커피를 마실 때는 몇 가지 주의해야 할 점이 있다. 우선 커피에 들어 있는 카페인의 양이다. 카페인을 과도하게 섭취하면 불면증, 불안감, 심박수 증가, 메스꺼움, 위산 과다 등의 부작용이 나타날 수 있다. 특히 중년여성의 경우 골다공증 위험이 증가하거나 갱년기 증상을 완화하는 데 방해가 된다.
또한 카페인이 숙면에 방해가 된다고 느껴지는 경우, 오후나 저녁 늦은 시간에는 가급적 카페인 섭취를 자제하도록 한다. 자기 전 5시간에서 12시간 이전에는 카페인이 들어간 음료 섭취를 피해야 숙면에 도움이 된다. 단, 카페인에 대한 개개인의 반응이 다를 수 있으므로 이에 따라 알맞게 조절하는 노력이 필요하다.
식품의약품안전처에 따르면 카페인의 일일 최대 섭취 권고량은 400mg 이하다. 임산부는 300mg, 어린이나 청소년은
체중 1kg당 2.5mg 이하로 제한하고 있다.
식품의약품안전처와 한국소비자원에서 커피 1회 제공량당 카페인 함유량을 조사한 결과, 커피 믹스에는 평균 48mg, 시중에 파는 커피음료에는 84mg, 커피전문점의 커피 한 잔에는 100~200mg의 카페인이 들어 있는 것으로 분석됐다. 커피전문점 커피의 경우 일반 성인은 하루 2잔으로 일일 최대 카페인 섭취 권고량을 채울 수 있다는 것이다.