캠프로 돌아온 존 코너는 사령부에 다시 총공격을 연기해줄 것을 건의하나 또 묵살되자
자신은 총공격에 가담하지 않겠다고 선언한다.
사령부 지휘부에서는 존 코너의 지휘관 자격을 박탈하나
저항군 대원들은 모두 존 코너를 따른다.
존 코너는 방송을 통해 각 저항군 캠프에 사령부의 총공격 명령을 거절할 것을 부탁한다.
그중 기억나는 멘트 하나.
“...상부의 명령에 무조건 따르면 우리가 싸우는 저 기계와 무엇이 다른가?...”
사령부에서는 예정대로 총공격 명령을 시달하고 터미네이터들에 대한 교란신호를 발송하나
각 저항군 부대는 아무도 그 명령을 수행하지 않는다.
오히려 그 덕분에 스카이넷의 추적을 피하여 터미네이터들의 공격을 피하게 된다.
사령부에서 발송한 터미네이터들에 대한 교란신호는 스카이넷이 저항군을 일망타진하기 위해 흘려보낸 함정이었던 것이다.
결국, 그 신호를 역추적해 온 스카이넷의 공격을 받고 사령부 기지는 폭파당하여 기지의 모든 대원들이 전멸당한다.
마커스는 스카이넷 기지로 들어가 스카이넷에 접속하여 자신을 개조한 비밀을 알게 된다.
존 코너와 사라코너에 대한 암살시도가 번번히 실패하자,
자신을 침투용 터미네이터로 개발하여 표적을 암살하도록 프로그래밍하였던 것이다.
그러나, 마커스는 그 지시를 거부하면서
자신의 뒤통수에 내장된 칩을 끄집어내어 깨부수고 중앙시스템을 파괴하고 기지북문의 무장경비를 해제하여 존 코너와의 약속을 지키며 터미네이터와 싸우다 심장이 멈춘다.
(여기서 완전히 죽었다고 생각하면 닭대갈...^^)
존 코너는 인간포로들을 구출하고 격리 수용된 카일을 찾아 헤맨다.
마커스와 터미네이터간에 싸우는 와중에 수용소가 부서줘 풀려나온 카일이 흑인 꼬마소녀(이 아이는 끝까지 한마디도 안했다.)와 함께 터미네이터에게 쫓기다 존 코너를 조우하게 된다.
이리저리 쫓기다 터미네이터 생산 공장을 발견하고 그곳을 파괴하려다가 쫓아온 터미네이터와 싸운다. 예전의 로봇과는 비교할 수 없게 움직임이 자연스럽고 빠르다.
거의 죽을 위기에 처한 존 코너는 쓰러진 마커스를 필사적으로 회생시키려고 한다.
마침내 전기충격으로 마커스가 소생하고 마커스는 터미네이터의 목을 날려버린다.
마커스와 카일의 부축으로 구조용 헬기를 탔지만 심각한 부상을 입었고,
터미네이터 생산 공장에 설치한 폭발장치에 불을 붙여야 한다.
이때, 흑인 꼬마소녀가 다이너마이트를 말없이 건네주어 기지는 폭발하고
헬기는 존 코너의 치료를 위해 가까운 곳에 임시 착륙한다.