시골의 농가주택을 매수하다 보면 소유권을 이전 받을 수 있으나 그 지상의 미등기 상태인 무허가 건물은 이전받지 못하여 애를 먹는 경우가 있다. 더구나 그 무허가 건물이 매도인의 것이 아니라 그 이전 소유자의 것이라면 더욱 문제가 복잡해진다. 왜냐하면 무허가 건물이 여러 명을 거쳐 전전 매도되었다해도 소유자는 처음 집을 지은 신축자이기 때문이다.
즉 "무허가 건물의 신축은 법률행위에 의하지 아니한 물권의 취득이므로 신축자가 등기 없이 소유권을 원시취득한다고 할 것이지만, 이를 양도하는 경우에는 등기 없이 물권행위 및 인도에 의하여 소유권을 이전할 수 없다 할 것인 바, 점유자가 무허가 건물의 신축자로부터 이를 매수하여 인도받아 점유하고 있다고 하더라도 그 소유권을 취득할 수 없고, 신축자가 법률상의 처분권한을 상실하였다고 할 수 없으므로 무허가 건물대장상의 소유 명의자가 그 후 무허가 건물을 신축자로 부터 제3자를 거쳐 이중으로 매수하여 건물대장에 소유자가 명의를 등재하였다 하여 점유자가 '직접' 소유명의자에 대하여 방해배제의 방법으로 무허가 건물대장상의 명의변경을 청구할 권한이 있다고 판단할 수 없다" 는 것이 대법원의 판례이다(대법원 1997. 11. 28. 선고 95다43594판결)
위 판례에 따르면 매수인이 설사 무허가건물대장상에 소유자로 등재되었다 하더라도 법적인 소유권이 인정되거나 소유자로 추정되는 효력이 없다. 이런 무허가건물을 매수할 때에는 미리 매도인으로 하여금 허가와 보존등기를 마친 후 넘겨달라고 해야 함에도, 이를 간과하고 그냥 넘겨받은 후 매도인이나 신축자가 이전에 협조해주지 않는 경우 이전받는 방법이 문제된다.
해결책을 찾아보면, 먼저 매도인이 신축자라면 매도인을 대위하여 건축허가를 신청하여 허가를 받아 건축물대장에 매도인을 소유자로 등재시킨 뒤, 이를 근거로 다시 매도인을 대위하여 보존등기를 마친 후 소유권이전등기소송을 제기하여 판결을 받아 이전하여야 할 것으로 보인다.
또한 신축자가 매도인 이전의 소유자인 경우에도 소유권이전등기청구권을 가진 매도인과 그 전 소유자를 순차로 대위하여 허가받아 이전등기하는 절차를 거칠 수 밖에 없는데, 특히 신축자가 오래 전에 사망하고 상속인이 많다면 이전등기소장 등에 송달에 어려움이 많다. 경우에 따라 국외송달이나 공시송달을 해야 한다. 이전절차의 어려움을 감안할 때, 매수인에게 철거권은 있으므로(대법원 1989. 2. 14. 선고87다카3073 판결) 건물이 별 가치가 없다면 차라리 철거신고 후 철거해버리는 것이 나을 수도 있다.