서울행정법원 제13부(재판장 정형식 판사)는 2007년 7월 24일 청소 및 소독용역업체 S사가 동작세무서장을 상대로 낸 부가가치세(이하 부가세) 부과처분취소 소송에서 S사의 청구를 기각했다. 재판부는 “부가세법 소정의 부가세 면제대상은 전염병예방법 제40조의 3 제1항 소정의 소독업의 신고를 한 소독업자가 전염병예방법 제40조의 6, 동법 시행규칙 제20조의 6 별표3에서 정하는 방법에 따른 소독용역을 제공한 경우 소독용역에 한해 부가세가 면세된다”고 해석했다. 또한 “전염병예방법 관계법령이 소독을 실시해야 하는 시설, 횟수, 청소 및 소독방법 등을 극히 제한하고, 기록 및 보고의무, 위반 시 행정처분에 의한 제재를 규정하고 있는 점에 비춰볼 때 전염병예방법 소정의 ‘소독’은 일상적, 일반적 의미의 청소 등을 의미하는 것이 아니다”라고 판단했다. 이어 “S사가 비록 전염병예방법의 소독업 신고를 마친 업체이고, 아파트 관리업체들과 사이에 체결한 용역계약서에는 ‘청소계약서’, ‘보건위생용역계약서’ 등의 명칭을 사용하면서 계약서 내용에 ‘전염병예방을 목적으로, 전염병예방법 제40조 제1항에 의해’라고 기재돼 있기는 하다”고 인정했다. 하지만 “S사가 이 사건 용역을 제공한 다음 일정한 서식에 따라 소독필증을 교부하거나 소독실시사항을 기록, 보관하거나 이를 시·도지사에게 보고한 적이 없다”고 설명했다. 또 “용역계약서에 ‘청소계약서’, ‘청소위생용역계약서’ 등의 명칭을 사용하고, 용역대금도 청소와 소독부문으로 분리하는 것도 있지만 제공되는 용역의 내용에 있어서는 별반 차이가 없다고 보여지는데, 계약서의 구체적인 내용은 일반적인 의미의 ‘청소용역’ 제공을 목적으로 하는 것일 뿐이고, 가사 일부 전염병예방법 소정의 소독용역의 제공이 있었더라도 극히 일부분에 불과할 것으로 보인다”고 덧붙였다. 이와 함께 “전염병예방법 시행규칙 별표3 소정의 약물소독은 석탄산 3%가 포함된 유한락스 등 세척제를 사용해 바닥 등을 닦아 그에 따른 소독효과가 있더라도 이는 오물의 제거에 주목적이 있는 것으로 소독효과는 부수적인 효과에 불과하다”고 봤다. 이에 따라 “S사가 아파트 관리업체에 제공한 이 사건 용역은 일반적 의미의 일상적으로 행해지는 ‘청소’를 의미할 뿐 전염병예방법 소정의 ‘소독’에 해당하지 않는다”고 판시했다. 재판부는 한편 “비록 국세청이 종전에 공동주택에게 제공된 청소 등 용역과 관련해 면세대상이라고 하면서 과세관청에 납부했던 부가세를 모두 환급해준 바 있고, 세금계산서 불부합자료가 발견되지 않은 이상 과세관청에서 이를 문제 삼고 있지 않더라도 오히려 환급 및 과세관청의 묵인이 잘못된 것으로 보일 뿐 부과처분이 위법한 것은 아니다”라고 결론 냈다.