관계기업의 판단시점이 직전 사업연도 종료일인지 당해 사업연도 종료일인지 여부

[박정규 세무사]

관계기업의 판단시점이 직전 사업연도 종료일인지 당해 사업연도 종료일인지 여부

법인세의 납세의무는 과세연도가 종결되는 때에 성립되므로 청구법인이 관계기업에 해당되는지 여부도 과세연도가 종결되는 시점을 기준으로 판단함이 타당해 보이는 점, 개정 전 조특법 시행규칙 제2조 제3항 및 제5항에서 중소기업 판정과 관련하여 자기자본 및 자산총액은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는바, 관계기업 해당 여부 판단시에만 직전 과세연도 종료일을 기준으로 한다면 불합리해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인 및 관계기업의 당해 사업연도 매출액 합계액을 기준으로 청구법인이 중소기업에 해당되지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

【문서번호】조심2014구4550, 2015.03.30

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996년 6월에 설립되어 공장자동화사업 등을 영위하는 법인으로, 2010사업연도에 최초로 연간 매출액이 OOO을 초과함에 따라 2010사업연도를 포함하여 2013사업연도까지 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 중소기업 유예기간을 적용받는 것으로 보아 2012사업연도에 대한 법인세 신고 시 중소기업으로 하여 조특법상 감면 등을 적용받았다.

한편, 청구법인은 중소기업 유예기간 중인 2012년 10월경 청구법인의 종속회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 설립(지분 약 94% 투자)하였고, OOO는 2012년에는 매출이 발생하지 않았으며, 2012년 및 2013년의 청구법인의 매출액은 아래 <표>와 같다.

나. 처분청은 2012.12.31.을 기준으로 청구법인의 2012사업연도 관계기업과 합산한 매출액이 중소기업 졸업기준을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 기준을 충족하지 못한다고 보아 중소기업특별세액감면을 배제하고 연구인력개발비 중소기업 공제율을 일반기업 공제율로 재계산하여 2014.7.14. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 실질적인 독립성은 「중소기업기본법 시행령」(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제2호에 적합할 것을 요건으로 규정하고 있는바, 청구법인이 관계기업에 해당하려면 중기법 시행령 제2조의 관계기업 정의 규정과 중기법 시행령 제3조의 2 제1항에 따라 직전 사업연도 말일 현재 청구법인과 OOO 간에 지배종속관계가 성립하여야 하는데, 처분청은 해당 사업연도 말일로 해석하였으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

관계기업의 판단시점을 과세연도 종료일로 해석(＜법인-617, 2013.10.31. ; 법규-794, 2013.7.11.＞)하여 운영해 오다가, 2014년 세법개정 시 조특법 시행령 제2조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제2조 제8항에서 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 규정한 것으로 볼 때, 청구법인의 관계기업 판단시점을 2012.12.31.로 하여 이 건 2012사업연도 법인세를 경정하여 과세한 처분은 정당하다

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」상 관계기업의 판단시점이 직전 사업연도 종료일 기준인지 당해 사업연도 종료일 기준인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되고, 2013.2.1. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)

제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, --(중략) --시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중기법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중기법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

부칙 (대통령령 제22583호, 2010.12.30.)

제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 (대통령령 제23590호, 2012.2.2.)

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11133호 「조세특례제한법」 일부개정법률 시행(2012.1.1.) 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 일부개정되기 전의 것)

제2조【중소기업의 범위】④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표 상의 자산총액으로 한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 일부개정된 것)

제2조【중소기업의 범위】⑧ 영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.

부칙 (기획재정부령 제406호, 2014.3.14.)

제1조 (시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의 2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시 근로자 수등”이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

제9조【유예 제외】법 제2조 제3항 단서에서 “그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

부칙 (대통령령 제21368호, 2009.3.25.)

제1조【시행일】 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의 2, 제7조의 2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

2. 제3조 제1호 다목ㆍ라목 및 제9조 제3호의 개정규정 : 2012년 1월 1일

제2조【경과조치】이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의 2 및 제7조의 2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 중소기업기본법 시행령(2011.1.28. 대통령령 제22625호로 개정되기 전의 것)

제3조의 2 (지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 해당 사업연도 말일 현재 다른기업을 다음 각 호의 어느하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다.

부칙 (대통령령 제22625호, 2011.1.28.)

제1조 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

(6) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의 2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조【중소기업의 범위】① 「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업.(후단 생략)

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의 4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의 2【지배 또는 종속의 관계】① “지배 또는 종속의 관계”란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다.(단서 생략)

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

부칙 (대통령령 제23412호, 2011.12.28.)

제1조 (시행일) 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의 2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 청구법인에 대한 중소기업 여부 사전검토서에 의하면, 청구법인은 외부감사 대상기업이고, 종속회사인 OOO에 대한 지분율이 95%로 최다출자자이며, 2012년말 기준으로 독립성 기준 중 관계기업에 해당하여 합산한 매출액이 졸업기준(OOO원으로 OOO원 초과)에 위배되어 중소기업에 해당하지 않는다고 기재되어 있다.

(2) 기획재정부가 발간한 2013년 간추린 개정세법에 의하면, 중소기업 판단 시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 하기 위해 조특법 시행령 제2조 제4항을 개정하였다고 그 이유를 밝히고 있다.

(3) 청구법인은 이 건 처분이 부당하다고 하면서 아래와 같은 논거 등을 제시하고 있다.

(가) 청구법인이 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 본문규정 및 제2조 제2항 단서규정의 제3호에 따라 중소기업에 해당되지 아니하려면 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호의 다목에 따라 관계기업에 속하는지가 우선적으로 검토가 되어야 할 것인바, 청구법인의 2012사업연도의 직전 사업연도 말일인 2011.12.31.에는 OOO라는 회사자체가 존재하지 않았으므로 청구법인과 OOO의 지배종속 관계는 성립될 여지조차도 없었다고 할 것이므로, 청구법인과 OOO가 실질적인 독립성 기준을 충족시키지 못하는 관계기업이라고 볼 수는 없다.

(나) 즉, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호의 다목에서 언급하고 있는 관계기업이 되기 위해서는 중기법 시행령 제2조 규정과 제3조의 2 규정을 충족시켜야 하는데, 중기법 시행령 제3조의 2 제1항에는 지배 또는 종속의 관계를 직전 사업연도 말일 기준으로 명시하고 있으므로 2012사업연도에 대해 청구법인과 OOO 간에 관계기업 규정이 적용되기 위해서는 2011사업연도말 기준으로 두 법인간의 지배종속관계가 성립하여야 하는데도 처분청이 2012사업연도말을 기준으로 관계기업 규정을 적용한 것은 잘못이다.

(다) 더욱이 해당 중기법 시행령의 종전규정은 지배종속의 관계를 해당 사업연도 말일로 규정하고 있었는데 2011.1.28. 대통령령 제22625호로 직전 사업연도 말일 기준으로 변경되었는바, 지배종속의 관계를 해당 사업연도 말일에서 직전 사업연도 말일로 변경한 것은 관계기업의 범위를 명확히 하기 위한 입법적인 결단이고, 이는 해당 법령의 주관부서인 중소기업청이 발간한 중소기업범위 해설집에 명확히 기재되어 있다.

(라) 조세법은 침해규범으로서 납세의무의 요건과 그 한계를 설정하는 것이므로 법적 안정성이 강하게 요청되고, 그 내용은 일의적으로 명확하게 규정될 것이 요구되고, 과세요건 명확주의라는 조세법의 대원칙에 따라 그 법령의 해석도 엄격한 해석을 요구한다고 할 것인바, 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 분명히 관계기업의 요건을 중기법 시행령의 규정에 따르는 것으로 명시되어 있고, 이외에 다른 특별규정을 조특법 시행령에 두고 있지 아니하므로 처분청이 지배종속의 관계를 자의적으로 해당 사업연도 말일로 해석할 수는 없다.

(마) 중소기업유예기간 중에 있었던 청구법인이 단지 OOO원을 투자하여 소규모의 종속회사를 설립하였다고 해서 중소기업유예기간의 혜택을 전격적으로 박탈하여 투자금액의 4배에 육박하는 세금을 부과하는 것은 헌법 제123조의 중소기업 보호·육성과 관련한 규정에 정면으로 위배되는 것으로 이러한 과세관청의 자의적 해석은 위헌의 소지도 있다.

(바) 조특법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 일부개정된 것) 제2조 제8항에서 ‘영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’라고 개정되었는바, 부칙에서 해당 법령의 시행일을 공포일로 명확히 하고 있으므로, 이러한 개정내용을 청구법인의 2012사업연도 관계기업 여부판단에 소급해서 적용할 수 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세의 납세의무는 사업연도가 끝나는 때 성립되므로 과세 여부 및 납세의무의 범위는 그 때 결정된다고 할 것인바, 청구법인이 관계기업에 해당하여 조특법상 각종 혜택을 받을 수 없게 되는지 여부도 과세연도가 끝나는 시점의 상시 근로자수 등으로 판정함이 타당해 보이는 점, 중기법 시행령상 상시 근로자수 등의 판정시점은 중기법 시행령 제3조의 2 등에서 규정하고 있는데, 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호에서는 “실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것”이라고 규정하고 있을 뿐 중기법 시행령 제3조의 2 등을 직접 인용하고 있지 않는 점, 종전의 조특법 시행규칙 제2조 제3항 및 제5항에서 중소기업 판정과 관련하여 자기자본 및 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기준으로 판정하도록 규정하고 있는데, 관계기업 해당 여부 판정시에만 직전 사업연도 종료일로 판정하게 된다면 모순이 발생하는 점, 기획재정부가 발간한 2013년 간추린 개정세법에서 중소기업 판단 시 관계기업 판단시점을 사업연도 종료일로 함을 명확히 규정한다고 밝히고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

따라서 2012.12.31.을 기준으로 청구법인의 2012사업연도 관계기업과 합산한 매출액이 중소기업 졸업기준을 초과하여 청구법인이 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 기준을 충족하지 못한다고 보아 중소기업특별세액감면을 배제하고 연구인력개발비 중소기업 공제율을 일반기업 공제율로 재계산하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.