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PubMed: 서지 데이터베이스

캐시 케인즈(Kathi Canese)와 사라 와이스(Sarah Weis).

작성: 2002년 10월 9일; 마지막 업데이트: 2013년 3월 20일.

예상 읽기 시간: 12분

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요약

PubMed는 미국 국립보건원(NIH)의 미국 국립 의학 도서관(NLM)의 한 부서인 국립 생명공학 정보 센터(NCBI)에서 개발 및 유지 관리하는 무료 리소스입니다.

PubMed는 NLM의 MEDLINE 데이터베이스와 다른 생명 과학 저널 및 온라인 서적에 색인된 생물의학 문헌에 대한 2,200만 건 이상의 인용 및 초록으로 구성되어 있습니다. PubMed 인용 및 초록에는 생물 의학 및 건강 분야가 포함되며 생명 과학, 행동 과학, 화학 과학 및 생명 공학의 일부를 다룹니다. PubMed는 또한 다양한 분자 생물학 데이터베이스를 포함하여 추가 관련 웹 사이트 및 기타 NCBI 리소스에 대한 링크를 제공합니다.

PubMed는 NCBI의 Entrez 검색 및 검색 시스템을 사용합니다. PubMed는 저널 논문의 전문을 포함하지 않습니다. 그러나 PubMed 인용의 초록 표시는 출판사의 웹 사이트 또는 PubMed Central(PMC)에서 직접 제공하는 것과 같은 다른 출처의 전체 텍스트에 대한 링크를 제공할 수 있습니다.

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데이터 소스

메드라인

PubMed의 주요 구성 요소는 NLM의 최고 서지 데이터베이스인 MEDLINE으로, 여기에는 생물 의학에 중점을 둔 생명 과학 저널 기사에 대한 1,900만 개 이상의 참조가 포함되어 있습니다.

MEDLINE에 선정된 대부분의 저널은 NIH 보조금 신청서를 검토하는 위원회와 유사한 외부 전문가로 구성된 NIH 공인 자문 위원회인 LSTRC(Literature Selection Technical Review Committee)의 추천을 기반으로 합니다. 일부 추가 저널 및 뉴스레터는 NLM 또는 기타 NIH 구성 요소(예: 의학의 역사, 의료 서비스 연구, AIDS, 독성학 및 환경 보건, 분자 생물학 및 보완 의학)에 대한 특별 우선 순위 영역에서 NLM이 시작한 검토를 기반으로 선택됩니다. 이러한 검토에는 일반적으로 NIH 및 외부 전문가 또는 경우에 따라 NLM과 특별한 협력 관계를 맺고 있는 외부 조직과의 협의도 포함됩니다.

비MEDLINE

MEDLINE 인용 외에도 PubMed에는 다음이 포함됩니다.

• 진행 중인 인용은 논문이 NLM Medical Subject Headings(MeSH)로 색인되어 MEDLINE에 추가되거나 범위를 벗어난 상태로 변환되기 전에 논문에 대한 기록을 제공합니다.

• MEDLINE 색인 작업을 위해 저널이 선택된 날짜 이전의 인용.

• 아직 현재 어휘로 업데이트되지 않고 MEDLINE 상태로 변환되지 않은 일부 OLDMEDLINE 인용.

• 특정 MEDLINE 저널(예: 판구조론 또는 천체물리학 다루기)의 범위를 벗어난 논문에 대한 인용으로, 생명과학 논문은 MEDLINE용 MeSH로 색인됩니다.

• PubMed Central에 전문을 제출하고 NLM의 정성적 검토를 받는 일부 추가 생명 과학 저널에 대한 인용.

저널 선택 기준

MEDLINE에 포함된 저널은 선정 과정을 거쳐야 합니다. Fact Sheet on Journal Selection for Index Medicus®/MEDLINE®은 데이터 제출을 위한 저널 선정 정책, 기준 및 절차에 대해 설명합니다.

역사

PubMed는 1996년 1월 MEDLINE에 대한 전체 액세스 권한이 있는 Entrez 검색 시스템의 실험 데이터베이스로 처음 출시되었습니다. 1997년 4월 웹사이트에서 "실험적"이라는 단어가 삭제되었고, 1997년 6월 26일 국회의사당 기자회견에서 PubMed를 통한 무료 MEDLINE 액세스가 발표되었습니다. PubMed의 사용은 도입 이후 기하급수적으로 증가하여 1997년 6월 한 달 동안 PubMed 검색은 약 200만 건에 달했으며 현재 사용량은 일반적으로 하루에 350만 건을 초과합니다.

PubMed는 LinkOut, Limits, History 및 Clipboard와 같은 새로운 기능을 통합하기 위해 2000년에 크게 재설계되었습니다. PubMed는 PubMed Central 전문 기사와 Bookshelf의 초기 저서인 Molecular Biology of the Cell에 연결하기 시작했습니다. Entrez Programming Utilities, E-Utilities 및 Cubby(My NCBI는 이후 Cubby를 대체함)도 출시되었습니다.

2002년에 PubMed 데이터베이스 프로그래밍은 XML 파일에서 직접 작동하도록 완전히 재설계되었으며, PubMed에 대한 추가 검색 기능을 제공하기 위해 두 개의 새로운 NCBI 데이터베이스인 Journals(현재 NLM 카탈로그) 및 MeSH가 만들어졌습니다.

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전자 데이터 제출

MEDLINE에 색인된 저널의 출판사는 PubMed에 포함하기 위해 인용 및 초록 데이터를 전자적으로 제출하는 것이 좋습니다. 전자 제출은 적절한 형식의 XML 파일을 업로드한 후 48시간 이내에 인용 및 초록을 대중이 사용할 수 있도록 합니다. PubMed 데이터 흐름에 대한 자세한 내용은 그림 1을 참조하십시오.

그림 1.

PubMed 데이터 흐름의 개략적 표현

NCBI는 전자 인용 및 초록 데이터를 준비하고 제출하기 위해 많은 출판사 및 상업 데이터 제공업체와 협력합니다. 2012년에 PubMed에 추가된 인용의 90% 이상이 전자적으로 제출되었습니다.

전자 인용 데이터 제출은 또한 저널 웹 사이트에서 사용할 수 있는 논문의 전체 텍스트로 연결되는 아이콘을 PubMed 인용에 추가하기 위한 요구 사항 중 하나를 충족합니다. 링크는 PubMed 인용에서 저널 웹사이트로 직접 연결되는 링크를 생성하는 기능인 LinkOut을 사용하여 수행할 수 있습니다.

NLM은 학술지에 관심이 없거나 전자 인용 데이터를 제출할 수 없는 학술지의 인쇄본을 스캔하고 광학 문자 인식(OCR)을 사용하여 인용을 수동으로 생성합니다. 이 프로세스는 수동 프로세스로 인해 전자 제출보다 훨씬 더 오래 걸릴 수 있습니다.

전자 데이터 제출 프로세스

전자 인용 및 초록 데이터는 PubMed 문서 유형 정의(DTD)에 따라 XML의 파일 전송 프로토콜(FTP)을 통해 제출됩니다. PubMed XML 태그 형식, XML 태그 설명, 샘플 XML 파일 및 특수 문자 처리 방법에 대한 자세한 내용은 온라인 설명서에서 확인할 수 있습니다.

NCBI 직원은 파일 제출 승인 프로세스를 통해 새 데이터 공급자를 안내합니다. 새 데이터 공급자는 샘플 XML 파일을 제출해야 하며, 이 파일은 XML 형식 및 구문과 서지 정확성 및 완전성을 검토합니다. 모든 기준이 충족될 때까지 파일이 수정되고 다시 제출됩니다. 승인되면 향후 저널 발행에 대한 XML 인용 데이터를 수신하기 위해 NCBI FTP 사이트에 개인 계정이 설정됩니다.

NCBI는 월요일부터 금요일까지 매일 오전 8시 30분(동부 표준시)에 게시자가 제공한 데이터를 로드합니다. 새 인용에는 PubMed ID(PMID)가 할당되고, 확인 보고서가 데이터 공급자에게 전송되며, 다음 날(화요일부터 토요일까지) 오전 6:00 이후에 PubMed에서 인용을 사용할 수 있습니다. 금요일 오전 8시 30분 이후부터 일요일까지 제출된 인용 데이터는 다음 화요일 오전 6시 이후에 PubMed에서 사용할 수 있습니다.

PubMed에 게시한 후 인용은 서지 데이터 확인 및 NLM의 제어 어휘에서 MeSH 용어 추가를 위해 NLM의 색인 섹션으로 전송됩니다. 색인 생성 프로세스는 최대 몇 개월이 걸릴 수 있으며, 그 이후에는 완료된 인용이 PubMed로 다시 전달되어 원본 데이터를 대체합니다.

전자 데이터 전송에 관심이 있는 게시자 또는 기타 사용자는 XML 데이터 공급자 도움말을 보거나 vog.hin.mln.ibcn@rehsilbup에 자세한 내용을 문의할 수 있습니다.

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데이터베이스 관리 및 하드웨어

PubMed는 자체 독점 웹 기반 검색 엔진을 사용합니다. 웹 서버 소프트웨어는 오픈 소스 Apache HTTP 서버입니다.

PubMed는 약 62개의 표준 Linux 서버에서 실행되며, 각 서버에는 2개의 쿼드 코어 2.6-3.6GHz Intel Nehalem CPU, 48-64GB 메모리, 1TB의 로컬 스토리지 및 기가비트 이더넷 연결이 있습니다. 14개의 NCBI Portal 서버가 PubMed 웹 인터페이스를 렌더링하고 8개의 서버가 PubMed 인덱스를 검색합니다. PubMed 레코드는 4개의 독점 XML 논문 서버에서 검색되는 반면, "관련 논문" 서비스는 특수 비관계형 데이터베이스 시스템을 실행하는 20개의 서버에 의존합니다. 나머지 서버는 다른 NCBI 데이터베이스(예: PubMed Central, Nucleotide 및 Sequence Read Archive)의 관련 정보에 대한 링크, LinkOut, History 및 My NCBI와 같은 서비스를 지원합니다.

PubMed 및 기타 웹 기반 서비스에서 출력되는 데이터의 양을 수용하기 위해 NLM은 상용 인터넷에 대한 3Gbps 연결과 NIH 캠퍼스의 많은 주요 연구 대학에서 사용하는 비상업적 네트워크인 Internet2에 대한 20Gbps 연결 및 두 번째 중복 데이터 센터에서의 유사한 연결을 제공합니다.

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인덱싱

자동 인덱싱 프로세스

인덱싱 프로세스는 PubMed 인용의 각 필드에 대한 액세스 포인트를 자동으로 생성합니다.

• 인용 내의 용어는 처음에 추출되고(중지 단어는 무시됨) 유용한 구 목록과 일치합니다.

• 개별 용어들이 해당 필드에 추가되는데, 예를 들어, 제목 단어들은 제목 필드 색인 및 제목/초록 필드 색인에 추가된다.

• 모든 용어는 모든 필드 색인에도 추가됩니다(출판 장소(국가)에 있는 용어 및 음역된 제목 필드 제외).

• 일부 필드는 데이터를 추출하기 위해 특별한 규칙 집합을 사용합니다.

  • 저자에 대해 여러 색인 포인트가 생성됩니다 (예 : 저자 Harold Varmus의 색인에는 Varmus H가 포함됩니다. 바무스, 해롤드; 그리고 바르무스.

  • MeSH 용어에 대한 인덱스에는 MeSH 용어 및 MeSH 주요 용어 필드, 부제목 필드 등이 포함됩니다.

필드 색인은 PubMed 고급 검색 빌더 "색인 목록 표시" 기능을 사용하여 탐색할 수 있습니다.

로 가다:

PubMed 쿼리 처리 방법

자동 용어 매핑

검색 상자에 입력된 태그가 지정되지 않은 용어는 다음 번역 테이블 및 인덱스와 다음 순서로 일치됩니다.

1.

MeSH (Medical Subject Headings) 번역 테이블,

2.

저널 번역 테이블,

3.

전체 저자 번역 테이블,

4.

저자 색인,

5.

전체 조사자(협력자) 번역 테이블 및

6.

조사자(협력자) 인덱스입니다.

검색결과 페이지의 오른쪽에는 검색어 번역을 표시하는 '검색 세부정보'라는 도구를 포함하여 사용자 검색을 향상시키기 위해 고안된 여러 도구가 있습니다.

번역 테이블에서 용어 또는 구와 일치하는 항목이 발견되면 매핑 프로세스가 완료되고 다음 번역 테이블로 진행되지 않습니다.

1. MeSH 변환 테이블

MeSH 변환 테이블에는 다음이 포함됩니다.

• 메쉬 용어

• MeSH 용어에 대한 참조 매핑(입력 용어라고도 함) 참조

• 메쉬 소제목

• 출판 유형

• 약리학적 작용

• UMLS(Unified Medical Language System)에서 파생된 용어로, 영어에 동등한 동의어 또는 어휘 변형이 있습니다.

• 보충 개념(화학, 프로토콜 또는 질병 용어) 및 동의어

MeSH 변환 테이블에서 일치하는 항목이 발견되면 해당 용어는 MeSH(MeSH 용어 및 MeSH 계층 구조에서 해당 용어 아래에 들여쓰기된 특정 용어 포함) 및 모든 필드에서 검색됩니다.

예를 들어, 검색 상자에 "다발성 경화증"을 입력하면 PubMed는 이 검색을 다음과 같이 변환합니다.

"다발성 경화증"[MeSH 용어] OR ("다발성"[모든 필드] AND "경화증"[모든 필드]) OR "다발성 경화증"[모든 필드]

약리학적 작용이기도 한 MeSH 용어를 입력하면 PubMed는 해당 용어를 [MeSH 용어], [약리학적 작용] 및 [모든 필드]로 검색합니다.

MeSH 용어에 대한 동의어를 입력하면 번역에는 동의어와 연결된 MeSH 용어에 대한 모든 필드 검색도 포함됩니다.

검색어: ear infection

"ear infection"은 MeSH 번역 표에서 MeSH 용어 "otitis"의 동의어입니다.

번역된 검색: "otitis"[MeSH Terms] OR "otitis"[모든 필드] OR ("ear"[모든 필드] AND "infection"[모든 필드]) OR "ear infection"[모든 필드]

용어가 MeSH 용어로 검색되면 PubMed는 해당 용어와 MeSH 계층 구조의 아래에 있는 보다 구체적인 용어를 자동으로 검색합니다.

검색어: breast cancer

"유방암"은 MeSH 번역 표에서 MeSH 용어 "유방 신생물"의 입력 용어입니다.

"유방 신생물"에는 아래의 특정 제목이 포함되며 모두 검색됩니다.

유방 신생물, 남성

암종, 유관, 유방

유전성 유방암 및 난소암 증후군

염증성 유방 신생물

2. 학술지 번역표

MeSH 변환 테이블에서 검색어를 찾을 수 없는 경우, 프로세스는 전체 저널 제목, 저널 제목 약어 및 ISSN(International Standard Serial Number)을 포함하는 저널 변환 테이블에서 일치를 찾기 위해 계속 진행됩니다. 검색어는 저널 약어에 자동으로 매핑됩니다.

검색어: New England Journal of Medicine

"New England Journal of Medicine"은 N Engl J Med에 매핑됩니다.

번역된 검색: "N Engl J Med" [저널 이름]

저널 제목은 모든 필드 색인에 포함됩니다. 따라서 저널 제목이기도 한 MeSH 용어를 검색하면 저널에 대한 인용도 검색됩니다.

검색어: nature

"nature"[MeSH 용어] OR "nature"[모든 필드]로 번역된 검색어입니다.

검색에는 Nature 저널이 포함됩니다

3. 전체 저자 색인

전체 저자 번역 테이블에는 2002년 이후 출판된 논문의 전체 저자 이름이 포함되어 있습니다(가능한 경우).

4. 전체 연구자(협력자) 색인

전체 저자를 제외하고 위의 표에서 용어를 찾을 수 없고 단일 용어가 아닌 경우 전체 연구자 색인을 참조하여 일치를 확인합니다. 전체 조사자(협력자) 번역 테이블에는 사용 가능한 경우 전체 이름이 포함됩니다.

5. 저자 색인

전체 저자 또는 전체 연구자를 제외하고 위의 표에서 용어를 찾을 수 없고 단일 용어가 아닌 경우 PubMed는 저자 색인에서 일치 항목을 확인합니다.

저자 이름 검색은 성(공백) 이니셜(예: O'Malley F, Smith JP 또는 Gomez-Sanchez M) 형식으로 입력해야 합니다.

이니셜이 하나만 사용되는 경우 PubMed는 첫 번째 이니셜이 있는 모든 이름을 검색하고, 저자의 성만 입력하면 모든 필드에서 해당 이름을 검색합니다. 이니셜이 성을 따르지 않기 때문에 기본적으로 작성자 색인으로 설정되지 않습니다.

검색어: o'malley f

검색은 저자를 검색합니다: o'malley fa, o'malley fb, o'malley fc, o'malley fd, o'malley f jr 등

검색어: o'malley

검색: "o'malley" [모든 필드]

인용에 포함할 저자 수에 관한 NLM의 저자 색인 정책의 역사는 표 1에 요약되어 있습니다.

표 1.

NLM 작성자 인덱싱 정책의 기록

6. 연구자(협력자) 색인

전체 저자, 저자 또는 전체 연구자를 제외하고 위의 표에서 용어를 찾을 수 없고 단일 용어가 아닌 경우 PubMed는 연구자 색인에서 일치 항목을 확인합니다.

7. 일치하는 항목이 없는 경우?

PubMed는 구문을 분리하고 일치하는 항목을 찾을 때까지 위의 자동 용어 매핑 프로세스를 반복합니다. PubMed는 검색에서 중지 단어를 무시합니다.

일치하는 용어가 없으면 개별 용어가 함께 결합(AND-ed)되고 모든 필드에서 검색됩니다(아래 단순 검색 섹션 참조).

한 가지 예외: PubMed는 일련의 숫자(예: 23436005 23193264)를 PubMed ID로 해석하며, ID는 결합(AND-ed)되지 않고 개별적으로 OR됩니다.

Search rules and field abbreviations(검색 규칙 및 필드 약어)

검색 규칙, 구문 및 특정 검색 필드 태그를 사용하여 PubMed의 자동 용어 매핑을 재정의할 수 있습니다.

부울 연산자 AND, OR 및 NOT은 대문자로 입력해야 하며 왼쪽에서 오른쪽으로 처리됩니다. 검색어의 중첩은 개념을 괄호로 묶어 가능합니다. 괄호 안의 용어는 하나의 단위로 처리된 다음 전체 전략에 통합됩니다(예: 치료 AND(꽃가루 알레르기 또는 천식)).

용어는 PubMed의 검색 필드 설명 및 태그를 사용하여 한정할 수 있습니다. 각 검색어 뒤에는 검색할 필드를 나타내는 적절한 검색 필드 태그가 와야 합니다. 예를 들어, 검색어 셀 [jour]는 저널 필드만 검색합니다. 필드를 지정하면 변환 테이블(예: MeSH)을 사용하는 자동 용어 매핑 프로세스가 배제됩니다.

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Using PubMed

Searching

Simple Searching

A simple search can be conducted from the PubMed homepage by entering terms in the search box and clicking the Search button or pressing the Enter key.

Term suggestions will display for search terms entered in the search box.

If more than one term is entered in the search box, PubMed will go through the automatic term mapping process described in the previous section, looking for exact matches for each term. If the exact phrase is not found, PubMed clips a term off the end and repeats the automatic term mapping, again looking for an exact match, but this time to the abbreviated query. This continues until none of the words are found in any one of the translation tables. In this case, PubMed combines terms (with the AND Boolean operator) and applies the automatic term mapping process to each individual word. PubMed ignores stopwords, such as “about,” “of,” or “what.” Users may also apply their own Boolean operators (AND, OR, NOT) to multiple search terms; the Boolean operators must be in uppercase.

If a phrase of more than two terms is not found in any translation table, then the last word of the phrase is dropped, and the remainder of the phrase is sent through the entire process again. This continues, removing one word at a time, until a match is found.

If there is no match found during the automatic term mapping process, the individual terms will be combined with AND and searched in all fields:

Search term: heart attack bad diet

Automatic term mapping process:

heart attack bad diet => no matches

heart attack bad => no matches

heart attack => MeSH translation table match, remove "heart attack" from the query

bad diet => no matches

bad => no matches, search in all fields, remove "bad" from the query

diet => MeSH translation table match, remove "diet" from the query

Processing stops because the query string is empty

Translated as: ("myocardial infarction"[MeSH Terms] OR ("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All Fields]) OR "myocardial infarction"[All Fields] OR ("heart"[All Fields] AND "attack"[All Fields]) OR "heart attack"[All Fields]) AND bad[All Fields] AND ("diet"[MeSH Terms] OR "diet"[All Fields])

Consult the sidebar discovery tool “Search details” to see how PubMed translated a search.

Complex Searching

There are a variety of ways that PubMed can be searched in a more sophisticated manner than simply typing search terms into the search box and clicking Search. It is possible to construct complex search strategies using Boolean operators and the features listed below:

• Use the Advanced search page to:

  • Search by a specific field

  • Browse the index of terms

  • Combine searches using history

  • Preview the number of search results

• Filters narrow search results by article types, text availability, publication dates, species, languages, sex, subjects, journal categories, ages, and search fields.

Go to:

Additional PubMed Features

The following resources are available to facilitate effective searches:

• Use the MeSH Database to find MeSH terms, including Subheadings, Publication Types, Supplementary Concepts, and Pharmacological Actions, and then build a PubMed search

• The Clinical Queries page provides searching by clinical study categories that use built-in search filters to limit retrieval‎ to citations to articles reporting research conducted with specific methodologies, including those that report applied clinical research.

• The NLM Catalog includes information about the journals in PubMed and the other NCBI databases.

• Use the Batch Citation Matcher to retrieve PMIDs (PubMed IDs) for multiple citations in batch mode.

• My NCBI saves searches, results, bibliographies, and features an option to automatically update and email search results. Preferences include storing and changing an email address, highlighting search terms, opening the abstract display supplemental data by default, and turning off the auto suggest feature. Additional features include filtering search results, managing recent activity, and setting a LinkOut icon, document delivery services, and outside tool preferences.

• PubMed Mobile provides a simplified mobile-friendly web interface to access PubMed.

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Results

PubMed search results are displayed in a summary format; citations are initially displayed 20 items per page with the most recently entered citations displayed first. (Note that this date can differ significantly from the publication date.)

A spell-checking feature suggests alternative spellings for search terms that may include misspellings.

사용자에게 타겟팅된 결과를 제공하기 위해 쿼리 센서는 특정 특성과 일치하는 검색을 표시할 수 있습니다. 예를 들어, 저자 이름, 저널 제목, 출판 날짜 또는 논문 제목(예: zong science 2012)을 포함하는 검색에 대해 인용 센서가 표시됩니다. 유전자 센서는 유전자 기호(예: brca1)를 포함하는 쿼리를 확인합니다

검색에 따라 추가 센서 및 검색 도구(예: 연도별 결과, 최근 활동, 관련 검색, PMC 이미지)도 표시될 수 있습니다.

인용은 다른 형식으로 볼 수 있으며 정렬, 저장 또는 전자 메일로 보내고 인쇄할 수 있습니다. 전문은 온라인이나 도서관에서 주문할 수도 있습니다.

로 가다:

PubMed에 대한 하이퍼링크를 만드는 방법

PubMed 데이터를 검색하는 웹 URL 링크를 만들려면 다음 도구를 사용하는 것이 좋습니다.

• Entrez Programming Utilities(E-utilities)는 NCBI의 Entrez 쿼리 및 데이터베이스 시스템에 안정적인 인터페이스를 제공하는 8개의 서버 측 프로그램 세트입니다. E-Utilities는 프론트엔드 쿼리 엔진을 사용하지 않고 인용 데이터를 검색하고 다운로드할 수 있는 빠르고 효율적인 방법을 제공합니다.

• PubMed에 대한 웹 링크 만들기 온라인 문서를 사용하여 URL을 수동으로 생성합니다.

로 가다:

고객 지원

추가 지원이 필요한 경우:

• 모든 PubMed 페이지에 표시된 지원 센터 링크를 선택하여 헬프 데스크에 문의하세요

• NLM 고객 서비스 데스크에 전화: 1-888-FIND-NLM(1-888-346-3656)

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책장 ID: NBK153385

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• 요약
• 데이터 소스
• 전자 데이터 제출
• 데이터베이스 관리 및 하드웨어
• 인덱싱
• PubMed 쿼리 처리 방법
• PubMed 사용
• 추가 PubMed 기능
• 결과
• PubMed에 대한 하이퍼링크를 만드는 방법
• 고객 지원

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