미생물은 일반적으로 보이지 않은 생물, 즉 세균, 진균(효모, 곰팡이 등), rickettsia, mycoplasma, 바이러스, 원충(protozoa) 등의 총칭이다.

육안의 가시한계를 넘어선 0.1mm 이하의 크기인 미세한 생물로 주로 단일세포 또는 균사로써 몸을 이루며, 생물로서 최소 생활단위를 영위하는데 식품, 의약품 등 생산공업이나 생물자원으로 또 수질환경 및 토양의 지력보존 등에 이용된다. 주로 단일세포 또는 균사로써 몸을 이루며, 생물로서 최소 생활단위를 영위한다. 조류(algae), 세균류(bacteria), 원생동물류(protozoa), 사상균류(fungi), 효모류(yeast)와 한계적 생물이라고 할 수 있는 바이러스(virus) 등이 이에 속한다. 이들은 지구상 어디에서나 습기가 있는 곳에는 생육할 수 있으며 인간생활과 밀접한 관계가 있다. 사람을 비롯한 동식물에 질병을 가져오는 병원미생물, 독소를 생성하여 식중독을 일으키는 미생물, 의식주에 관계되는 각종 물질을 변질·부패시키는 원인 생물인 유해미생물도 잘 알려져 있다. 이러한 미생물의 특유한 성질을 이용하여 식품·의약품 그밖의 공업생산품 등 생산공업에도 많이 이용하며, 간편한 시설로써 계속 배양시킬 수 있는 생물자원으로도 각광을 받고 있다. 미생물의 균주개발에는 유전자공학적인 방법이 도입되어 이용되고 있다. 자연계에서는 동식물의 시체·배설물·부후물(腐朽物) 등을 분해하는 청소부 역할을 함에 따라 수질환경 및 토양의 지력보존(地力保存)에도 이들 미생물이 많이 이용된다. 세균의 분류는 여러 형태학적 특징을 비롯하여 각종 물질대사에 수반되는 생리학적 여러 가지 특징, 핵산물질 및 염기의 조합비, 면역학적 특징 및 병원성의 유무 등을 기준으로 한다. 지금까지 알려진 총 세균수는 1,700종 이상으로 알려져 있으나 이들의 완전한 분류방식은 아직 찾지 못하고 있는 실정이다. 최근에는 모든 물질의 구조적 ·기능적 특성의 자료를 컴퓨터에 입력하여 분류를 시도하기까지에 이르렀으나 번거롭다는 결점이 있다. 일반적으로 가장 광범위하게 사용되고 있는 방법은 P.H.버지의 편람(便覽)에 제시된 것이다. 세균의 형태에 따른 분류는 구형을 한 구균(coccus), 막대 모양을 한 간균(bacillus), 길고 나선 모양으로 꼬인 나선균(spirillum)으로 대별된다. 균체의 배열에 따라 두 개가 붙어 있는 경우는 쌍구균(diplococcus), 연쇄상으로 몇 개씩 연결되어 있는 연쇄상구균(streptococcus), 많은 구균이 포도송이처럼 뭉쳐 있는 포도상구균(staphylococcus), 4개가 연결된 4련구균(tetrad), 8개가 연결된 8련구균(sarcina) 등으로 분류된다. 분류학상으로 세균류는 다음과 같이 3강으로 분류된다. (넓은 의미로는 원핵균류(原核菌類)를 뜻하나 좁은 의미로는 미코플라스마문 ·점액세균문(粘液細菌門) ·스피로헤타문 ·방선균문(放線菌門)을 제외한 세균문만을 뜻한다.) 1. 리케차강(Rickettsiomycetes) ① 클라미디아목(Chlamydiales:앵무병감염균 ·트라코마감염균 등) ② 리케차목(Rickettsiales:Q열균 ·발진티푸스균 등) 2. 진정세균강(Eubacteriomycetes) ① 진정세균목(Eubacteriales:포도상구균 ·젖산발효균 ·디프테리아균 ·근류균 ·아조토박터 ·대장균 등) ② 카리오파논목(Caryophanales:절지동물 기생균 ·소양의 소화관 기생균 등) 3. 슈도모나스강(Pseudomonadomycetes) ① 슈도모나스목(Pseudomonadales:아세트산균 ·녹농균 ·메틸산화균 ·진산균 ·나선균 ·콜레라균 등) ② 홍색세균목(Rhodobacteriales:황녹색균 ·황홍색균 등) ③ 활주세균목(Beggiatales:활주세균 ·황세균 등) ④ 유협세균목(Chlamydobacteriales:용천철세균 ·나선철세균 등) ⑤ 아출세균목(Hyphomicrobiales):블라스토카울리스속(Blastocaulis) ·히포미크로븀속(Hyphomicrobium) ·로도미크로븀속(Rhodomicrobium) 등이 속한다. 미생물[微生物, microorganism] 미생물은 일반적으로 보이지 않은 생물, 즉 세균, 진균(효모, 곰팡이 등), rickettsia, mycoplasma, 바이러스, 원충(protozoa) 등의 총칭이다. 미생물이 속하는 생물계에서 원충은 동물계에 또 그 밖의 미생물은 식물계에 포함시키는 것이 예부터의 일반적인 분류였다. 그러나 최근에는 바이러스를 제외하는 단세포 생물에 대하여는 동물계 및 식물계란 별개의 계 원핵생물(procaryote) 및 진핵생물(eucaryote)이 설정되었다. 바이러스(virus)는 아직 생물분류에서는 확실한 위치는 주어지고 있지 않고 있다. 이 지구상에는 우리 인류를 포하매 적어도 300만종 이상 대략 1,000만종 이상의 생물이 현존하고 있습니다. 그 중의 약 1할 정도가 미생물이라고 불려지는 생물입니다. 이 미생물은 육안으로는 볼 수 없는 미소한 생물로 동물이나 식물과 함께 생물계를 형성하고 있습니다. 미생물에는 동물이나 식물과 같은 모양을 한 진핵생물인 프로토조아(원생동물), 곰팡이(진균류), 조류 및 원핵생물인 박테리아(세균), 남조류(시아노박테리아), 바이러스가 포함됩니다. 미생물은 다른 생물과 같이 생태적 지위가 결정되어 있기 때문에 자연계의 소재에 의해 분류는 아래와 같습니다. 1) 물속의 미생물군 : 비브리오 2) 공중 미생물군 : 바실러스, 진균류의 포자, 마이크로콕가스, 연쇄상구균 3) 토양 미생물군 : 포자생성균, 방사선균 4) 식물 미생물군 : 식물의 각 부위마다 부착되는 미생물의 종류가 다른데 잎면에는 진균류, 수액에는 박테리아, 진균과 같이 클로렐라도 검출이 많이 됩니다., 또한 곡류에는 아스퍼질러스, 페니실리움, 후사리움 등.... 5) 동물 미생물군 : 피부와 비강에는 포도구균, 마이크로콕카스, 질강에는 유산균, 구강및 장에는 박테로이더스 등이 있습니다. 그 외에도 식품조제중에 가공과정, 유통판매과정, 조리과정에서도 미생물의 오염이 일어나고, 식품자체, 과일, 야채, 곡류, 수산식품, 축산식품, 건조식품 등에도 미생물이 발생합니다. 이 외에도 미생물을 이용하는 데는 화장품, 의류, 식품등이 있습니다. 병원성 미생물은 우리의 신체에 많은 영향을 끼치는 미생물을 지칭하며, 환경적으로 볼때는 미생물이 분해자의 역할을 담당하고 있어 우리의 환경, 지구에 끼치는 영향이 크다.  곰팡이 (filamentous fungi) 균류 중에서 진균류에 속하는 미생물 곰팡이는 보통 그 본체가 실처럼 길고 가는 모양의 균사로 되어 있는 사상균을 가리킨다. 일반적으로 균류 중에서도 세균·고초균·버섯 등이나, 경우에 따라서는 효모와도 구별하지만 엄밀하게 구별하기에는 어려움이 많다. 균류는 보통 다음과 같이 분류한다. 조균류 270속 1,500종, 자낭균류 1,850속 1만 5000종, 담자균류 550속 1만 5000종, 불완전균류 1,450속 1만 5000종, 그밖의 것을 포함하면 합계 4,400속 5만 종이 된다. 이 가운데서 버섯을 형성하는 것은 자낭균류의 일부와 담자균류가 대부분이므로 나머지는 모두 곰팡이류로 다루게 된다. 그러므로 곰팡이류의 종류는 아무리 적게 보아도 3만 종 이상이다. 대부분의 곰팡이류는 현미경으로 보면 세포가 길쭉해져 있고 또한 세로로 연결되어 실과 같은 모양을 하고 있다. 이것을 균사라고 한다. 곰팡이류 중에서 일생을 단세포로 마치는 것도 있다. 그러나 뚜렷한 세포핵을 가지고 있으며, 핵은 단핵·2핵·다핵인 것이 있는데, 특히 조균류의 것은 복잡한 모양의 전균체(全菌體)가 격벽 없는 다핵의 단세포체를 이루고 있다. 곰팡이류는 온난다습한 환경을 좋아하며 최적온도가 30℃ 정도인데, 그 중에는 5∼8℃인 냉장고 속의 육류에 가장 잘 발생하는 카에토스더리움도 있고, 푸른곰팡이의 어떤 종은 45∼53℃에서만 자라는 것도 있다.