미국으로부터 개신교 선교협회들이 쇄도하여 들어왔다. 그 첫 번째가 미국 장로 교회(Presbyterian Church in the USA)였다. 장로교 개척선교사는 1899년 4월에 도착한 제임스 로저스 박사(Dr. James B.Rodgers)였다. 두마케 티시에 있는 유명한 실리만 대학교(Silliman University in Cumaguete city)는 1901년에 장로교인에 의해 창설되었다. 처음부터 장로교회는 에큐메니칼 정신을 조장했다. 1907년에 그들은 마닐라에 연합 신학교(Union Theological Seminary)를 세우 기 위해 감리교인들과 손을 잡았다. 1992년에 그들은 연합복음주의교 회(United Evangelical Church)를 형성하기 위해 회중교인들과 연합 형제회들과 통합했다. 1947년에 교회와 선교가 통합했으며 그 후 선 교사들은 형제의 일꾼들로서 교회에서 봉사했다. 1948년 이후는 장로 교인들의 일이 필리핀 연합교회를(United Church of Chirst in the Philippines)를 구성하는 부분이 되어왔다. 지난 10년 동안 우호적인 일꾼들의 수가 감소했다. 대략 1/3이 교회일에 머물렀고 나머지는 의 료와 교육과 행정 일에 머물렀다.
필리핀에 들어간 두번째 선교회는 감리교 성공회(Methodist Episcopal Church)였다. 감독 제임스 써번(Bishop James M. Thoburn)은 1899년에 마닐라를 방문하여 필리핀 섬들에서 사역을 의 논했다. 처음 선교사들이 도착할 때까지 초기의 회심자인 니콜라스 자모라 목사가 일을 수행한다. 처음 선교사들은 1900년 2월에 마닐라에 도착 한
WFMS에 소속한 5명의 여자들이었다. 한 달 후 토마스 마틴 목사가 도착했고 이어서
후에 감독이 된 호머 스텐츠(Dr.Homer C.Stuntz)박사가 일을 수행했다. 여성들을 위한 첫 성경학교가 위니 프 레드스폴딩 양(Miss Winifred Spaulding)에 의해 열렸다. 첫선교 회의는 1905년에 조직되었고 1908년에 정기회의를 가졌다. 감리교 성 공회는 세
번(1905, 1909, 1933년)이나 갈라졌다. 첫 필리핀 감독이 1944년에 임명되었다. 오늘날 감리교회는 5개 연회로 조직되었고 모 든 주요 직위들은 필리핀인들이 차지하고 있다. 미국 선교사들은 협 력하는 역할을 감당하고 있다. 1952년까지 필리핀 연합교회의
문제로 감리교회의 사역이 북루손섬에 한정되었으나 그 이후로는 교회와 선교 일이
민다나오까지 확대되었다.
미국 침례교(American Baptists)는 1900년에 현지에 도착하여 파나 니(Panay)와 네그로스(Negros)섬들에 노력을 집중했다. 에릭 룬트박 사(Dr.Eric Lund), 스위스 침례교 선교사는 미국 침례교 외국인선교 사협회의 처음 대표자였다. 그와 그의 동료 브라우리오 마니칸 (Braulio Manican)은 1912년 파나이어와 비사얀어 성경번역을 마쳤다. 첫 선교 병원이 안드루 홀 박사(Dr. Andrew Hall)에 의해일루일 루(Iloilo)에서 열렸다. 1905년 미스 안나 쟌슨(Miss Anna Johnson)은 침례교 선교사 훈련학교를 세웠다. 필리핀 침례교회 협의회는 1935년 에 형성되었는데 세례 교인 3만을 가진 교회로 300여 교회가 있다. 다음은 1901년에 생긴 그리스도의 제자교회(The Disciples of Christ)가 있다. 그들은 마닐라를 피하여 북 루손으로 갔으며 라오악 (Laoag)에 본부를 세웠다. 1901년과 1954년 사이에 이 선교회의 70명 의 선교사들이 이 섬에서 사역했다. 1943년에 그리스도의 교회는 복 음주의교회를 형성하기 위해 연합형제회(United Brethren)와 통합했 다. 이들은 후에 필리핀 연합교회가 1948년에 조직될 때 가장 큰 연 합회원이 된 교회이기도 하다.1902년에 외국선교를 위한 미국인 이사회는 일치에 의해 민다나오 남쪽섬으로 할당되었다. 그 당시 50%가 명목상 가톨릭교도였고 30% 가 모슬렘교도였으며 나머지는 이방인이었다.
개척 선교사인 블랙 목사 부부(Rev.and Mrs.R.F.Black)는 다바오 (Davao)에 위치했다. 회중교회는 연합복음주의교회를 형성하기 위해 1929년에 장로교회와 연합형제교회와 통합했다. 1948년에 새로 형성 된 필리핀 연합교회의 일부가 되었다.
미국성공회(Protestant Episcopal Mission)는 1902년에 일을 시작했 다. 이들은 항상 마닐라에 있는 영미 사회에 중요한 사역을 계속해 왔다. 또한 루손 산간지역의 이고롯쪽(Igorots)과 남쪽 민다나오의 원 주민들을 중심으로 선교를 펼쳤다. 성 안드루 신학교와 트리니티 대 학이 필리핀 독립교회와 지금 손을 잡고 일하고 있다. 필리핀 성공회 는 거의 6만명에 이르는 세례교인들을 가지고 있다.
기독교선교연맹(Christian and Missionary Alliance)은 1902년에 민 다나오 남부섬에서 일했으며 여러 달 후에 선교사가 콜레라로 죽자 일을 보류하기도 했다. 수년 후인 1908년에 일을 시작하여 2커플을 얻었고 1941년에는 30명의 사역자를 얻었고 1947년에는 필리핀 기독 교선교연맹이 독립하게 되었다. 1969년에는 558명의 회원들을 얻었 다. 세례교인은 2만을 확보했다. 여러 수준에서 기독교인 훈련을 하 는 4개의 성경학교를 운영했으며 평신도 지도자들을 훈련시켰다. 2백 만장 이상의 복문서를 정기적으로 찍어내는 연합출판사를 만들었다. 또한 라디오 방송도 민다나오에서 활발히 추진되고 있는 사역중 하 나이다. 1958년에 시작된 좋은 소식시간(Good News Time)은 22주간 방송으로 확대되었고 그 중에 4개의 상업방송과 하나의 교회와 관계 된 방송을 가지고 있다.
제칠일 재림교(Seventh Day Adventists)는 1910년에 필리핀에서 선교를 시작하였고 여러 곳에 강한 조직을 가지고 있다. 174개의 국 민학교, 20개의 고등학교, 2개 대학과 6개의 병원을 가지고 있다. 교 회 개척도 소홀히 하지 않았고 그들의 보고에 의하면
125,000명의 회 원을 모았고 1,165개 정도의 교회를 가지고 있다.
하나님의 성회(The Assemblies of God)는 미국에서 회심하여 미 국 성경학교에서
훈련받았던 필리핀 사람에 의해 시작되었다. 자기 백성들에게 복음을 전하고자 하는
강한 열정을 가지고 1930년에 필 리핀에 돌아와 하나님의 성회 교회를 세웠다. 오늘날
이들 중 몇몇은 훌륭한 지도자이기도 하다. 다른 나라에서처럼 하나님의 성회는 복음
전도와 교회개척에 열심이다. 오늘까지 각 지역에 6개의 성경학교를 세웠고 1964년에
극동신학교(Far East School of Theology)를 마닐 라에 세웠다. 성경학교를 졸업한
학생들에게 연장교육을 시키려는 목적이었다. 현재 425교회에 5만의 세례교인을
확보했으며 700명의 자 국인 사역자들과 45명의 선교사들이 함께 일하고 있다.
연합그리스도 교회(United Church of Christ in the Philippines : UCCP)는 1948년에 연합교회를 형성하기 위해 세 개의 교파가 통합 을 했다. 이 교파들은 연합복음주의교회(장로교회와 회중교회 : United Evangelical Church)복음주의교회(연합형제교회와 그리스도의 제자교회 : Evangelical Church), 필리핀 감리교회(독립교회 : Philippine Methodist Church)였다. 다섯 개의 미국인 교파들이 연합 교회와 협력했다(그리스도의 제자교회, 연합장로교회, 연합감리교회, 개혁교회, 연합그리스도교회). 이들 교회에서 연합교회에 70여명의 선 교 사역자들을 할당했을 뿐만 아니라 이들 선교부는 교육, 의료, 행 정사역에도 해마다 협력을 해왔다. 해마다 4-5%의 성장률을 가지고 도 엽합교회는 1,400명의 모든 전도자들에게 신학교 훈련사역을 후원 하지 못하고 있다. 단지 400명만이 목사로 임명되었다. 연합그리스도 교회는 160.000명의 세례교인을 가진 분명히 필리핀에서 가장 큰 개 신교회가 되었다. 연합교회는 성경학교, 학원, 중소 대학, 간호학교, 두 신학교와 실리만 대학 등 20개 이상의 학교를 세웠다. 선교현장에서 그렇게 내놓고 자랑할 만한 기독교 대학이 별로 없 다. 1907년에 장로교인에 의해 세워진 두마케티시(Dumaguete)에 있 는 실리만 대학(Silliman University)교는 필리핀에서 내놓을 만한 대 학이다. 207명의 교수진과 3,500명의 등록학생들을 가지고 있다. 실리 만 대학은 현재 연합그리스도교회와 관계를 갖고 있는 에큐메니칼에 속한 대학교이다. 필리핀중앙대학(Centeral Philippine University)은 미국 침례교회와 관계가 있는데 1905년에 일루일루(Iloilo)에서 시작 되었다. 1953년에 정부로부터 정식 인가받은 학위를 수여하는 대학으 로 10개의 중소 대학교로 구성되었으며 한 개의 신학교를 가지고 있다.
2차 세계대전 후에 많은 선교 단체들이 일어났다. 이 선교단체들은 미개한 부족들에게 더 많은 선교를 집중하고 있는 선교단체들이다. 남침례교선교회는 1948년에 마닐라에 있는 전중국선교사들로 말미암 아 시작되었다. 빠르게 성장하여 북쪽에 루손섬과 남쪽에 민다나오섬 과 중앙에 시부섬에 현재 100여명의 선교사를 파송했으며 이미 145 개의 교회를 개척했고 그중 130개의 교회가 자립하고 있다. 세례교인 이 13,000명에 이르고 있다.
해외선교사협의회(Over Missionary Fellowship)는 1952년에 민도 로섬(Mindoro)에서 선교를 시작했으며 그 당시까지 거주하는 개신교 선교사가 하나도 었었다. 오늘날
선교사의 정반이 부족들이 사는 산 간지역에 교회를 개척했다. 그 중에 약 30,000명에
이르는 망얀 (Mangyan)지역에 사는 원시생활을 하고 있는 6개의 주요 부족들에 게
선교를 하고 있다. 문서선교를 통하여 필리핀 교회들에게 큰 공헌 을 하고 있는 선교
단체이다.
위클리프 성경번역(Wycliffe Bible Translators)선교회는 피트만 박 사(Dr. Richard
Pittman)의 인솔로 22명의 성경번역자들이 1953년에 필리핀에서 도착함으로
시작되었다. 1970년에는 150명의 선교사들이 42부족들 가운데서 일했다. 성경의
부분들이 23개의 언어로 번역 되 었다. 이방인 부족들도 관심을 가졌으며 모슬렘족에게까지 사역이 확 대되었다. 번역자들은 직접전도를 하지 않았으나 현재 36부족 가운데 신앙인들이 생겼다. 또한 필리핀의 원시 부족들 가운데 일하고 있는 새부족선교회( New Tribes Mission)는 현재 6부족에 50명의 선교사를 파송했다.