2013년에 개봉했던 베네수엘라 영화 <하우스 오브 디 엔드 타임스>를 리메이크한 <시간 위의 집>은 남편과 아들을 살해한 혐의로 체포된 미희(김윤진)가 25년의 수감 생활 후, 병보석으로 풀려나 사건이 발생한 그 집으로 돌아오면서 시작된다.
재혼한 엄마 미희의 가정생활은 그리 행복하진 않다. 경찰인 남편 철중(조재윤)은 허구한 날 바람을 피우며 아내를 구박하고, 그런 미희에게 유일한 희망은 두 아들뿐이다. 그러던 어느 날 집에서 남편이 칼에 찔려 살해당하고, 미희의 눈앞에서 아들마저 사라진다. 경찰은 미희를 범인으로 지목하고 30년의 형을 선고 받지만, 복역 중 후두암 말기로 25년 만에 출소한다.
오로지 아들을 찾겠다는 일념으로 그 집으로 다시 돌아온 미희가 범인이 아니라고 유일하게 믿는 최신부(옥택연)는 사건이 있던 날의 진짜 이야기를 듣고 싶다며 미희에게 부탁한다. 그러나 그녀는 ‘그들이 남편을 죽이고 아이를 데려갔다’는 말만 되풀이 할뿐이다.
25년 전, 사건이 일어나기 전부터 25년 주기로 사건이 발생하는 그 주택의 이야기는 과거와 현재를 함께 보여주며, 현재 미희가 하는 행동과 그 행동으로 달라진 미희의 세월 그리고 유전적 심장병을 앓는 아들 효재(박상훈)를 남편(조재윤)으로부터 구하기 위해 엄마로서 남편을 죽일 수 밖에 없었다는 모성애를 보여주며 마지막 고해성사(告解聖事)와 함께 ‘믿을 수 없는 진짜 이야기’의 끝을 맺는다.