하나의 주택이 "재건축" 또는 "재개발"로 인하여 입주권으로 변환된 경우, 그 입주권의 보유
기간을 어느 시점으로 보아야 하는가 하는 사건과 관련하여, 국세심판원 결정문을 요약하여
수록 하오니 업무에 참조하시기 바라며, 국세청에 의하면 사업기간에 대한 장기보유특별공
제 방법에 관하여 아직까지 명확한 법적인 근거가 없어, 2006. 6. 현재 법령을 검토중에 있으
므로 근거가 마련되는대로 국세청 홈페이지에 올릴 계획입니다.
제 목 ; 장기보유특별공제를 위한 입주권 보유기간의 산정을 위한 시점과 관련하여
심 판 ; 국세심판원 / 청구번호 ; 국심2006서 682 / 판결일자 ; 2006년 6월 29일
1.쟁점
1세대1주택의 적용을 받지 아니하는 재건축아파트 입주권을 사업계획승인일 이후에 양도
하는 경우 장기보유특별공제 기간을 산정함에 있어서 그 보유기간을 사업계획승인일까지
산정할 것인지, 아니면 주택의 철거일까지로 산정할 것인지에 대한 다툼에 있다.
[참고] 세법에서는 입주권으로 변환되는 시점을 "도정법"에 의해 결정하고 있다.
1) 주택재건축사업 = 도정법 제28조의 규정에 의한 [사업시행인가일] 또는 그 전에
기존주택이 철거되는 때에는 그 [철거일]
단, 2005. 5. 31 이후는 "도정법" 제48조의 규정에 의한 관리처
분계획의 인가를 받는 분부터는 [관리처분계획의 인가일]
2) 주택재개발사업 = "도정법" 제48조의 규정에 의한 [관리처분계획의 인가일]
2.사실관계
처분청의 관련 기록에 의하면 청구인은 기존아파트를
1) 2001. 11. 20 --- 취득하여 타인에게 임대를 하다가 ...
2) 2003. 06. 23 --- 재건축사업계획승인을 받았으며 ...
3) 2004. 12. --- 철거시작 ...
4) 2005, 02. 14 --- 청구인은 쟁점입주권을 양도하였고, 철거시작까지 보유기간이 3년 이상
이므로 장기보유특별공제를 양도차익의 10%를 공제 후 양도소득세예정신고를 하였었다.
그런데, 처분청은 쟁점입주권을 기존아파트와 부동산을 취득할 수 있는 권리로 따로 구분
하여 기존아파트의 보유기간을 취득일부터 사업계획승인일로 보아(1년7개월) 그 보유기간
이 3년 미만으로서 장기보유특별공제를 배제하고 2005. 7. 14. 청구인에게 2005년도 귀속 양
도소득세 7,785,210원을 결정고지 하였다.
3.청구인 주장
청구인은 쟁점입주권의 보유기간을 산정함에 있어, 기존아파트를 취득한 2001. 11. 20 부터
철거를 시작한, 2004. 12.까지 계산하면 3년 이상인데도 장기보유특별공제 적용을 배제하는
것은 부당하다며 이에 불복하여, 2005. 10. 12.이의신청을 거쳐 2006. 02. 17 심판청구를 제기
하였다.
4.처분청 의견
기존 아파트의 소유자가 재건축조합에 기존아파트를 제공하고 취득하게 되는 분양권을 받
을 권리를 양도하는 경우, 기존아파트는 재건축사업계획승인에 의하여 [그때부터] 부동산
을 취득할 수 있는 권리로 변환되는 것이므로 그 사업계획승인일을 전후하여 기존아파트와
부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 구분하는 것이므로, 청구인에게 장기보유특별공제
를 배제한 이 건 처분은 정당하다.
[관련법령]
1) 소득세법 제95조 [양도소득금액]
제1항 / 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"
이라 한다) 에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양
도차익"이라 한다) 에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
제2항 / 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 법 제94조제1항제1호에 규정하는 자
산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따
라 계산한 금액을 말한다.
2) 소득세법 제100조 [양도차익의 산정]
제2항 / 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건
물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와
건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을
감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (이하 생략)
3) 소득세법시행령 제166조 [양도차익의 산정 등]
제1항 / 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서, 주택재개발사업 또는
주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 당해 조합에 기존 건물과 그 부
수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 조합원의 양도
차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.(이하 생략)
<개정 ; 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.31, 2005.2.19, 2005.12.31>
4) 이와 같이 장기보유특별공제는 토지 또는 건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하
고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아
니하는 것으로 규정되어 있으므로 소득세법시행령 제166조에 의하면, 재건축아파트 입주
권의 양도차익은 철거된 기존아파트의 보유기간에 대한 양도차익과, 입주권 상태로 보유
한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 철거된 기존아파트의 보유기간에 대하여
만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니한다.
5.결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 청구인에게 양도소득세를 과세
한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단되어, 국세기본법 제1조 및 제65조제1항제2호의 규정에
의하여 심판청구를 기각하고 이를 결정한다.