일반적으로 요도염은 임질과 비임균성 모두에 효과적인 항생제를 복용하면 1-2주 후면 대부분 완치됩니다. 다만 원인균이 항생제에 대하여 내성이 있는 경우도 있으므로 치료 기간 중에도 2-3일에 한번씩 소변검사를 통하여 염증이 호전되는 것을 확인하는 것이 좋습니다. 염증이 좋아지지 않으면 항생제를 교환하게 됩니다.
요도염을 치료하고 증상과 검사소견이 정상화되었다가 1주 전후하여 다시 생기는 것을 요도염이 재발되었다고 합니다. 이러한 원인에는 다음과 같은 것들이 있습니다.
첫째는 배우자에게 병을 옮기고 다시 받는 것입니다. 여성의 경우 요도염의 원인이 되는 균은 질에 염증을 유발할 수 있습니다. 그러므로 소변검사로는 감염유무를 알 수 없고 질분비물 검사를 해야 하는데 원래 여성의 질에는 각종 균이 정상적으로 번식하고 있기 때문에 비임균성 균에 의한 염증을 확인하는 것은 매우 어렵습니다. 또한 대부분의 경우 여성에서는 아무런 증상이 없습니다. 그러므로 요도염이 재발한 경우는 가장 먼저 배우자가 같이 치료받는 것이 필요합니다.
둘째는 전립선염으로 진행된 경우입니다. 요도는 전립선과 연결되어 있으므로 요도염이 심하면 전립선염으로 진행할 수 있고, 반대로 전립선염이 심한 경우는 요도염의 증상과 검사소견을 동반하게 됩니다. 전립선염은 요도염보다는 치료기간이 길고 주기적인 사정과 전립선마사지가 병행되어야 치료에 성공할 확률이 높습니다. 비세균성 전립선염의 경우는 아무리 심해도 소변에 염증이 동반되지 않기 때문에 일단 소변에 염증이 나온다면 세균성전립선염으로 간주하고 원인균을 찾는 노력을 해야 합니다.
셋째는 헤르페스에 의한 요도염입니다. 다만 이 경우는 요도염 치료후 1-2주일만에 다시 요도염의 증상이 생기는 것이 아니라 수주나 수개월이 지난 후 특히 피곤하거나 스트레스를 받고 난 후에 증상이 생기게 됩니다. 실제로 소변에 염증을 동반하는 경우도 있습니다. 헤르페스는 치료를 하지 않아도 약 1-2주면 증상이 없어지기 때문에 흔히 요도염의 치료로 좋아진 것으로 오인할 수 있습니다. 전립선에 염증이 없고, 배우자도 정상인데 피곤한 후에 요도염이 반복되면 2형 헤르페스에 대한 혈액검사로 확인하는 것이 필요합니다.