여 각각의 세대를 구성하는 여러명의 상속인에게 협의분할을 통하여 각각 1주택씩 상속한 경우 상속된 주택은 보유기간 또는 양도시기에 관계없이 모두
비과세를 받았다. 이런 폐해를 없애고자 1997년 12월 31일 시행령 개정시 피상속인을 기준으로 1주택에 한해 상속주택에 대한
비과세적용이 가능하도록 하였다. 하지만, 2002년 12월 30일 시행령 개정시 상속주택은 막대한 양도차익이 발생하여도
양도소득세가
비과세되는 문제가 있으므로 과세형평을 제고하고자 상속주택도 일반주택과 동일하게 과세되도록
시행령 제155조 제2항을 개정하였다. 하지만, 상속주택은 상속인의 의사와 상관없이 취득하게 되는 점으로 고려하여 상속주택과 일반주택을 국내에 각각 1개씩을 소유하고 있는 경우 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택
비과세규정을 적용하도록 하였다.
이러한 개정사항은 2003년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하나, 시행령 부칙(2002. 12. 30, 대통령령 제17825호) 제19조에서는 2003년 1월 1일 전에 상속받은 주택에 대하여는 2003년 1월 1일 이후 2년이 되는 날까지 당해 주택을 양도하는 경우에는 상속주택에 대해
비과세하도록 경과조치를 규정하고 있다.
시행령 제155조 제3항에 의하면 상속으로 인하여 여러 사람이 공동으로 1주택을 소유하게 된 경우 1세대 1주택
비과세를 적용함에 있어 지분이 가장 크지 아니한 자가 공동상속 주택 외에 다른 주택을 양도하는 때에는 당해 공동상속주택은 당해 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 즉, 상속주택은 상속지분이 가장 큰 상속인의 주택으로 보며 지분이 가장 큰 상속인이 2인 이상인 경우에는 당해 주택에 거주하는 자, 최연장자 순으로 주택의 소유자를 판정한다.
따라서 상속에 의하여 주택의 지분을 소유한다 하더라도 지분이 가장 큰 상속인의 경우에만 1주택을 상속받은 것으로 보아 본 규정이 적용되고 나머지 상속인의 경우 향후에는 동 규정이 적용될 여지가 없게 되었다.
예컨대, 무주택자인 AㆍB가 주택을 A(2/3), B(1/3) 지분별로 상속받은 후 A, B가 그 후 각각 주택을 한 채 더 취득하여 상속받은 주택을 양도하였다면 A는 일시적 2주택으로서의
양도소득세 비과세 혜택을 받지 못하는 반면 B지분의 주택은
비과세되는 것으로 해석하여야 할 것이다.
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공동상속주택의 상속지분은 상속개시일을 기준으로 판정하는 것이며, 상속개시일 이후 다른 상속인의 지분의 일부를 증여 등으로 취득하여 당초 공동상속지분이 변경되는 경우라도 그 증여 등으로 추가 취득하는 지분은 새로운 주택의 취득으로 보지 아니한다〈
서면4팀-3971, 2006. 12. 7.〉.
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상속주택의 소유자를 판단함에 있어 상속주택 외의 주택을 양도할 때까지 상속주택을 민법 제1013조에 따라 협의분할하여 등기하지 아니한 경우에는 같은 법 제1009조 및 제1010조에 따른 상속분에 따라 해당 상속주택을 소유하는 것으로 본다. 다만, 상속주택 외의 주택을 양도한 이후 국세 부과의 제척기간 내에 상속주택을 협의분할하여 등기한 경우 납세지 관할 세무서장은 그 내용에 따라 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정하거나 경정한다(
시행령 제155조 제18항).
2010년 12월 30일 시행령 개정시 협의분할되지 않은 상속주택의 소유자 판단기준을 신설하였으며, 동 개정규정은 2011년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
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한편, 대체취득 및 상속 등으로 인하여 1세대 3주택이 된 경우 종전 주택의 양도에 따른
비과세 여부는 다음과 같다(
기본통칙 89-155…2).
㉮ 국내에 1세대 1주택을 소유한 거주자가 그 주택을 양도하기 전에 새로운 주택을 취득하여 일시 2개의 주택을 소유하고 있던 중 상속 또는 혼인 또는 직계존속을 봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 3개의 주택을 소유하게 되는 경우 새로운 주택을 취득한 날부터 2년내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택의 양도로 보아 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용한다.
㉯ 국내에 1세대 1주택을 소유한 거주자가 상속주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 상태에서 새로운 1주택을 취득함으로써 1세대가 3개의 주택을 소유하게 되는 경우 새로운 주택을 취득한 날부터 2년내에 상속주택이 아닌 종전의 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택의 양도로 보아 시행령 제154조 제1항의 규정을 적용한다.
③ 직계존속 동거봉양에 의한 일시적 2주택
1세대 1주택에 해당하는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함함)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합친 경우에는 노부모의 동거봉양을 장려할 목적으로 세대를 합친 날로부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택에 대하여
양도소득세를
비과세한다(
시행령 제155조 제4항).
2012년 2월 2일 시행령 개정시 직계존속의 동거봉양으로 인한 1세대 2주택자의 비과세 특례 적용대상에 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함하도록 개정하였으며, 동 개정규정은 2012년 2월 2일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
2009년 2월 4일 시행령 개정시 직계존속의 동거봉양으로 인한 1세대 2주택자의 비과세 특례기간을 종전 2년에서 5년으로 확대하고, 동거봉양 대상 연령을 종전의 남자 60세, 여자 55세에서 남ㆍ여 구분 없이 60세로 조정하였다. 동 개정규정은 2009년 2월 4일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하되, 직계존속의 동거봉양으로 인한 1세대 2주택 비과세 특례규정 중 직계존속의 나이에 관한 부분은 2009년 2월 4일 이후 최초로 직계존속을 동거봉양하기 위해 세대를 합가하는 분부터 적용한다.
2003년 11월 20일 시행령 개정시 서울, 과천 및 택지개발예정지구로 지정된 수도권 5대 신도시(분당, 일산, 평촌, 산본, 중동) 일부 지역에 소재하는 주택에 대한 1세대 1주택의 비과세 요건이 3년 이상 보유 및 보유기간 중 1년 이상 거주에서 3년 이상 보유 및 보유기간 중 2년 이상 거주로 그 거주요건을 1년 연장하여 개정하였으나, 2004년 1월 1일 현재 본 규정에 의한 일시적 2주택을 소유한 자가 2년 이내에 양도하는 종전 주택에 한하여는 동 개정규정에 불구하고 종전 규정에 따라 비과세 여부를 판단하도록 경과규정을 두고 있다.
또한 1996년 이전에는 세대합가일 현재 2주택 모두 3년의 보유기간을 충족하여야 비과세되었고 1997년과 1998년에는 1주택의 양도일 현재 2주택 모두 3년 보유요건을 충족하여야 했으나 1999년 12월 31일 시행령 개정으로 2000년 1월 1일 이후 최초 양도하는 분부터는 비과세되기 위한 양도기한이 합가일로부터 1년 이내에서 2년 이내로 연장되고 양도시점에서 양도하는 주택만 보유기간이 3년 이상이면 비과세되도록 하였다. 또한, 2002년 10월 1일 시행령 개정시 2002년 10월 1일 이후 양도분부터는 양도시점에서 양도하는 주택의 보유기간 요건을 조문에서 삭제하였으며, 시행령 부칙(2002. 10. 1, 대통령령 제17751호) 제3조 제2항에서는 2002년 10월 1일 당시 1세대가 2주택을 보유하고 있는 경우에 있어서 동거봉양을 위하여 합친 날로부터 2년 이내에 먼저 양도하는 주택(당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것에 한한다)은 이를 1세대 1주택으로 보아 영 제154조 제1항의 개정규정(거주기간 요건 추가)에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정하고 있다.
주 2002년 10월 1일 시행령 개정시 2002년 10월 1일 이후 양도분부터 양도시점에서 양도하는 주택의 보유기간 요건을 조문상으로는 삭제하였으나 2002년 10월 1일 양도소득세 관련 시행령 개정사항의 흐름으로 볼 때 3년의 보유기간 요건[3년 중 서울특별시, 과천시 및 신도시(분당, 일산, 평촌, 산본, 중동)의 경우 1년 거주기간 요건]을 충족하는 경우에 한하여 양도소득세를 비과세하는 것으로 해석해야 할 것으로 판단된다.
④ 결혼에 의한 일시적 2주택
1주택을 보유하는 자가 1주택을 보유하는 자 또는 1주택을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하는 무주택자와
혼인함으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우, 그
혼인한 날부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택은 이를 1세대 1주택으로 보아
비과세 규정을 적용한다(
시행령 제155조 제5항). 이 때
혼인한 날이라 함은 민법 제812조
혼인의 성립 규정에 근거하여 가족관계의 등록 등에 관한 법률(구호적법)에서 정한 바에 따라 관할지방관서에
혼인신고를 한 날을 말한다〈
서면4팀-2616, 2006. 8. 2. ;
재산 46014-1011, 2000. 9. 5.〉.
2012년 2월 2일 시행령 개정시 혼인으로 인한 1세대 2주택자의 비과세 특례 적용대상에 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하는 무주택자가 1주택을 보유하는 자와 혼인함으로써 1세대 2주택을 보유하게 되는 경우를 추가하였으며, 동 개정규정은 2012년 2월 2일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
2009년 2월 4일 시행령 개정시 혼인으로 인한 1세대 2주택자의 비과세 특례기간을 종전 2년에서 5년으로 확대하였는 바, 동 개정규정은 2009년 2월 4일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
2003년 11월 20일 시행령 개정시 서울, 과천 및 택지개발예정지구로 지정된 수도권 5대 신도시(분당, 일산, 평촌, 산본, 중동) 일부 지역에 소재하는 주택에 대한 1세대 1주택의 비과세 요건이 3년 이상 보유 및 보유기간 중 1년 이상 거주에서 3년 이상 보유 및 보유기간 중 2년 이상 거주로 그 거주요건을 1년 연장하여 개정하였으나, 2004년 1월 1일 현재 본 규정에 의한 일시적 2주택을 소유한 자가 2년 이내에 양도하는 종전 주택에 한하여는 동 개정규정에 불구하고 종전 규정에 따라 비과세 여부를 판단하도록 경과규정을 두고 있다.
또한 2002년 10월 1일 시행령 개정 전에는 혼인한 날부터 2년 이내에 먼저 양도하는 주택이 보유기간이 3년 이상인 주택에 한정하였으나 시행령 개정시 이를 삭제하였다. 이러한 개정사항은 2002년 10월 1일 이후 양도 분부터 적용하며, 시행령 부칙(2002. 10. 1, 대통령령 제17751호) 제3조 제2항에서는 2002년 10월 1일 당시 1세대가 2주택을 보유하고 있는 경우에 있어서 혼인한 날로부터 2년 이내에 먼저 양도하는 주택(당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것에 한한다)은 이를 1세대 1주택으로 보아 영 제154조 제1항의 개정규정(거주기간 요건 추가)에 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정하고 있다.
참고적으로 2000년 12월 29일 시행령 개정 전에는 혼인 전에 각자가 1세대의 요건을 충족하여야 비과세되도록 하였으나, 2000년 12월 29일 시행령 개정으로 인하여 각각 1주택을 보유한 남녀는 혼인 전에 1세대의 요건을 충족하지 않아도 비과세받을 수 있도록 개정되었다.