사업자가 면세농산물등을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에는 면세농산물등의 매입가액에 업종별 공제율을 곱한 금액을 매입세액[의제매입세액]으로 공제할 받을 수 있는 것입니다.
따라서 귀 질의와 같이 면세재화인 생두를 매입하여 이를 원재료로 하여 제조ㆍ가공하여 커피음료를 판매하는 경우 부가가치세법 시행령 제84조 규정에 따른 공제율을 적용하여 의제매입세액 공제를 받을 수 있는 것으로
귀 질의와 같이 생두를 제조하여 커피를 판매하는 경우라면 실질적으로 도매업이 아닌 제조업에 해당될 것으로 판단됩니다.
[ 개인 및 중소기업 제조업 104분의 4, 기타업종 102분의 2 공제율 적용]
* 관련법령
부가가치세법 제42조 【면세농산물등 의제매입세액 공제특례】
① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.
부가가치세법 시행령 제84조 【의제매입세액 계산】
① 법 제42조 제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조 제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함하며, 이하 “면세농산물등”이라 한다)의 가액에 다음 표의 구분에 따른 율(이하 이 항에서 “공제율”이라 한다)을 곱한 금액으로 한다. 다만, 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도로 한다
1. 음식점업
가. 「개별소비세법」 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소의 경영자 104분의 4
나. 가목 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 개인사업자 108분의 8
다. 가목 외의 음식점을 경영하는 사업자 중 나목 외의 사업자 106분의 6
2. 제조업(「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업 및 개인사업자로 한정한다) 104분의 4
3. 제1호 및 제2호 외의 사업 102분의 2