연구인력개발비 세액공제 대상 인건비 (재료비 계정별원장 프로젝트(연구과제명)별 구분)

[EYEDI]

제목

연구·인력개발비 세액공제 대상 인건비

저자

이영우 공인회계사·세무사

등록일

2017.07.05

1. 개요

내국법인의 각 사업연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액은 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 한다(조특법 10 ①).

연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액

구분	세액공제액	적용시한
1. 신성장동력연구개발비	해당 연도 발생 신성장동력연구개발비×20%(중소기업은 30%)	2018.12.31.까지 발생분에 대하여 적용
2. 원천기술연구개발비	해당 연도 발생 원천기술연구개발비×20%(중소기업은 30%)
3. 위 ‘1.’과 ‘2.’ 외의 일반연구ㆍ인력개발비	다음의 ‘⑴’과 ‘⑵’ 중 선택[직전 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 사업연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 ‘⑵’를 적용함]  ⑴{해당 연도 발생 일반연구ㆍ인력개발비－직전연도 발생 일반연구ㆍ인력개발비}×30%(중견기업은 40%, 중소기업은 50%) ⑵해당 연도 발생 일반연구ㆍ인력개발비×다음의 비율  ① 중소기업인 경우：25%  ② 중소기업이 중소기업유예기간 경과 후 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 가.최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 사업연도까지：15% 나.‘가.’의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 사업연도까지：10% ③ 중견기업이 위 ‘②’에 해당하지 아니하는 경우：8%  ④ 위 ‘①’부터 ‘③’까지의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우(일반 비중소기업)  (1%＋해당 사업연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율×1/2)(3%를 한도로 함)	적용시한 없음

2. 연구ㆍ인력개발비 중 인건비의 범위

1) 관련 법령

• ⑴조세특례제한법 시행령 [별표 6] (2016.2.5. 개정)

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

구분	비용
1. 연구개발	가. 자체연구개발 1)연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비.  다만, 다음의 인건비를 제외한다. (2016.2.5. 개정) 가) 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등

• ⑵조세특례제한법 시행령 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다(조특칙 7 ①).
  • 
    
  • 1.기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
  • 2.문화산업진흥 기본법 제17조의 3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
• ⑶조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 
• 
  
• 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다(조특칙 7 ③).
  • 1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
  • 2.당해 법인의 주주로서 법인세법 시행령 제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
  • 3.제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

2) 관련 유권 해석

• ①기업 내 연구개발전담부서를 한국 산업기술진흥협회에 적법하게 신고한 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 및 인력개발비세액공제 적용이 가능하다(서면2팀-675, 2006.04.28.).
• 
  
• ②인건비는 당기에 확정된 연차수당(법규법인2009-241, 2009.07.03.), 주식매수선택권 행사에 따른 이익(법인세과-954, 2010.10.19.). 및 사용자인 법인부담분 건강보험료 등 소득세법 제12조 제3호 너목에 따른 비과세 근로소득을 포함한다(서면법규과-752, 2014.07.17.).
• 
  
• ③내국법인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다(조특통 10-0…2)(이 경우 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비는 연구개발 수행기간시간 등 합리적인 방법으로 안분계산한다：(법인세과-272, 2012.04.18.)).
• 
  
• ④조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 전담부서에서 연구개발 관련업무에 종사하는 직원을 포함하는 것이나, 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 그러하지 아니한다(법인세과-912, 2009.08.18.).
• 
  
• ⑤제조업 등을 영위하는 내국법인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받은 바 없이 자체기술개발을 위하여 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 제품의 사양, 디자인개발 등의 개발용역에 종사하는 자의 인건비는 그러하지 아니한다(서이46012-11662, 2003.09.17.); (서이46012-11735, 2003.10.06.); (서이46012-11911, 2003.11.05.).
  아울러 연구개발한 기술을 추후 외국법인에게 이를 사용하게 하고 사용료를 받은 경우에도 연구 및 인력개발비세액공제를 받을 수 있다(서이46012-11796, 2003.10.17.).
• 
  
• ⑥기술습득 등을 위해 내국법인의 기업부설연구소 소속 연구원을 해외 소재 모법인의 연구소에 파견함에 따라 발생한 인건비 등은 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 [별표 6]에 의한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상비용에 해당하지 않는다(법인세과-1329, 2009.11.27.).

3) 최근의 판례

⑴ 국민연금 사용자 부담분

조세특례제한법 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 국민연금법에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하다(조심2016광1337, 2016.12.16.).

[판결내용]
　

국세청은 유권해석에서 조세특례제한법 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법 제12조 제3호 너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것으로 일관되게 해석하여 왔다[(법인세과-1956, 2008.08.11.), (서면법규과-752, 2014.07.17.), (법인-2106, 2016.05.03.) 등].

소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제12조 제3호 너목에서 근로소득과 퇴직소득 중 국민연금법에 따라 사용자가 부담하는 부담금에 대해서는 소득세를 과세하지 않도록 규정하고 있었으나, 2013.1.1. 법률 제11611호로 소득세법을 일부개정하면서 국민연금보험료 사용자부담금을 포함한 연금 성격의 사용자부담금은 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 비과세소득에서 제외하였다. 
그러나, 조세특례제한법 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하고, 국민연금법에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하며, 
2013.1.1. 소득세법 개정은 근로소득에 대한 ‘비과세’ 규정을 정비한 것으로, 국민연금보험료 사용자부담금 수혜자인 근로자의 입장에서 사용자가 사용자부담금을 납입(적립)하는 시점에 소득세 비과세 대상이던 것이 과세제외 대상으로 변경된 것일 뿐 이를 부담하는 사용자의 입장에서 달라지는 사항은 없다.
조세특례제한법 시행령 별표 6에서 전담부서 등에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비를 세액공제 대상 비용으로 규정하면서 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 인건비의 범위에서 제외하고 있으나, 국민연금보험료 사용자부담금에 대하여는 수혜자인 근로자가 추후에 이를 수령할 때에 소득세가 과세되는 것으로, 근로자의 선택에 따라 이를 연금으로 수령하면 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득으로 구분되어 과세되므로 반드시 퇴직소득으로 과세되는 것으로 볼 수 없고, 이러한 과세체계는 2013.1.1. 소득세법 개정 전후에 달라지는 사항이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 기업부설연구소 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금을 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 인건비의 범위에서 제외하여 2014사업연도 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

⑵ 퇴직연금보험료

대법원은 기업부설연구소로 인정받은 연구소에서 근무하는 연구원 및 그 보조원을 위해 사업자가 매년 지출하는 퇴직연금보험료는 연구인력개발비 중 인건비로써 조세특례제한법상 법인세 세액공제대상에 해당한다는 판결을 내렸다[(대법원2016두63200, 2017.05.30.) 선고]. 
대법원은 ① 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, ② 이와 같이 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어보면 이 사건 퇴직연금 보험료는 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 판단하였다.
이번 판결로 인해 위와 같은 문제로 세액공제를 받지 못한 사업자는 소급하여 5년간 납부한 세액을 경정청구를 통해 환급받을 수 있는 길이 열리게 됐다.

2017년귀속_연구인력개발비신청서_-_주황규팀장(2018-03-19) 예제.xlsx

연구 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 - 조특령시행규칙 별표 6 (1).hwp

신성장동력 원천기술 연구개발비 명세서 - 별지 3(2).hwp

신성장동력 원천기술 연구개발비 명세서 - 별지 3(2).pdf

일반연구 및 인력개발비 명세서 - 별지 3(1).hwp

일반연구 및 인력개발비 명세서 - 별지 3(1).pdf

10 - 신성장동력 원천기술 연구개발비 명세서 - 별지 3(2).hwp

11 - 신성장동력 원천기술 연구개발비 명세서 - 별지 3(2).pdf

6 - 일반연구 및 인력개발비 명세서 - 별지 3(1).hwp

7 - 일반연구 및 인력개발비 명세서 - 별지 3(1).pdf

   이름

선우회계법인

   상담제목

연구인력개발비세액공제시 연구수행관련하여 기술컨설팅비와 안전인증 컨설팅비를 지급하였습니다. 비용이 인정되는지요?

   상담내용

국세에 노고가 많으십니다. 

연구인력개발비세액공제시 연구수행관련하여 기술컨설팅비를 지급하였습니다. 비용이 인정되는지요? 
ex) 
1. 기계흡착 분리장치 기술 컨설팅비 
2. 방폭안전인증 컨설팅비 

   답변내용

기타

연구인력개발비 공제 대상 금액은 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 비용을 의미하는 것입니다 

연구의뢰비용이 [별표6] 제1호 나목의 위탁 및 공동연구개발비에 해당하는 것이라면 동 세액공제 대상에 해당되는 것으로 (의뢰업체 자격 조건에 대하여는 [별표6] 제1호 나목을 참고)

귀 사례가 이에 해당하는 지는 그 실질내용에 따라 판단하시기 바랍니다

조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】
① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. (2013. 2. 15. 단서신설)
1. 법 제10조의 2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 (2013. 2. 15. 신설)
2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 (2013. 2. 15. 신설)

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. (2012. 2. 2. 개정)
1. 일반적인 관리 및 지원활동 (2009. 2. 4. 신설)
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 (2009. 2. 4. 신설)
3. 반복적인 정보수집 활동 (2009. 2. 4. 신설)
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동 (2009. 2. 4. 신설)
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무 (2009. 2. 4. 신설)
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동 (2009. 2. 4. 신설)
7. 위탁받아 수행하는 연구활동 (2009. 2. 4. 신설)

조세특례제한법 시행령

【별표 6】 (2014. 2. 21. 개정)

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

가. 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 (이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 . 다만, 다음의 인건비를 제외한다. (2014. 2. 21. 개정)

가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 (2013. 2. 15. 개정)

나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금 (2013. 2. 15. 개정)

다) 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등 (2013. 2. 15. 개정)

2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) (2014. 2. 21. 개정)

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (2014. 2. 21. 개정)

나. 위탁 및 공동연구개발

1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

나) 국공립연구기관

다) 정부출연연구기관

라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) (2013. 2. 15. 개정)

바) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

사)「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업

아)「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

라. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

마. 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 바. 중소기업이 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 「산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받고 지출한 비용

사. 아. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 지출한 비용

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가. 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원에 한한다) (2014. 2. 21. 개정) 1) 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비 2) 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비 3) 「근로자직업능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비 4) 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 중소기업이 지출한 비용 (2014. 2. 21. 개정) 5) 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 나. 「근로자직업능력 개발법」 또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 라. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용으로서 마. 생산성향상을 위한 인력개발비로서 바. (대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서
상담분류	부가가치세
답변일자	2018-03-29
첨부파일

* 위 내용에 대하여 궁금하신 사항은 관할 세무서로 문의하시기 바랍니다.

제목	R&D 세액공제 대상 여부
상담분야	법인세	등록일	2018.06.12
수고가 많으십니다 당사는 건설용 완성차를 제조하는 업체로서 기존 사양의 장비에서 주요 핵심부품(엔진, 조향장치, 변속기) 등을 교체하여 다른 사양의 장비로 개발을 진행하였습니다. 바뀐 사양의 성능과 세팅을 위한 주행성능 시험을 하고자 외부 운전기사에게 수수료를 지급하였습니다. 이 수수료도 자체 연구개발과정에서 발생한 비용으로서 세액공제를 적용받을 수 있는지요?

답변제목	R&D 세액공제 대상 여부
상담위원	최문진	등록일	2018.06.12
안녕하십니까！ 질의에 대한 답변을 드리겠습니다. 외부에 위탁하는 경우 발생하는 연구인력개발비를 세액공제하기 위해서는 법상 열거된 수탁기관에 위탁하여야 합니다.(조특령 별표 6 1호 나목 1) ① 대학, 전문대학, 국공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관 포함), 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등, 산업기술연구조합, 연구개발(서비스)업을 영위하는 기업, 산학협력단, 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁 및 공동연구개발을 수행함에 따른 비용  ② 대학 또는 전문대학에 소속된 조교수 이상에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 위에 해당하지 않는 것으로 판단되므로 공제 적용이 불가합니다. 질의에 대한 충분한 답변이 되었기를 바랍니다. 답변 중 의문사항 있으시면 재문의하시길 바랍니다. 감사합니다.