의료법인 재산취득시 등록세 감면제도 변경(지방세특례제한법개정)|

[행정원장]

의료법인에서 재산 취득시 취등록세를 전액 면제해주던 제도가 2015년 1월 1일 부터는 2016년 12월 31일 까지는 75%만

2018년 12월 31일까지는 50%만 면제되도록 지방세특례제한법이 변경되었습니다. 그동안 전액면제 되어 의료법인

설립시 비용이 많이 절감되었는데 다소 의료법인 설립시 부담이 될것으로 보입니다.

변경된 조문은 아래와 같습니다.

지방세특례제한법

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)

① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에

대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는

100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년

12월 31일까지 「지방세법」 제11조제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일

까지는 「지방세법」 제11조제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일

현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(「지방세법」 제112조에

따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감

한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.31>

(출처 : 지방세특례제한법 일부개정 2014.12.31 [법률 제12955호, 시행 2015.01.01] 행정자치부 >종합법률정보 법령)

의료법인의 세제상 혜택

 

기본재산과 보통재산을 출연하고 설립준비서류를 갖추어 시.도의 승인을 얻으면 의료법인 설립이 가능하며, 비영리법인인 병원은 출연자인 이사장이나 운영자인 병원장의 단독소유가 아니라 직원들과 환자들은 물론 국민전체의 소유라는 측면에서 국각가 감독권을 행사하게 된다.

이에따라 기본재산의 매입이나 처분 또는 외부차입을 위해서는 감독권청의 사전허가를 얻어야 하며, 이사장 등이 의료법인의 공금을 횡령 또는 유용하는 등의 경우에는 국가에서 관선이사를 파견하여 운영권을 행사한다. 이처럼 의료법인은 출연형태로 기부를 요하고 설립요건이 까다롭고 감독관청의 엄격한 관리감독을 받는 대신에 다음과 같은 세재상 혜택이 부여된다.

(1) 상속세
- 의료법인 소유재산의 상속세 과세제외

개인 병의원의 원장인 사망하는 경우에는 병의원의 토지,건물,의료기기 및 시설장치는 물론 거주하던 주택 등도 모두 상속세 과세가액에 합산이 된다. 그러나 의료법인의 이사장이 사망하는 경우에는 의료법인의 소유권이 국가에 있으므로 병원에 속해 있는 토지,건물,의료기기 및 시설장치, 영업권에 대해서는 상속세를 과세하지 않는다. 재산출연시 기부를 통해 소유권을 이전한 것이므로 상속되는 것은 이사장이라는 지위일 수는 있으나 병원 그 자체는 상속대상이 될 수 없기 때문이다. 다만, 이사장이 개인적으로 거주하던 주택에 대해서는 당연히 상속세가 과세된다.

- 의료법인 재산출연시의 상속세 비과세

의료법인 설립을 위한 재산출연은 생전에 증여의 형식을 취할 수도 있고 사후의 상속재산을 출연할 수도 있다. 피상속인의 유언 또는 상속인의 의사에 의해 상속재산의 일부 또는 전부를 상속개시일로부터 6월 이내에 의료법인에 출연하는 경우에는 출연한 재산가액에 대해서는 상속세를 과세하지 않는다.(상증법 16 ①) 다만, 상속인의 의사에 의해 출연하는 경우에는 상속인의 의료법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않아야 하며, 이사의 선임 등 의료법인의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가지지 않아야 한다.(상증령 13 ②)

 

(2) 증여세

수증자가 법인이라 하더라도 비영리법인에 대해서는 증여세가 부과된다. 그러나 의료법인에 출연하는 재산에 대해서는 당해 의료법인에게 증여세를 과세하지 않는다.(상증법 48 ①) 다만, 출연자 또는 그의 특수관계자가 의료법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 의료법인의 임직원이 되는 경우에는 그자와 관련하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등 직,간접경비(의사, 학교의 교사, 고아원, 탁아소 보모, 도서관 사서, 사회복지법인 등의 사회복지사와 관련된 경비를 제외)에 상당하는 금액 전액을 매년 의료법인이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.(상증법 78 ⑥, 상증령 80 ⑦)

따라서 비의료인이 의료법인에 참여하려면 이사 또는 중요 의사결정을 수행할 수 없어야 한다. 단, 의료인의 의료법인 참여와 관련해서는 규제사항이 없다. 또한 상속 또는 증여를 통해 의료법인에 출연하는 재산에 대해서는 그 재산의 사용용도 등에 대한 사후관리를 통해 부적절한 사용이나 용도전환 또는 매각 등에 대해서는 상속세와 증여세를 추징하게 된다.(상증법 48 ②③, 상증령 38)

(3) 법인세

법인의 소득금액을 계산하는 방법 등에 있어서 일반법인과 의료법인의 차이는 없다. 원칙적으로 비영리법인에 대해서는 법인세를 비과세하고 있으나 비영리법인이라 하더라도 수익사업에 대해서는 법인세를 과세하고 있다.(법법 3 ①②)

의료법인은 비영일법인에 해당되나 법인세법에서는 의료업을 수익사업으로 열거하고 있어 법인세 부담을 피할 수는 없다.(법령 2 ①)

다만, 고유목적 사업준비금제도와 수입이자의 신고특례를 통해 법인세 부담을 완화하고 있을 뿐이다.

(4) 소득세

의료법인과 개인 병의원의 가장 큰 차이는 개인 병의원의 경우 병의원 원장에게 매달 급여명목으로 정액을 지급하더라도 이는 소득금액을 미리 인출한 것일 뿐 급여로 필요경비에 산입되지 않는다는 점이다. 개인 병의원의 경우에는 총수입금액에서 필요경비를 차감한 금액을 원장의 사업소득(자기자본의 인출)으로 본다. 그러나 의료법인의 경우에는 익금에서 손금을 차감한 금액을 해당 법인의 소득으로 보고 있으므로 의료법인의 이사장에게 지급하는 급여는 인건비로 손비처리가 가능하다.

따라서 앞에서 언급한 바와 같이 개인 병의원 원장의 사업소득금액과 의료법인 이사장의 근로소득금액이 동일한 금액이라면 사업소득세보다 훨씬 적인 근로소득세를 부담하게 된다는 것이다.

(5) 지방세

개인 병의원과 의료법인간에 차등이 있는 지방세에는 취득세, 등록세, 재산세, 종합토지세, 면허세 등이 있다. 법인체인 병원은 용도구분에 따라 의료사업이라는 고유의 목적을 달성하기 위하여 사용되는 재산에 대하여 취득세,재산세,종합토지세,면허세 등이 비과세되며, 등록세는 특별시,광역시,도청소재시 외의 지역만 비과세된다. 이러한 지방세의 세액차이는 100병상 정도인 병원의 경우 연간 수천만원 이상이다.

 

개인 병의원의 세무상 불이익

 

개인 병의원은 의료법인인 병원과 비교할 때 전반적으로 불리한 여건에 놓여 있는 것이 사실이며, 특히 세무상의 불이익도 적지 않다. 이에 따라 병의원의 규모가 커짐에 따라 세무측면에서 의료 법인으로의 전환을 검토하는 경우가 많아지고 있다. 개인 병의원이 당면하고 있는 주요 세무상 불이익을 열거하면 다음과 같다.

+ 종합소득세의 과다 납부

일반법인과 개인사업자에 대한 사업소득과 근로소득의 세부담액 차이를 설명한 부분이 의료법인과 개인 병의원에 대해서도 그대로 적용된다. 즉, 개인 병의원 원장의 사업소득금액과 의료법인에 고용의사로 근무할 때 수령하는 근로소득금액이 동일하다고 할 때 사업소득에 대한 종합소득세가 근로소득에 대한 종합소득세보다 훨씬 많다는 것이다.

+ 지방세의 과세

의료법인에 대해서는 의료목적을 위한 재산에 대한 취득세, 재산세, 종합토지세, 면허세, 도시계획세, 공동시설세, 등록세(의료법인 설립시의 등록세와 출연재산의 등기에 따른 등록세는 과세) 등의 지방세를 비과세하고 있으나, 개인 병의원에 대해서는 의료목적재산에 대해서도 관련 지방세를 과세하고 있다.

+ 법인세 신고특례의 인정

의료법인의 각 사업연도 소득금액 계산에서는 일반 법인과 차이가 없으나 의료법인에 대해서는 고유목적 사업준비금을 소득의 50%까지 전입하도록 허용하고 100만원 이상인 장비구입이나 시설투자에 사용토록 함으로써 법인세 부담액이 상당히 줄어들고 수입이자에 대해서는 원천징수 분리과세하거나 소득금액에 포함시켜 신고하는 방법 중 유리한 것을 선택할 수 있다.

 

 

병의원 양수도의 요건 및 세무상의 책임

 

사업의 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 물적, 인적시설 및 권리, 의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말한다.

+ 인적설비의 포함여부

인적 설비도 권리와 의무에 포함되는지 여부에 대하여는 논란이 있으나 판례(대법 91누 13014, 1992.5.26)에 따르면 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체가 교체된 것이라면 종전의 종업원이 그대로 인수인계되지 않았다고 하여 사업의 양도로 인정하는 데에 장애가 될 수 없다고 한다. 따라서, 병의원의 경우에 인테리어, 의료장비, 의료소모품, 비품 등의 자산과 부채를 그대로 인수하면 비록 종업원을 승계하지 않더라도 사업양도에 해당된다고 보아야 할 것이다.

+ 매출채권과 매입채무의 포함여부

판례.심판례 및 예규(대법 91누 13014, 1992.5.26, 국심 86서 2235, 1987.3.11, 부가 46015-983, 1996.5.20)에 따르면 외상매입금과 외상매출금의 경우에는 채권자,채무자간 인적요소가 강하므로 외상매출금 및 외상매입금을 제외하여 양도한 경우에도 다른 권리와 의무를 포괄적으로 승계하여 사업의 동일성이 유지되면 사업양도에 해당된다고 한다.

+ 사업용 토지와 건물의 포함여부

사업양도의 핵심은 경영권과 영업권의 양도라고 할 수 있으므로 이와 직접 관련없는 토지 및 건물을 제외하고 양도하는 경우도 사업양도의 범위에 포함시켜 사업장용 토지와 건물의 양도를 사업양도의 범위에서 제외하였다.

+ 미수금과 미지급금은 그 명칭여하에 불구하고 사업의 일반적인 거래 외에서 발생한 미수채권, 미지급채무를 말하는 것이며, 미수금 또는 미지급금의 포함여부는 사업양도의 요건에 해당되지 않는다.

010 - 5871 - 9939

행정원장