원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '구 도시재개발법'이라 한다)에 의하여 설립된 도시재개발조합은 조합원이 각자 지분권을 가지고 있을 뿐만 아니라, 그 지분권의 양도가 가능하고, 조합 청산시 잔여재산을 분배받게 되므로 법인세법상 비영리내국법인으로 볼 수 없고, 따라서 구 도시재개발법에 의하여 설립된 원고 조합은 법인세법상 비영리법인에 해당하지 않는다는 피고의 주장에 대하여,
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항에서 비영리내국법인을
민법 제32조 또는
사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서
민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인으로 규정하고 있고, 원고 조합은 특별법인 구 도시재개발법에 의하여 설립된 법인인 점, 구 도시재개발법에 의하면, 조합원은 시행자인 재개발조합에게 대지 또는 건축시설에 대한 분양신청을 하고, 관리처분계획에 따라 분양을 받은 자는 분양처분의 고시가 있은 다음날에 분양 받은 대지 또는 건축시설에 대하여 소유권을 취득하며, 이에 따라 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정리사업법의 규정에 의한 환지로 보고(제40조, 제49조), 그 대신 재개발사업의 시행 전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 재개발사업의 완료 후에 분양 받은 대지 또는 건축시설의 가격에 차액이 있을 때에는 재개발조합에게 그 차액인 청산금을 지급(제53조)하도록 규정하고 있으므로, 재개발조합의 조합원은 재개발조합에 종전의 대지 또는 건축물 등 부동산을 제공하고 관리처분계획에 따라 장차 새로운 부동산을 취득할 권리를 취득하고, 그 이후 분양처분에 의하여 새로운 부동산에 관하여 소유권을 취득하되, 종전 부동산에 대한 가액과 새로이 취득하는 부동산 가액과의 차액 상당액을 청산금으로 지급하는 것에 불과할 뿐, 원고 조합원이 법인인 원고 조합의 재산에 대하여 사적소유 형태인 지분권을 가진다거나, 원고 조합의 이득에 대하여 분배를 받는 것도 생각하기 어려운 점, 더욱이 구 도시재개발법 제29조는 재개발조합에 관하여는 민법 중 사단법인에 관한 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 민법 중 사단법인에 관한 규정은 비영리법인에 관한 규정인 점,
민법 제80조 제1항에 해산한 비영리법인의 잔여재산은 정관으로 지정한 자에게 귀속시키도록 규정하고 있고, 특히 이 사건 보류시설 26세대 아파트(이하 '이 사건 보류시설'이라 한다) 분양대금의 분배는 원고 조합의 정관에 따른 것이고, 원고 조합원이 재개발사업 과정에서 이 사건 보류시설 가액 상당의 비용이 소요될 것을 전제로 청산금을 지급하였으나, 그 이후 해산일까지 그 비용이 소요되지 아니함에 따라 결과적으로 과다하게 지급된 청산금을 반환 받는 형태로 볼 수 있는 점 등을 종합적으로 감안하면, 원고 조합은
법인세법 제1조 제1항 소정의 특별법에 의하여 설립된 법인으로서
민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인으로서 비영리법인에 해당한다고 봄이 상당하고, 그 정관에 따라 잔여재산인 이 사건 보류시설 분양대금을 해산 당시 조합원에게 종전 토지 등의 가액의 비율에 따라 분배하였다는 사정만으로는 원고 조합을 비영리내국법인이 아니라고 할 수는 없다고 판단하였다.