한 나라가 종교 관련 법률을 제정 혹은 개정하는 과정에서 민주적인 정당성을 확보하기 위해서는 그 나라에 존재하는 종교계의 의견을 청취하고 수렴하는 과정이 반드시 필요하다. 그러나 지금 마케도니아에서는 종교법을 개정하는 과정에 있지만 이 절차가 제대로 이행되고 있지 않다. 현재 마케도니아 정부는 새로운 종교법 시안을 만들어 놓은 상태이고, 오는 3월까지 각계의 의견을 청취하도록 되어 있다. 그러나 유독 정부가 마케도니아 개신교계에 대해서는 시안의 제공 자체를 거부하고 있어 개신교계는 정부의 시안의 내용을 제대로 파악하기도 어렵고 의견을 내놓기도 어렵다. 현재 마케도니아는 주류 종교인 마케도니아정교회의 영향력 때문에 개신교계는 적지 않은 차별을 당하고 있다. 그 가운데 중요한 현안 가운데 하나가 교단의 설립에 관한 문제이다. 현행법은 각 종교별로 1개의 교단만 허용하고 있기 때문에 현재는 다양한 교단의 자유로운 활동이 불가능하다. 그러나 새로 개정되는 법안에 이 문제가 어떻게 다루어지고 이는지 기독교계는 알기조차 어려운 상황이다.
이는 정교회 쪽도 마찬가지여서 마케도니아정교회의 위세로 인해 이 나라에 거주하는 세르비아인들이 주로 믿는 세르비아정교회는 그 합법성을 확보하기 매우 어려운 상황이고 마케도니아 내의 세르비아정교회의 수단인 죠반 대주교는 구속 중이기까지 하다. 이 때문에 세르비아정교회 측도 각 종교별로 1개의 종파만을 허용하는 현재의 법제도는 반드시 고쳐져야 한다는데는 개신교계와 뜻을 같이하고 있다.
그런데 알려진 바에 따르면 현재 새로 만들어지고 있는 법률은 포괄적인 종교의 자유를 규정하고 있어 확대해석하자면 다양한 교단의 활동을 허용하는 듯 해석할 수 있는 조항이 있기는 하지만 명시적으로 이를 명문화하고 있는 규정은 없다고 한다. 현행 종교법에 대해서는 마케도니아 내에서도 개정 요구가 많았고, 유럽연합 등 국제사회에서도 압력이 있었다. 이 때문에 몇 년 전부터 개정 문제가 논의되고 있고 상당히 전향적으로 개정한 개정안이 나와 공론에 붙여진 상태이기는 하다. 그러나 종교의 자유는 법만으로 얻어지는 것은 아니다. 아무리 법이 제대로 되어 있다해도 공권력이 이를 정당하게 집행할 의지가 없다면 아무런 의미가 없는 것이다. 그런데 현재 정부는 개정안을 각 소수종교 종파에 대해 교부조차 하지 않고 있기 때문에 정부의 의지는 의심받을 수밖에 없는 것이다.
스콥제에서 침례교 목회를 하고 있는 이반 그로즈다노프 목사도 지난 1월 30일에 가진 인터뷰에서 정부의 이러한 비밀주의로 인해 법안의 내용에 대해서도 알 수 없고 정부의 의지에 대해서도 신뢰하기 어려운 상황이라고 말한다. 소수종교계는 교단의 자유로운 설립과 함께 교회의 등록 및 허가, 예배를 위한 건물 등 부동산의 건축과 매매 등에 대한 제약을 없애고 주류 종교인 마케도니아정교회와의 차별도 없애야 한다고 주장하고 있다. 그러나 현행법은 마케도니아정교회 등 몇몇 종교에 대한 우월적 지위를 분명하게 규정하고 있다.
한편 정부 측은 새로 개정되는 법안이 국제적인 규범을 충족시키는데 문제가 없다고 주장한다. 이미 법안이 유럽연합이 정한 법률의 제정 절차에 따라 유럽안보협력기구와 유럽위원회 산하 베니스 위원회로 한달 전에 보내졌고, 이들 기구에서 절차에 따라 심의를 하고 있기 때문에 굳이 소수종교계의 의견을 일일이 듣지 않아도 별 하자가 없을 것이라고 주장하고 있다. 정부 측은 이미 이들 기구로부터 검토 내용을 통보 받고 이들 기구에서 제시한 의견을 반영하여 법안을 재차 손질했다고 주장하고 있다. 이 때문에 정부측은 새로운 법안이 모든 종교단체의 활동의 자유를 충분히 보장한다며 자신하면서도, 마케도니아만의 특수한 상황을 반영하고 있다고 복선을 깔고 있다. 그러면서도 마케도니아만의 특수한 상황이 구체적으로 무엇인지는 함구하고 있다.
현재의 종교법은 지난 1997년 7월에 제정되었으며 자유로운 종교활동에 많은 제한조항을 담고 있다. 1998년과 1999년에 우리 나라의 헌법재판소에 해당하는 헌법법원의 결정에 의해 몇몇 조항이 삭제 혹은 개정되기는 했으나 여전히 독소조항을 많이 담고 있는 것이다. 특히 현재의 종교법은 마케도니아정교회와 이슬람, 카톨릭, 유대교, 그리고 감리교에 대해서는 “5대 종교”로 특별한 우월적 지위를 보장하는 반면 나머지 종교와 종파는 “종교그룹”으로 분류하여 차별하고 있다.또 한 개 종교에 대해 한 개 교단만 허용한다는 규정으로 인해 마케도니아에 거주하는 세르비아인들의 종교인 세르비아정교회가 불법화되어 있다. 이 조항이 새로운 법안에서 어떻게 개정되었는지에 대해서 정부측은 진행 중인 일에 대해 확정적으로 답할 수 없다며 언급을 피하고 있다.