귀 질의에서 사업장이 2개 이상인 사업자가 본점에서 원재료를 구입하여 지점에서 생산이 이루어진 것인지, 본점과 지점의 사업 주체가 다른 별도의 사업장인지 명확하게 확인되지 않아 정확한 답변을 드리긴 힘들지만,
본점 및 지점등 둘이상의 음식점업을 영위하는 사업자가 면세농산물을 일괄 구매하여 가공하지 않고 지점으로 공급시 지점의 의제매입세액공제율을 적용하여 본점에서 의제매입세액공제가 가능한 것이며,
대표자가 다른 별도의 사업장일 경우에는 면세대상 원재료를 구입하고 매입처별계산서합계표, 신용카드매출전표등수령명세서를 부가가치세 신고서와 함께 제출(전송)하였다면 의제매입세액공제 가능한 것으로 사료됩니다.
-참고-
*부가46015-637,1997.03.22
1. 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적없이 다른 사업장에서 제공하는 용역에 사용·소비하기 위하여 반출하는 것은 부가가치세법시행령 제15조 제2항 규정에 의한 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것임
2개 이상의 사업장을 가지고 음식점업을 영위하는 법인이 한 사업장에서 음식 원재료인 면세되는 농산물 등을 일괄 구입하여 다른 사업장으로 반출하면서 일부 원재료는 1차 가공하여 반출하고 있으나 가공된 원재료는 직접 판매하지 않고 전량 다른 사업장에서 음식 원재료로 사용하여 음식용역을 제공하는 경우 당초 면세되는 원재료를 구입한 사업장에서 의제매입세액공제를 함에 있어 부가가치세법시행령 제62조 제1항 및 동법시행규칙 제19조 제1항 규정의 공제율은 음식점업의 공제율을 적용하는 것입니다.
*부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】
③ 법 제42조 제1항에 따라 매입세액을 공제받으려는 사업자는 기획재정부령으로 정하는 의제매입세액 공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출한다. (2013. 6. 28. 개정)
1. 「소득세법」 제163조 또는 「법인세법」 제121조에 따른 매입처별 계산서합계표 (2013. 6. 28. 개정)
2. 기획재정부령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서 (2013. 6. 28. 개정)