경비 등을 지출하거나 비품 등을 구입하고 세금계산서를 받더라도 부가가치세를 공제 받지 못하는 경우가 있다. 이는 부가가치세 과세사업과 무관하거나 조세정책적으로 그 지출을 제한하기 위한 것이다. 부가가치세를 공제 받지 못하는 경우는 다음과 같다.
매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 등
매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 공제 받을 수 없다. 다만, 다음의 경우는 매입세액공제가 가능하다.
가. 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우
나. 경정청구서와 함께 제출하는 경우
다. 기한 후 과세표준신고서와 함께 제출하는 경우
라. 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부 받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우
세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 등
세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 공제 받지 못한다. 다만, 다음의 매입세액은 공제가 가능하다.
가. 사업자등록신청 후 그 교부 일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부 받은 경우
나. 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
다. 공급시기 이후에 교부 받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부 받은 경우
사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제 받을 수 없어
사업과의 관련성은 그 실질에 따라 판단하게 된다.
비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액
비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액은 공제 받을 수 없다. 비영업용 소형 승용 자동차라 함은 운수업 외의 용도로 사용하는 8인승 이하의 승용차로서 이륜자동차를 포함합니다. 다만, 다음의 경우를 제외한다.
가. 배기량이 800cc 이하의 것으로서 길이가 3.5미터 이하이고 폭이 1.5미터 이하인 승용차 (경차)
나. 내연기관의 총배기량이 125cc 이하인 2륜 자동차
다. 내연기관 외의 것을 원동기로 하는 2륜 자동차로 그 정격출력이 1kw 이하인 것
접대비 및 이와 유사한 지출에 관련된 매입세액은 공제 불가능
따라서 접대목적으로 구입한 재화에 대한 매입세액은 공제 받을 수 없다.
부가가치세 면세사업관련 매입세액
부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제 받을 수 없다. 그런데 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 실지귀속에 따라 공제여부를 결정하나 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 당해 과세기간의 공급가액비율에 의해 안분하여 계산한다. 다만, 다음의 매입세액은 공제될 수 있다.
가. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5/100 미만인 경우의 매입세액
나. 당해 과세기간중의 공통 매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액
다. 신설사업자로서 당해 과세기간에 취득하여 처분한 재화에 대한 매입세액
토지관련 매입세액
토지는 면세 재화이다. 토지와 관련한 다음 비용에 대하여 발생한 매입세액은 공제 받을 수 없다.
가. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
나. 토지와 그 지상 건축물을 구입한 후 토지만을 사용하기 위해 건축물을 철거한 경우 그 건축물의 취득 및 철거에 관련된 매입세액
다. 토지가치를 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용
공급자가 대손세액 공제를 받은 경우
재화나 용역을 공급 받은 사업자가 대손세액의 일부 또는 전부를 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업 전에 확정되는 때에는 당해 재화 등을 공급 받은 사업자는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다.
사업자 등록을 하기 전의 매입세액
사업자등록전의 매입세액은 공제 받을 수 없다. 다만, 등록신청 일부터 역산하여 20일 이내의 것은 공제 가능하다.