농지 소재지에서 자경하는 농민이 해당 농지를 매매하면 세금 혜택을 많이 받을 수 있다. 직접 8년 이상 경작했다면 매매에 따른 양도소득세 100%를 감면(연간 2억 원, 5년간 3억 원 한도)받는다. 농지 소재지에서 3년 이상 자경한 후 매매하고 1년 이내에 새로운 농지를 취득해 3년 이상 자경한다면 이 또한 대토에 따른 세금 전액이 면제(5년간 1억 원 한도)된다.
이러한 감면 혜택을 누리려면 여러 요건을 충족해야 한다. 그중에서도 특히 본인의 농지가 위치한 지역이 '어떤 용도지역인지', '언제 편입되었는지' 따져보는 것이 중요하다. 즉 주거·상업·공업지역 안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지(광역시에 있는 군 지역 제외, 도·농 복합형태 시의 읍·면 지역 제외)는 감면이 배제되기 때문이다. 또 주거지역 등에 편입된 농지(광역시에 있는 군 지역 제외, 도·농 복합형태 시의 읍·면 지역 제외)의 경우는 편입일로부터 소급해 1년 이상 재촌·자경한 경우 편입일로부터 2년까지만 사업용 토지로 인정되고 2년이 경과하면 비사업용 토지로 본다.
부산 강서구에서 총 3억 원에 취득한 농지를 20년째 재촌·자경하던 김모 씨는 올해 6억 원에 이 농지를 매매할 계획이다. 농지가 주거지역으로 편입된 시기는 2005년이다. 기본적인 감면 요건을 충족했으므로 약 5770만 원의 양도소득세 부담이 없을 것으로 예상했으나 안타깝게 위에서 살펴본 것처럼 주거지역 등으로 편입된 지 3년이 지났으므로 김 씨는 8년 자경 감면 혜택도 받지 못하고, 2005년 편입 후 2년까지만 사업용 토지로 인정되므로 현재는 비사업용 토지로서 장기보유특별공제도 받지 못하므로 오히려 양도소득세 8920만 원을 부담해야 한다.
기장군에서 재촌·자경하는 이모 씨는 위의 김 씨와 똑같은 조건으로 단지 '군' 지역이라는 농지 소재 지역이 다를 뿐이다. 이 씨의 경우도 농지 소재지가 군 지역이라는 이유로 편입되기 전인 '취득일로부터 2005년 편입일까지 발생한 양도소득'에 대해서는 100% 감면이 적용되고, 편입된 후인 '2006년부터 올해까지 발생한 양도소득'에 대해서만 세 부담을 지게 된다. 또 군 지역에 있는 농지에서 재촌·자경했으므로 편입일로부터의 경과 연수와 상관없이 사업용 토지로 인정되어 장기보유특별공제도 가능하므로 김 씨보다 훨씬 유리한 세 부담 조건이 된다.
만약 이 씨가 소유한 농지의 편입일이 2005년이 아닌 2002년 1월 1일 이전이었다면 편입일로부터 3년이 지난 경우라도 소득 구분 없이 약 5770만 원 양도소득세 전액에 대해 감면이 된다. 광역시에 소재하는 김 씨의 농지는 편입일이 2002년 1월 1일 전후 상관없이 편입일로부터 3년이 지났으면 무조건 감면에서 배제된다.