대한불교조계종 제4교구 본사인 월정사의 말사이다. 891년(진성여왕 5)에 범일국사(梵日國師)가 궁방산(宮房山) 밑 마전평(麻田坪)에 절을 창건하고 궁방사(宮房寺)라 한 것을 영은사의 최초 창건으로 잡고 있다. 조선시대에 들어와 억불정책에 따라 폐사하였는데, 1567년(명종 22)에 사명당 유정(惟政)이 궁방사와는 다소 거리가 먼 지금의 위치에 절을 옮겨 중창하고 운망사(雲望寺)라 하였다.
그러나 임진왜란의 병화로 절이 완전히 불타자 1641년(인조 19) 벽봉(碧峰)이 중건하고 절 이름을 영은사로 바꾸었다. 1804년(순조 4) 봄에 산불로 대웅보전 등 10여 동의 건물이 모두 불타, 이듬해 10월 서곡화상(西谷和尙)이 삼척 부사 심공저(沈公著)의 지원으로 재건하였다. 1810년에는 학송(鶴松)이 석가여래삼존불을 봉안하였으며, 1855년(철종 6) 괘불(掛佛)을 조성하였다. 그뒤 1864년(고종 1)에 심검당(尋劍堂)을 지어 오늘에 이르고 있다.
이 절에는 동해 삼화사(三和寺)와 함께 약사삼불(藥師三佛)의 창건 설화가 전한다. 약사삼불인 백(伯)·중(仲)·계(季) 삼형제가 서역에서 돌배를 타고 유력하다가 동해안에 이르러 맏형은 지금의 흑련대(黑蓮臺)에 머물렀고, 둘째는 지향사(池香寺)가 있던 청련대(靑蓮臺), 막내는 금색 연꽃을 가지고 이곳에 머물러 금련대(金蓮臺)를 창건했다고 하는데 금련대가 바로 이 절이라고 한다.
현존하는 건물로는 대웅보전(강원유형문화재 76)·팔상전(강원유형문화재 77)·심검당·설선당·칠성각·요사채 등이 있다. 대웅보전 안에는 1810년에 봉안한 석가모니불·문수보살·보현보살의 삼존불과, 불상과 함께 조성한 후불탱화·신중탱화·감로탱화 등 5종의 탱화가 봉안되어 있으며 1941년에 주조한 신라고식(新羅古式)의 동종(銅鐘)이 있다.
팔상전은 1641년에 건립한 건물로 1804년 화재 때 유일하게 화재를 면해 이 절에서 가장 오래된 건물이다. 내부에는 1760년(영조 36)에 그린 석가모니의 일생이 담겨 있는 탱화 8점이 봉안되어 있었는데, 지금은 은밀히 보관하고 있다. 칠성각에는 1923년에 조성한 칠성·산신·독성의 탱화와 함께 범일국사와 사명당의 진영(眞影)이 봉안되어 있다.
이밖에 절 입구에 1770년(영조 46)에 건립한 월파당선사부도(月波堂禪師浮屠) 등 3기의 부도가 있고, 1830년(순조 30)에 건립한 사적비가 있다. 괘불(강원유형문화재 108)은 서암(西巖)이 조성한 것으로 보존 상태가 매우 좋은데, 이 괘불을 펼치면 비가 오고 바람이 분다는 전설이 전한다.