국민연금 사용자 부담금이 연구・인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

[JU C4I]

[별표 6](2020.02.11 개정)

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)

연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

다) 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 

      제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

법인세법시행령 제44조의 2 [ 퇴직보험료 등의 손금불산입 ]

② 내국법인이 임원 또는 직원의 퇴직을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 직원을 수급자로 하는 연금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "퇴직연금등" 이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(2019.02.12 개정)

소득세법시행령 제40조의 2 [ 연금계좌 등(2013.02.15 신설) ]

① 법 제20조의3 제1항 제2호 각 목 외의 부분에서 ""연금저축"의 명칭으로 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌"란 제1호에 해당하는 계좌를 말하고, "퇴직연금을 지급받기 위하여 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌"란 제2호에 해당하는 계좌를 말한다.(2015.02.03 개정)

  2. 퇴직연금을 지급받기 위하여 가입하여 설정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 계좌(이하 “퇴직연금계좌”라 한다)(2013.02.15 신설)

    가. 「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제9호의 확정기여형퇴직연금제도에 따라 설정하는 계좌(2013.02.15 신설)

    나. 「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제10호의 개인형퇴직연금제도에 따라 설정하는 계좌(2013.02.15 신설)

    다. 「과학기술인공제회법」 제16조 제1항에 따른 퇴직연금급여를 지급받기 위하여 설정하는 계좌(2013.02.15. 신설)

조심2018중635(2018.06.08.)

[제목]	기업부설연구소의 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부 등
[요약]	「조세특례제한법」제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하는바, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하고, 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 국민연금보험료 사용자부담금을 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점 등에 비추어 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금을 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아, 이와 관련된 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[결정유형]	경정

[주문]

1. 청구법인의 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분에 대한 청구부분은 이를 각하한다.

2. OOO세무서장이 2017.11.20. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원(2013사업연도 법인세 세액공제 이월분 OOO원)과 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인이 2013~2015사업연도에 OOO에서 근무하는 직원들에 대한 OOO 사용자부담금으로 지출한 금액 합계 OOO원(2013년 OOO원)을 「조세특례제한법」 제10조의 세액공제 대상 연구·인력개발비로 반영하고, OOO 주식회사에 대한 미수금채권 OOO원을 대손금으로 인정하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이유]

1. 처분개요

가. OOO 제조·판매업 등을 영위하는 청구법인은 1994.11.26. OOO(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 설치하여 현재까지 운영하면서 매년 OOO 전담요원의 인건비 등에 대하여 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받고 있다.

나. 청구법인은 2017.9.29. 처분청에 다음과 같은 사유로 2014사업연도 법인세 OOO원(2013사업연도 법인세 세액공제 이월분 OOO원)과 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다.

(1) 청구법인은 2013 내지 2015사업연도에 쟁점연구소에서 근무하는 직원들에 대한 국민연금보험료 사용자부담금으로 2013년 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점 국민연금보험료 사용자부담금”이라 한다)을 각 지출하였다.

2013~2015사업연도 법인세 신고 당시 누락한 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금을 구 「조세특례제한법」 제10조 제1항이 규정한 세액공제 대상 연구·인력개발비로 반영하여야 한다.

(2) 청구법인은 OOO”이라 한다)에 2010년 5월 OOO원 상당의 OOO 등을 납품하고 세금계산서를 발행하였으나, OOO은 2012.4.25.까지 OOO원만을 지급하고 2013.4.30. 최종 폐업하였다.

OOO에 대한 미수금채권 OOO원은 최종 회수일인 2012.4.25.부터 3년이 경과한 2015년 소멸시효가 완성되었으므로 이를 대손금으로 손금산입하여야 한다.

(3) OOO 소재 OOO에 대한 2010년도 수출대금 중 회수하지 못한 잔금 OOO원에 대하여 최종 회수일인 2011.9.27.부터 3년이 경과한 2014년에 소멸시효가 완성되었으므로 이를 대손금으로 손금산입하여야 한다.

다. 처분청은 2017.11.20. 청구법인의 경정청구 중 위 (3)항의 OOO에 대한 매출채권 중 OOO원만을 대손금으로 손금 산입하여 청구법인의 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하고, 나머지 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 중 위 (1)항의 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금 및 (2)항의 OOO에 대한 대손금 부분에 대한 경정청구 거부처분에 불복하여 2018.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당한다.

(가) 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하고, 국세청에서 「소득세법」 제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당한다고 회신하였으므로 국민연금을 포함한 4대 공적보험의 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되어야 한다.

(나) 국민연금보험료 사용자부담금은 「국민연금법」의 규정에 따라 납부하는 공과금으로 「법인세법」 제21조에 따라 해당 사업연도 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입되며, 근로의 제공과 관련하여 해당 근로자에게 지급하는 급여액에 비례하여 납입하는 것으로, 해당 연도에 지급의무가 확정되어 연구ㆍ인력개발에 직접 투입된 금액에 해당하므로 당연히 인건비에 해당된다.

(다) 2013.1.1. 「소득세법」 개정으로 국민연금보험료 사용자부담금이 근로자의 소득세 비과세 대상에서 제외되었을 뿐 해당 부담금의 소득 구분이 달라진 것이 아니고, 부담금을 납부하는 사용자의 입장에서는 근로자가 근로를 제공함에 따라 지출해야 하는 비용임에 변함이 없으므로 계속하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 포함되어야 한다.

(2) OOO에 대한 미수금채권 OOO원은 2015년에 소멸시효가 완성되었으므로 대손금으로 손금산입되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금은 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 않는다.

(가) 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]에서 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비를 규정하면서, 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금을 제외하고 있다.

(나) 「소득세법」 제20조의3에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받는 공적연금은 연금소득으로, 같은 법 제22조에서 2002.1.1. 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002.1.1. 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금은 퇴직소득으로 규정하고 있다. 따라서 근로자가 국민연금보험료 사용자부담금을 기초로 하여 수령하는 소득은 근로자의 선택에 따라 연금 형태로 수령하면 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득으로 과세된다.

(다) 기획재정부는 2013.1.1. 「소득세법」을 일부개정하여 근로ㆍ퇴직소득의 비과세 규정을 정비하면서, 「국민연금법」, 「공무원연금법」 등에 따라 사용자가 부담하는 연금 성격의 보험료는 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하므로 이를 근로소득의 비과세 규정에서 제외하였다. 국민연금보험료 사용자부담금 지급을 위한 비용은 현재 시점에 발생되지만, 근로자에게는 퇴직시 또는 연금 수령시에 지급되기 때문에 사용자가 부담한 보험료에 대하여 근로소득으로 과세될 여지가 없기 때문이다.

(라) 따라서, 국민연금보험료 사용자부담금은 납입 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없고 퇴직(연금)소득에 해당하므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외하여야 한다.

(2) OOO에 대한 외상매출 잔액은 2015년에 3년의 시효기간 도과로 소멸하였으므로, 대손금 손금산입 주장은 정당한 것으로 판단되어 향후 직권으로 경정할 예정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOO의 전담요원에 대한 국민연금보험료 사용자부담금이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

② OOO에 대한 미수금채권 OOO원이 2015년에 소멸시효가 완성되었으므로 대손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정청구서, 경정청구 검토보고서 등 심리자료에 따르면, 청구법인은 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금 합계 OOO원(2013년 OOO원)을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위에 포함하여 2014·2015사업연도 법인세를 환급하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금이 「소득세법」 제12조 제3호 너목의 비과세소득에 해당되지 않고, 납입당시 근로자에게 귀속된 소득으로 볼 수 없으므로 공제대상에서 제외하여야 하는 것으로 보았다.

(2) 국세청은 유권해석에서 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비로 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로, 「국민건강보험법」에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등은 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것으로 일관되게 해석하여 왔다(법인세과-1956, 2008.8.11., 서면법규과-752, 2014.7.17., 법인-2106, 2016.5.3. 등).

(3) 「소득세법」(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제12조 제3호 너목에서 근로소득과 퇴직소득 중 「국민연금법」에 따라 사용자가 부담하는 부담금에 대해서는 소득세를 과세하지 않도록 규정하고 있었으나, 2013.1.1. 법률 제11611호로 「소득세법」을 일부개정하면서 국민연금보험료 사용자부담금을 포함한 연금 성격의 사용자부담금은 납입(적립) 당시에 근로자에게 귀속된 소득으로 보기 곤란하다는 이유로 이를 비과세소득에서 제외하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저, 이 건 심판청구 중 부적법한 부분이 있어 살펴본다.

청구법인의 2015년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 청구부분은 2017.9.29. 제출된 경정청구서에 기재되지 아니한 것으로 나타나는바, 이와 관련된 경정청구가 있었다고 보기 어려우므로, 이 부분 심판청구는 부적법하다 할 것이다.

(나) 다음으로, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」 제10조의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비란 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 뜻하는바, 「국민연금법」에 따라 사용자가 의무적으로 부담하여야 하는 국민연금보험료 사용자부담금은 이러한 인건비의 범위에 포함되는 것이 타당하고, 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 국민연금보험료 사용자부담금을 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점,

국민연금보험료 사용자부담금은 각 사업연도에 사외의 국민연금공단에 실제로 지출되고 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 회사의 비용으로 회계처리되며 과세연도별 및 대상 근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있는 점,

2013.1.1. 「소득세법」 개정은 근로소득에 대한 ‘비과세’ 규정을 정비한 것으로, 국민연금보험료 사용자부담금의 수혜자인 근로자의 입장에서 소득세 비과세 대상이던 것이 과세제외 대상으로 변경된 것일 뿐 이를 부담하는 사용자의 입장에서 달라지는 사항은 없는 것인 점,

「조세특례제한법 시행령」 별표6에서 「소득세법」에 따른 퇴직소득을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나, 국민연금을 연금으로 수령할 경우에는 연금소득으로 과세되므로 이를 인건비의 범위에서 제외할 근거가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점 국민연금보험료 사용자부담금을 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함되지 않는 것으로 보아, 이와 관련된 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 마지막으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

OOO은 2012.4.25.까지 청구법인에 대한 채무 중 OOO원만을 지급한 채 2013.4.30. 최종 폐업하였고, 잔여자산이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 대표이사에게도 연락이 되지 않는 등 채권의 확보가 곤란한 상황인 것으로 나타나므로, 청구법인의 OOO에 대한 미수금채권은 최종 회수일인 2012.4.25.부터 3년이 경과한 2015년 소멸시효가 완성된 것으로 보인다. 이에 대하여 처분청도 달리 다투고 있지 아니한 바, 2015사업연도 대손금에 이를 포함하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.(후단 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(단서 생략)

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

[별표6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(표 생략)

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 OOO 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. (각 호 생략)

(4) 조세특례제한법 집행기준

9-8-1[연구 및 인력개발비의 범위]

3) 인건비 : 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는다.

(5) 소득세법

제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료

(6) 소득세법 (2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전)

제12조[비과세소득] 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」, 「국민연금법」, 「공무원연금법」, 「사립학교교직원 연금법」, 「군인연금법」, 「근로자퇴직급여 보장법」, 「과학기술인공제회법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가·지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금

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최신 사전답변·질의회신

조특, 서면-2015-법인-2106, 2016.05.03

[ 제 목 ]

국민연금 사용자 부담금이 연구・인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

[ 요 지 ]

소득세법 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 연구・인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 포함하는 것입

[ 회 신 ]

귀하가 우리청에 요청하신 서면질의 사항에 대하여 아래의 회신사례(서면법규과-752, 2014.07.17)를 참고하시기 바람

○ 서면법규과-752(2014.07.17)
조세특례제한법 제10조에 따른 연구?인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것임

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 제10조【연구・인력개발비에 대한 세액공제】

1. 사실관계

  자동차부품 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 연구전담부서 근무직원에 대한 4대 보험료(건강보험료・국민연금・고용보험・산재보험)의 사용자부담금을 납부하고 있음

2. 질의내용

  국민연금 사용자 부담금이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하는지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

 ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

  1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는날이 속하는과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 연구ㆍ인력개발비 라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

  2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

 ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. <개정 2011.12.31>

 ○ 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

 ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15>

  1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의연구개발비(이하 이 조에서 신성장동력연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한연구개발비(이하 이 조에서 원천기술연구개발비 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

  3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 일반연구ㆍ인력개발비 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 ○ 조세특례제한법 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

 ① 법 제9조제2항제1호에서 대통령령으로 정하는 비용 이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

  1.법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2.국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 ○ 조세특례제한법 시행령 【별표6】<개정 2014.2.21>

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)
구분	비용
1. 연구개발	가. 자체연구개발   1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.     가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액     나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금     다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등

 ○ 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 【연구 및 인력개발비의 용어정의 등】

 ① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다. <개정 2011.02.01> 

  1. ″인건비″라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. <개정 2011.02.01>

 ○ 법인세법 시행령 제45조【복리후생비의 손금불산입】

 ① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 지출한 복리후생비중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 직장체육비

  2. 직장연예비

  3. 우리사주조합의 운영비

  4. 삭제 <2000.12.29>

  5. 「국민건강보험법」 및 「노인장기요양보험법」에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금

  6. 「영유아보육법」에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비

  7. 「고용보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료

  8. 기타 임원 또는 사용인에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위안에서 지급하는 경조사비 등 제1호 내지 제7호의 비용과 유사한 비용

 ○ 법인세법 기본통칙 19-19…8【보험료의 손금산입】

  종업원을 수익자로 하는 보험료(선원보험료, 단체정기재해보험료, 상해보험료, 신원보증보험료 등)는 영 제44조의 2 제2항에 규정하는퇴직보험료 등과 「국민건강보험법」 및 「고용보험법」의 규정에 의하여 사용자로서 법인이 부담하는 보험료를 제외하고 이를 종업원에 대한 급여로 본다. 다만, 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 불입하는 보험료 중 영 제44조의 2 제2항 및 제3항의 규정에 의하여손금에 산입하는 것 외의 보험료는 이를 손금에 산입하지 아니한다.  <개정 2008.7.25>

 ○ 소득세법 제12조【비과세소득】

  다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25, 2011.9.15, 2012.2.1, 2013.1.1, 2013.3.22, 2014.1.1, 2014.3.18, 2014.12.23, 2015.12.15>

  3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가, 지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 보험료

 ○ (舊)소득세법^* 제12조【비과세소득】

    * 2013.01.01. 법률 11611호, 개정전

  다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25, 2011.9.15, 2012.2.1>

  3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

  너. 「국민건강보험법」, 「고용보험법」, 「국민연금법」, 「공무원연금법」,「사립학교교직원 연금법」, 「군인연금법」, 「근로자퇴직급여 보장법」, 「과학기술인공제회법」 또는 「노인장기요양보험법」에 따라 국가・지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금

4. 관련사례

 ○ 서면법규과-752, 2014.07.17

    조세특례제한법 제10조에 따른 연구・인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 국민건강보험법에 따라 사용자인 법인이 부담하는 건강보험료 등 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것) 제12조제3호너목에 따른 비과세 근로소득은 해당 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함하는 것임

 ○ 법인세과-11, 2012.01.06

    「조세특례제한법 시행령」 제8조 제1항과 관련한 별표6의 제1호 사목란의‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에는 디자인부서에 소속되어 고유디자인 개발에 직접적으로 참여한 게임소프트웨어 그래픽디자이너의 인건비를 포함하는 것이며,

    ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에 해당하는 그래픽디자이너의 인건비에는「국민건강보험법」,「국민연금법」에 따라 사용자가 부담하는 부담금은 포함되는 것이나,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액, 복리후생비, 여비교통비 등은 포함되지 않는 것임

 ○ 법인세과-1956, 2008.08.11

    전담부서에서 근무하는 ‘연구요원의 인건비’라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 것이며, 「소득세법」 제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당되는 것임

비과세소득에서 삭제된 국민연금 사용자부담금의 연구인력개발비 세액공제 여부

국민연금 사용자부담금은 소득세법상 비과세소득에서 삭제된 것에 불구하고 사용자의 입장에서 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용에 변동이 없으므로 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당함2018-07-02 오전 9:11:00

【문서번호】기준법령법인-20, 2018.06.15

【질의】

(사실관계)

o 갑법인은 M2M(Machine to Machine) 모듈을 연구ㆍ개발, 판매하는 비상장법인으로 기업부설연구소를 운영하고 있음.

- 갑법인은 2012~2016사업연도 법인세 신고 시「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제를 신청하면서,

- 기업부설연구소 소속 직원들에 대한 사용자 부담금(건강보험료, 고용보험료, 국민연금)을 세액공제 대상 인건비에 포함하지 않아 경정 청구서를 ’17.11.29. 제출하였음.

(질의내용)

o 「국민연금법」에 따라 사용자가 부담하는 부담금이 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되는지 여부

【회신】

위 과세기준자문 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하는 것으로 위 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 「국민연금법」에 따라 2013.1.1. 이후 납입ㆍ적립하는 사용자부담금도 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함되는 것임.

【관련 법령】

○조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

○ 조세특례제한법기본통칙9-8…1【연구및인력개발비의용어정의】

① 영 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다.

1.“인건비”라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며,「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다.

2.자체연구개발을 위한 비용 중 ②의 “연구”라 함은「기술개발촉진법」제2조 제1호의 “기술개발”을 말한다.

3.자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비 등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6]

- 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(2012.2.2.개정)

구 분	비 용
1.연구개발	가.자체연구개발 1)연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다) (이하생략)

* [ ‘가목 1)단’ 개정내용]

(’13.2.15.) 제외되는 인건비: 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등

(’14.2.21.) 직원 추가: 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원

(’16.2.5.) 직원에서 제외: 다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무를 담당하는 자는 제외

○ 법인세법 시행령 제19조【손금의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3.인건비

10. 제세공과금

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

○ 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】

다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

○ 법인세법 시행령 제45조【복리후생비의 손금불산입】

① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 지출한 복리후생비 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 사용인에 「파견근로자보호 등에 관한 법률」 제2조에 따른 파견근로자를 포함한다.

5.「국민건강보험법」및「노인장기요양보험법」에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금

7.「고용보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료

8.기타 임원 또는 사용인에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위안에서 지급하는 경조사비 등 제1호 내지 제7호의 비용과 유사한 비용

○ 법인세법 기본통칙 19-19…8 【 보험료의 손금산입 범위 】

종업원을 수익자로 하는 보험료(선원보험료, 단체정기재해보험료, 상해보험료, 신원보증보험료 등)는 영 제44조의 2 제2항에 규정하는 퇴직보험료 등과「국민건강보험법」및「고용보험법」의 규정에 의하여 사용자로서 법인이 부담하는 보험료를 제외하고 이를 종업원에 대한 급여로 본다. 다만, 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 불입하는 보험료 중 영 제44조의2 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 것 외의 보험료는 이를 손금에 산입하지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

12.종업원이 계약자이거나 종업원 또는 그 배우자 기타의 가족을 수익자로 하는 보험ㆍ신탁 또는 공제와 관련하여 사용자가 부담하는 보험료ㆍ신탁부금 또는 공제부금(이하 이 호에서 "보험료등"이라 한다). 다만, 다음 각 목의 보험료등을 제외한다.

나. 종업원의 사망ㆍ상해 또는 질병을 보험금의 지급사유로 하고 종업원을 피보험자와 수익자로 하는 보험으로서 만기에 납입보험료를 환급하지 아니하는 보험(이하 "단체순수보장성보험"이라 한다)과 만기에 납입보험료를 초과하지 아니하는 범위안에서 환급하는 보험(이하 "단체환급부보장성보험"이라 한다)의 보험료중 연 70만원 이하의 금액

○ 소득세법 제12조【비과세소득】(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정 전의 것)

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3.근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너.「국민건강보험법」,「고용보험법」,「국민연금법」,「공무원연금법」,「사립학교교직원 연금법」,「군인연금법」,「근로자퇴직급여 보장법」,「과학기술인공제회법」또는「노인장기요양보험법」에 따라 국가ㆍ지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금

○ 소득세법 제12조【비과세소득】(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정 후의 것)

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3.근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

너.「국민건강보험법」,「고용보험법」또는「노인장기요양보험법」에 따라 국가ㆍ지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금