IRP계좌의 추가 납입 한도는 연간 1200만 원이다. 하지만 연말정산 때 세액공제를 받을 수 있는 것은 연금저축과 합쳐도 최대 700만 원까지만 가능하다. 따라서 IRP 적립금 중에는 세액공제 한도를 넘어서 저축했거나, 세액공제 한도 이하로 저축했다고 하더라도 연말정산 때 세액공제 신청을 하지 않은 금액이 있을 수 있다.
세액공제를 받지 않은 금액은 나중에 중도 인출하거나 연금으로 찾아 쓸 때 세금을 부과하지 않는다. 다만 세금을 내지 않으려면 세액공제를 받지 않았다는 증빙서류를 금융회사에 제출해야 한다. 그렇지 않으면 금융회사는 인출한 금액을 과세 대상 소득으로 보고 기타소득세와 연금소득세를 부과한다. 그렇다면 세액공제를 받지 않았다는 사실은 어떻게 증명해야 할까?

연금계좌가 한 금융회사에만 있는 경우
먼저 한 금융기관에 세액공제를 받을 수 있는 연금계좌(IRP와 연금저축)가 하나만 있을 수 있다. 이때 근로자가 세액(소득)공제 한도를 초과해 저축을 하고 세액(소득)공제 한도까지 모두 공제를 받았다면 별도의 증빙서류를 금융기관에 제출할 필요가 없다. 적립금을 인출할 때 금융회사가 알아서 세액공제 받지 않은 금액에 대해서는 세금을 부과하지 않는다.
하지만 세액(소득)공제를 받을 수 있는데도 불구하고 연말정산 때 신청하지 않았을 수도 있다. 이때는 관할세무서에서 ‘연금보험료 등 소득·세액공제확인서(이하 세액공제확인서)’를 발급받아 금융기관에 제출해야 한다. 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)를 이용하면 인터넷으로도 세액공제확인서를 쉽게 발급받을 수 있다. 금융기관에서는 해당 금융기관에 저축한 금액과 세액공제확인서상의 공제액을 비교해 초과 금액을 인출할 때는 세금을 부과하지 않는다.
여러 금융회사에 연금계좌가 흩어져 있는 경우
연금저축과 IRP는 한 사람이 여러 금융기관에 여러 개의 계좌를 개설할 수 있다. 이 경우에는 절차가 좀 복잡하다. 예를 들어 여러 금융기관에 연금계좌가 흩어져 있고, 적립금 중에 세액공제를 받지 않은 금액이 있다고 가정해보자. 그리고 지금 자금을 인출하는 계좌에서 세금을 내고 싶지 않다면 어떻게 해야 할까?
먼저 관할세무서나 홈택스에서 세액공제확인서를 뗀 다음 연금 계좌를 개설한 다른 금융회사에서 ‘연금납입확인서’를 발급받아 함께 제출해야 한다. 자료를 제출받은 금융회사는 전체 금융기관의 저축금액을 합한 다음, 이를 세액공제확인서상의 공제액과 비교한다. 그리고 공제액을 초과해 저축한 금액이 있으면 이 금액을 우선 인출하고 여기에는 세금을 부과하지 않는다.
이해를 돕기 위해 예를 하나 들어보자. A금융회사 연금저축에 3000만 원을 저축하고 B금융회사 IRP에 500만 원을 추가 납입한 근로자가 있다고 치자. 이 사람이 A금융기관을 방문해 1000만 원을 중도 인출하려고 한다. 국세청에서 발급한 세액공제확인서에는 지금까지 총 3000만 원을 공제받은 것으로 나타났다. 이 경우 A금융회사는 계좌에서 1000만 원을 내어주면서 이 중 세액공제를 받지 않은 500만 원[=(3000만 원+500만 원)-3000만 원]에 대해서는 아무런 세금도 부과하지 않는다. 하지만 증빙서류를 제출하지 않으면 중도 인출하는 금액 전체에 기타소득세를 부과한다.