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[예소리]

연구 인력개발비에 대한 세액공제

                                                                                                                                         이영우

목차

1. 1. 공제세액의 계산
2. 2. 연구.인력개발비의 범위
3. 3. 연구.인력개발비세액공제와 연구.인력개발준비금사용액의 중복적용
4. 4. 연구개발출연금 등으로 지출한 연구개발비의 세액공제 적용의 배제
5. 5. 세액공제의 중복적용 등
6. 6. 최저한세의 적용
7. 7. 미공제세액의 이월공제
8. 8. 농어촌특별세의 비과세
9. 9. 구분경리
10. 10. 세액공제신청서 및 연구.인력개발비명세서 등의 제출

[세법개정 연혁]

① 종전에는 소비성서비스업을 제외한 업종을 경영하는 내국법인이 연구･인력개발비가 있는 경우 세액공제의 대상이 되었으나, 2010.1.1. 개정으로 인하여 모든 업종으로 확대되었으며, 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비도 2012.12.31.까지 발생분에 대하여 우대율을 적용하여 세액공제를 할 수 있다. 개정규정은 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다(「조세특례제한법」부칙 2, 2010. 1.1. 개정).

② 2010.12.27.의 개정으로 인하여 중소기업의 유예기간 경과 이후 5년간은 일반 연구･인력개발비 세액공제율을 단계적으로 축소(유예기간 이후 3년간은 15%, 그 다음 2년간은 10%)하여 중소기업에서 중견기업의 성장을 지원하게 하였다.개정규정은 2011.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 기업의 연구･인력개발비부터 적용한다(「조세특례제한법」부칙 7, 2010.12.27. 개정).

③ 2013.1.1.의 주요 개정내용은 다음과 같다.

종전

개정

󰋫증가분방식 R&D비용 세액공제
▪ 증가분 산식：(당해 연도 R&D비용-직전 4년 평균 R&D비용)
▪ 공제세액：증가분✕공제율

구분	공제율(%)
중소기업(유예기간 포함)	50
일반기업	50

󰋫당기분방식* R&D비용 세액공제
＊당해 연도 R&D비용✕공제율

구분	공제율(%)
	일반	신성장원천기술
중소기업(유예기간 4년 포함)	25	30
이후 1~3년차	15	20
이후 4~5년차	10
일반기업	3~6 **

＊＊3%(기본공제율)＋해당 사업연도의 수입금액에서 R&D비용이 차지하는 비율✕1/2

󰋫증가분 산식의 조정
▪ 증가분 산식：직전 3년 평균 R&D비용(2013) → 2년 평균(2014) → 직전 연도(2015년 이후)
▪ 단, 직전 연도 R&D비용이 직전 4년평균 R&D비용보다 적은 경우 증가분방식 적용 배제







󰋫중견기업에 대한 별도 공제율 구간 신설

구분	공제율(%)
	일반	신성장원천기술
중소기업(유예기간 4년 포함)	25	30
이후 1~3년차	15	20
이후 4~5년차	10
중견기업	8
일반기업	3~6 **

또한 신성장동력･원천기술분야의 우대세액공제기한을 2015.12.31.로 연장하고, 연구･인력개발비의 범위를 조정하였으며, 정부출연금으로 지출한 연구개발비는 세액공제대상에서 제외시켰다.개정규정은 2013.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다(법률 제11614호, 2013.1.1., 부칙 2).

현행세법상 연구･인력개발비 발생에 대한 세액공제액의 내용은 다음과 같다(「조세특례제한법」제10조).

1. 공제세액의 계산

연구･인력개발비에 대한 세액공제액은 다음 각호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 한다(「조세특례제한법」제10조 ①).

[연구･인력개발비에 대한 세액공제액]

구분	세액공제액	적용시한
1. 신성장동력연구개발비	해당 연도 발생 신성장동력연구개발비✕20%(중소기업은 30%)	2015.12.31.까지 발생분에 대하여 적용
2. 원천기술연구개발비	해당연도 발생원천기술연구개발비✕20%(중소기업은 30%)
3. 위 ‘1.’과 ‘2.’ 외의 일반 연구･인력개발비	다음의 ‘⑴’과 ‘⑵’ 중 선택[직전 4년간 일반연구･인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비가 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 ‘⑵’를 적용함] ⑴ { 해당 연도 발생 일반연구･ 인력개발비- 소급 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균액}✕40%(중소기업은 50%) ⑵ 해당 연도 발생 일반연구･인력개발비✕다음의 비율 ① 중소기업인 경우：25% ② 중소기업이 중소기업유예기간 경과 후 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 가. 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 사업연도까지：15% 나. ‘가.’의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 사업연도까지：10% ③ 중견기업이 위 ‘②’에 해당하지 아니하는 경우：8% ④ 위 ‘①’부터 ‘③’까지의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우(일반 비중소기업)(3%＋해당 사업연도의 수입금액에서 일반연구･인력개발비가 차지하는 비율✕1/2)(6%를 한도로 함)	적용시한 없음

연구･인력개발비에 대한 세액공제는 동 비용이 발생된 각 사업연도마다 공제하며, 연구･인력개발비 발생액에는 개발비 등 자산계정으로 처리한 금액도 포함한다(조특통 10-0…1).

• 1) 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비의 경우

연구･인력개발비 중 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대하여는 다음과 같이 세액공제를 적용한다(「조세특례제한법」제10조 ① 1호･2호).

본 세액공제는 2015.12.31.까지 발생한 해당 연구･인력개발비에 대해서만 적용한다.

해당 연도에 발생한 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비✕20%(중소기업은 30%)

① 신성장동력연구개발비의 범위

‘신성장동력연구개발비’란 연구･인력개발비 중 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다(「조세특례제한법」제10조① 1호,「조세특례제한법 시행령」제9조 ①,「조세특례제한법 시행규칙」제7 ②).

가. 기획재정부령에서 정하는 연구소 또는 전담부서에서 조세특례제한법 시행령 [별표 7]에 따른 신성장동력산업분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 “신성장동력산업연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항 각호의 어느 하나에 해당하는 사람＊에 대한 인건비는 제외한다(「조세특례제한법 시행령」제9 ② 1호,「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ④).

＊조세특례제한법 시행령 [별표 6]에서 정한 세액공제의 대상이 되는 연구개발전담부서의 연구요원의 범위에서 제외되는 자를 말한다[아래 ‘2) 연구･인력개발비의 범위’의 ‘주1)’ [별표 6]의 참조].

나. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류구입비(「조세특례제한법 시행령」제9 ① 2호)

② 원천기술연구개발비

‘원천기술연구개발비’란 연구･인력개발비 중 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다(「조세특례제한법」제10 ① 2호,「조세특례제한법 시행령」제9조 ②).

가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 조세특례제한법 시행령 [별표 8]에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 “원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만,「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제3항 각호의 어느 하나에 해당하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

나. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

③ 연구소 또는 전담부서의 범위

위 ‘①’과 ‘②’에서 ‘기획재정부령으로 정하는 연구소 및 전담부서’란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)로서 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 “해당 업무”라 한다)만을 수행하는 전담부서 등(이하 “신성장동력산업･원천기술연구개발 전담부서 등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발 전담부서 등이 있는 경우로서 그 전담부서 등 내에 해당 업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업･원천기술연구개발 전담부서 등으로 본다(「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ②).

가.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

나.「문화산업진흥기본법」제17조의 3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

• 2) 일반연구･인력개발비의 경우

신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 해당하지 아니하거나 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비를 선택하지 아니한 내국법인의 연구･인력개발비(이하 “일반연구･인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음과 같이 세액공제를 적용한다(「조세특례제한법」제10조 ① 3호).

2)-1. 세액공제액

세액공제액은 다음의 ‘①’과 ‘②’ 중 선택한 금액을 공제한다.

다만, 해당 사업연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 일반연구･인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비가 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 ‘②’에 해당하는 금액을 공제한다.

세액공제액＝Max[①, ②]

① 연평균 발생액 기준의 세액공제액

{ 해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비-소급 발생한 일반연구･인력개발비주) }✕40%(중소기업은 50%)

주)：소급 발생한 일반연구･인력개발비는 다음과 같이 계산한다(법률 제11614호, 2013.1.1., 부칙 36).

구분	소급발생한 일반연구.인력개발비
2013.1.1.～2013.12.31.에 개시하는 사업연도	해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액
2014.1.1.～2014.12.31.에 개시하는 사업연도	해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액
2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도	직전 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비

② 해당 사업연도발생액 기준의 세액공제액

해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비✕다음의 구분에 따른 공제율

주)：소급 발생한 일반연구･인력개발비는 다음과 같이 계산한다(법률 제11614호, 2013.1.1., 부칙 36).

구분	공제율
⑴「조세특례제한법 시행령」제12조의 중소기업	25%(중소기업 유예기간 포함)
⑵ 중소기업유예기간 종료 후 5년 이내 기업주1)	① 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 사업연도까지：15% ② 위 ‘①’의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 사업연도까지：10%
⑶ 중견기업주2)이 위 ‘⑵’에 해당하지 않는 경우	8%
⑷ 위 ‘⑴’부터 ‘⑶’까지에 해당하지 않는 일반기업	Min[(3%＋( 해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비 / 해당 사업연도의 수입금액 )✕ ( 1 / 2)), 6%]

주1)：중소기업이「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문(중소기업의 규모기준 초과와 졸업기준에 해당한 경우) 및 같은 조 제5항(중소기업기본법 시행령의 개정)에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도(중소기업 유예기간)가 경과하여 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 말한다.

주2)：중견기업이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다(「조세특례제한법 시행령」제9조조 ④).
1. 중소기업이 아닐 것
2.「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항에 따른 업종(중소기업 해당 업종)을 주된 사업으로 영위할 것
3. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니할 것
4. 직전 3개 사업연도의 매출액(매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상 매출액으로 하고, 사업연도가 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 3천억원 미만인 기업일 것

2)-2. 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균발생액의 계산

① 연평균발생액의 계산

종전에는 일반연구･인력개발비의 최초 발생한 사업연도개시일부터 해당 사업연도개시일까지의 기간이 48개월 여부에 따라 연평균발생액이 달라지는 불합리한 점이 있었으나 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터는 다음과 같이 계산한다.

연구･인력개발비세액공제액 계산시 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다(「조세특례제한법」제10조 ②,「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑤).

(해당 사업연도개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 합계액 / 해당 사업연도개시일부터 소급하여 4년간 일반연구･인력개발비가 발생한 사업연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)) ✕ ( 해당 사업연도의 월수 / 12 )

＊개월수의 계산은 월력에 따라 계산하며, 사업연도개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고 사업연도종료일이 속하는 월이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다( 「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑦).

법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 사업연도개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구･인력개발비의 합계액은 당해 사업연도와 동일한 기준에 상응하는 연구･인력개발비를 포함한다(조특통 10-9…2).

[참고] 직전 4년 평균 R&D 비용 계산방법 비교(해당 연도를 Y라 한다)



② 합병 등의 경우 연구･인력개발비의 계산

가. 사업의 전부를 승계한 경우

해당 사업연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 사업장별로 그 사업에 관한 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 출자하는 현물출자(이하 “법소정 현물출자”라 한다)를 받은 법인(이하 “합병법인 등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 법소정 현물출자(이하 “합병 등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 “피합병법인 등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구･인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다(「조세특례제한법 시행령」제9 ⑥ 본문,「조세특례제한법 시행규칙」제7의2).

나. 사업의 일부를 승계한 경우

피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인 등에서 합병 등을 하기 전에 발생한 일반연구･인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구･인력개발비로 본다(「조세특례제한법 시행령」제9 ⑥단서).

다. 분할 등이 속하는 사업연도에 발생한 연구･인력개발비 계산

☑ 사례：증가발생액에 대한 세액공제

[1] 일반적인 경우

다음 자료를 이용하여 당기(2013.1.1.~12.31.) 연구･인력개발비 세액공제액을 계산하라.

① 연구･인력개발비의 연도별 발생액.



＊연구･인력개발비에 포함된 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비발생액이다.

② 당기의 매출액에 대한 일반연구･인력개발비발생액의 비율은 10%이다. 위 자료를 이용하여 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제를 선택한 경우와 선택하지 아니한 경우로 구분하여 연구･인력개발비세액공제를 계산하라.

해설

1. 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제를 선택한 경우

⑴ 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제

해당 연도에 발생한 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비✕20%(중소기업은 30%)
＝25,000원✕20%(중소기업은 30%)
＝5,000원(중소기업은 7,500원)

⑵ 일반연구･인력개발비에 대한 세액공제

1) 연평균 발생액기준의 세액공제방법 적용가능 여부의 판정

다음 ‘①, ②’요건을 충족하므로 연평균 발생액 기준의 세액공제방법이 적용가능하다.

① 직전 4년간 일반연구･인력개발비가 발생하였다.

② 직전 사업연도 발생한 일반연구･인력개발비(35,000원)가 직전 4년간 일반연구･인력개발비 연평균 발생액[27,000원＝(15,000원＋26,000원＋32,000원＋35,000원)/4)]보다 많다.

2) 중소기업인 경우의 세액공제

아래 ‘①’과 ‘②’의 방법 중 선택하여 공제한다.

① 연평균발생액기준

{ 해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비 -해당 사업연도개시일로부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균발생액✕50%
＝{ ( 85,000원-25,000원)-( 26,000원＋32,000원＋35,000원 ) /3 } ✕50%
＝(60,000원-31,000원)✕50%
＝14,500원

② 해당 사업연도 발생액기준

해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비✕25%
＝60,000원✕25%
＝15,000원

③ 세액공제액Max[①, ②]＝15,000원

3) 중소기업이 아닌 경우의 세액공제

아래 ‘①과 ②’ 방법 중 선택하여 공제한다.

① 연평균발생액기준
＝(60,000원-31,000원)✕40%
＝11,600원

② 해당 사업연도 발생액기준
해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비✕(3%＋수입금액에 대한 일반연구･인력개발비발생액비율✕1/2)[6% 한도]
＝60,000원✕Min[(3%＋10%✕1/2), 6%]
＝60,000원✕6%
＝3,600원

③ 세액공제액

Max[①, ②]＝11,600원

⑶ 세액공제액의 합계

1) 중소기업인 경우

신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제＋일반연구･인력개발비에 대한 세액공제
＝7,500원＋15,000원
＝22,500원

2) 중소기업이 아닌 경우

5,000원＋11,600원
＝16,600원

2. 신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제를 선택하지 아니한 경우

⑴ 중소기업인 경우

아래 ‘①과 ②’의 방법 중 선택하여 공제한다.

① 연평균발생액기준
＝{ 85,000원-( 30,000원＋40,000원＋50,000원 / 3)} ✕ 50%
＝22,500원

② 해당 사업연도 발생액기준
＝85,000원✕25%
＝21,250원

③ 세액공제액
Max[①, ②]＝22,500원

⑵ 중소기업이 아닌 경우

아래 ‘①과 ②’의 방법 중 선택하여 공제한다.

① 연평균발생액기준
＝{ 85,000원- (30,000원＋40,000원＋50,000원 / 3 } ✕40%
＝18,000원

② 해당 사업연도 발생액기준
＝85,000원✕Min[(3%＋10%✕1/2), 6%]
＝85,000원✕6%
＝5,100원

③ 세액공제액
Max[①, ②]＝18,000원

[2] 직전기 연구･인력개발비가 직전 4년간 연구･인력개발비 평균액보다 적은 법인의 경우



당기(2013.1.1.~12.31.)의 수입금액에 대한 일반연구･인력개발비 비율은 4%이다.

해설

1. 직전 사업연도의 연구･인력개발비와 직전 4년간 연구･인력개발비 평균액의 비교

⑴ 직전 사업연도의 연구･인력개발비 발생액：16,000원
⑵ 직전 4년간의 연구･인력개발비 평균발생액
15,000원＋17,000원＋18,000원＋16,000원 /4
＝16,500원

신설법인 및 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구･인력개발비가 발생하지 아니하거나 사업 과세연도에 발생한 일반연구･인력개발비가 해당 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구･인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 연평균발생기준의 세액공제를 적용하지 아니하고 해당 연도 발생액기준의 세액공제를 적용한다.

2. 세액공제액

⑴중소기업인 경우

해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비✕25%
＝20,000원✕25%＝5,000원

⑵ 중소기업이 아닌 경우

해당 사업연도에 발생한 일반연구･인력개발비✕(3%＋수입금액에 대한 일반연구･인력개발비발생액비율✕1/2)[6% 한도]

＝20,000원✕Min[(3%＋4%✕1/2), 6%]
＝20,000원✕5%
＝1,000원

2. 연구･인력개발비의 범위

연구･인력개발비로 발생된 비용은 연구･인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 조세특례제한법 시행령 [별표 6]의 비용이어야 한다. 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육･훈련시키는 활동을 말한다(「조세특례제한법」제9조 ⑤).

그러나 다음 각호의 활동은 연구개발활동을 포함하지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제8조 ②).

① 일반적인 관리 및 지원활동
② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
③ 반복적인 정보수집 활동
④ 경영이나 사업의 효율성을 조사･분석하는 활동
⑤ 특허권의 신청･보호 등 법률 및 행정업무
⑥ 광물 등 자원매장량 확인, 위치확인 등을 조사･탐사하는 활동
⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동

이 경우 당해 사업연도에 발생한 비용은 물론 증가발생금액 계산시 과거 4년간 발생한 금액도 다음에 게기하는 조세특례제한법 시행령 [별표 6]에 해당하는 비용이어야 한다.

[연구･인력개발비에 대한 세액공제액]

구분	비용	내용
1. 연구개발	① 자체연구개발[전담부서에서 사용하는 소모품비와 복리후생비는 포함하지 않음(조특집 9-8-1)] 가. 연구개발 또는 문화산업진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서 등”이라 한다)에서 근무하는 직원＊으로서 기획재정부령이 주1) 정하는 자 주2)의 인건비.다만, 다음의 인건비를 제외한다. ㉮「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 ㉯「소득세법」제29조 및「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금 ㉰「법인세법 시행령」제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등(잉여금처분에 의한 성과급) ＊연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용을 위한 연구요원에는 기업부설연구소 또는 연구개발부서의 확인 후 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사한직원을포함하며(서면2팀-176, 2006.1.23., 서면2팀-2279, 2006.11.9.), 연구요원은 근무시간에 상관없다(예：파트타임 근무)(법인세과-1332, 2009.11.29.). 나. 전담부서 등에서 연구주3)용으로 사용하는 견본품･부품･원재료*와 시약류구입비(시범 제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) ＊자체제작한 견본품 등을 포함한다(법인세과-828, 2011.10.3.). ＊＊외주제작한 연구개발용 시제품을 시험용으로 설치하여 작동한 후 그 시험장소를 제공한 법인과의 협약에 따라 해당 시제품을 무상으로 이전한 경우 해당 시제품의 제작에 소요되는 외주가공비는 세액공제대상이다(법인세과-1030, 2011.12.26.). 다. 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구･시험용 시설( 조세특례제한법 시행령 제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 아래 ‘②’의 ‘가.’에 규정된 기관의 연구･시험용 시설의 이용에 필요한 비용＊ ＊연구개발용 자산인 기계장치를 구입하여 생산시설에 사용하는 경우에는 세액공제를 받을 수 없다(서면2팀-1901, 2006.9.25.). ＊＊제약회사가 신약개발목적의 임상실험에서 발생하는 광고선전비, 식대, 임차비용 등은「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않는다(법인세과-4068, 2008.12.18.). ＊＊＊내국법인이 연구개발출연금을 지급받아 연구에 성공한 후 연구개발성과물의 권리를 취득하기 위해 지급하는 기술료는「조세특례제한법」제10조에 따른 ‘연구･인력개발비에 대한 세액공제’를 적용할 수 없다(법인세과-876, 2011.11.4.). ＊＊＊＊정부출연금과 자체부담금을 사용하여 연구개발과제를 수행하고, 기술개발 성공시 기술료를 납부하는 조건으로 연구개발 결과물을 연구과제 수행기업이 소유하는 경우 연구개발과제 수행기업이 실질적으로 부담하는 자체부담금은 연구 및 인력개발비세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 자체연구개발의 경우 같은법 시행규칙 제7조에 따른 전담부서에서 지출하는 연구개발비에 한하여 동 세액공제를 적용받을수있다(법인세과-797, 2011.10.26.). ② 위탁 및 공동연구개발 가.다음의 기관에게 과학기술분야의 연구개발용역 등을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 제외한다.＊ 이하 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용＊＊ ＊동 비용의 제외는 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다(「조세특례제한법 시행령」부칙 2 ①, 2010.2.18. 개정). ＊＊위탁하거나 연구기관과의 공동기술개발을 수행하는 법인은 연구개발전담부서를 설치하지 않은 경우에도 세액공제를 적용받을 수 있다(서면2팀-1902, 2006.9.25., 서면2팀-675, 2006.4.28.).수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하는 경우 당사자간의 계약유무에 불구하고 세액공제대상에서 제외된다(법인세과-483, 2010.5.26.). ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국･공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관＊을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관＊ 또는 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) ＊다른 기업의 연구개발전담부서에 스마트카드를 이용한 전자화폐시스템개발용역,휴대폰단말기개발용역을 위탁함에 따라 발생하는 비용도 세액공제대상이며(서이 46012-11145, 2003.6.13., 서면2팀-111, 2004.1.30.), 연구기관 또는 전담부서의 소재지가 국내외의 여부와 관계없다(서면2팀-1611, 2005.10.6.). 또한 금융보험업을 영위하는 법인이 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고, 당해 개발비용(컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용은 제외함)을 지출하는 경우에는 같은 법 시행령 제9조 제2항 규정의 연구 및 인력개발을 위한 지출비용으로 본다(법인세과-675,2010.7.14.). ㉳산업기술연구조합육성법에의한 산업기술연구조합 ㉴국가과학기술경쟁력강화를위한 이공계지원특별법에따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 ㉵산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 ㉶한국표준산업분류표상기술시험･검사 및 분석업을 영위하는 기업 나. 고등교육법에 의한 대학 및 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 ③ 당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명보상금으로 지출한 금액 ④ 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 것주4) ＊선진기술 접목 및 주요 핵심부품 국산화를 위한 정보수집 목적으로 해외 컨설팅업체에 방문시 소요되는 항공비 등 여비는 같은법 시행령 [별표6] ‘연구･인력개발비 세액공제를 적용받는 비용’에 해당하지 않는다(법인세과-797, 2011.10.26.). ⑤중소기업이과학기술분야정부출연연구기관 등의 설립･운영 및 육성에 관한 법률에의하여설립된한국생산기술연구원과산업기술혁신촉진법에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 중소기업진흥에 관한 법률에 의한 기술지도를 받고 지출한 비용 ⑥ 고유디자인의 개발을 위한 비용＊ ＊고유디자인 등을 개발하는 데 직접 소요되는 비용을 말하는 것으로 제품의 고유상표 등 개발업무에 근무하는 자의 인건비는세액공제대상이아니다(서이46012-11222, 2003.6.27.). 고유디자인의 개발을 위해 지출하는 위탁개발용역비를 일부는 정액으로 지급하고 나머지는 매출액에 연동하여 지급하기로 한 경우에 당해 전체 지출비용은 같은 법 제10조의 규정에 의한 세액공제대상비용에 해당한다(서면2팀-1910, 2005. 11.24.). 고유디자인의 개발을 위한 비용에는 고유디자인의 개발과 관련이 있는 전문디자이너에 대한 디자인 위탁개발용역비, 자체고용디자이너의 인건비, 디자인설계기기(CAD) 등 관련 설비의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품･부품･원재료구입비 등이 포함되는 것이나(조특통 10-9-1 ④), 디자인실에 관련된 일반 직원 관련 비용, 사무용품비 등 소모품비와 복리후생비, 운반비, 전문도서인쇄비, 지급수수료, 건물임차료, 수선비, 통신비(법인세과-729, 2009.6.23.)와 도서에 삽화를 넣기 위해 삽화가에게 지급하는 삽화료는 제외한다(법인세과-1044, 2010.11.9.). ＊＊여성내의류를 제조하는 법인의 고유디자인 개발을 위한 인체체형계측시스템 구입비용은「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항과 관련한 [별표 6] 제1호 사목의 ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’에 포함되지 않는 것이며, 다만 고유디자인 개발을 위한 표준체형 연구목적으로 불특정다수인에게 지급하는 촬영협조비용은 고유디자인 개발을 위한 비용에 포함된다(법인세과-1084, 2009.9.30.). ＊＊＊내국인이 고유디자인의 위탁개발을 위하여 국외의 디자인 전문회사에 지급한 비용은「조세특례제한법」제10조 및 같은 법시행령 별표 6 제1호 사목에 따른 연구인력개발비에 대한 세액공제대상이 된다(조세특례제도과-986, 2011.10.28.). ⑦ 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 지출한 비용	주1)：“기획재정부령이 정하는 자”란 전담부서 등에서 연구업무에종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자이며 주주인 임원으로서 다음의 각호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다(「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ③). ①부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 ② 당해 법인의 주주로서「법인세법 시행령」제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 ③ 위 ‘②’에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계인. 이 경우「법인세법 시행령」제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. 주2)：① 기업 내 연구개발전담부서를 한국산업기술진흥협회에 적법하게 신고한 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구및인력개발비세액공제 적용이 가능하다(서면2팀-675, 2006.4.28., 법규과-1543, 2011.11.22.). ② 인건비는 연차수당(법규법인2009-241, 2009.7.3.), 주식매수선택권 행사에 따른 이익(법인세과-954, 2010.10. 19.) 및「소득세법」제12조 제4호에서 규정하고 있는 비과세근로소득을 포함한다. 또한 내국법인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다(조특통 10-0…2)(이 경우 수탁받은 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비는 연구개발 수행기간･시간 등 합리적인 방법으로 안분계산한다：법인세과-272,2012.4.18.). 신공법특허를 개발한 연구전담부서 직원에게 해당 신공법 관련 매출액의 일정률을 지급하는 것은 인건비에서 제외된다(서면2팀-1196, 2005.7.25.). ③「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 전담부서에서 연구개발 관련업무에 종사하는 직원을 포함하는 것이나, 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 그러하지 아니한다(법인세과-912, 20 09.8.18.). ④ 제조업 등을 영위하는 내국법인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받은 바 없이 자체기술개발을 위하여 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비로 지출하는 비용은「조세특례제한법」제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 제품의 사양, 디자인개발 등의 개발용역에 종사하는 자의 인건비는 그러하지 아니한다(서이46012-11662, 2003.9.17., 서이 46012-11735, 2003.10.6., 서이 46012-119 11, 2003.11.5.). 아울러 연구개발한 기술을 추후 외국법인에게 이를 사용하게 하고 사용료를 받는 경우에도 연구 및 인력개발비세액공제를 받을 수 있다(서이46012-11796, 2003.10.17.). ⑤ 기술습득 등을 위해 내국법인의 기업부설연구소 소속 연구원을 해외소재 모법인의 연구소에 파견함에 따라 발생한 인건비 등은「조세특례제한법」제10조 및 같은법 시행령 [별표 6]에 의한 연구･인력개발비 세액공제 대상비용에 해당하지 않는다(법인세과-1329, 2009.11. 27.). 주3)：자체기술개발을 위한 비용 중 ‘연구’라 함은 기술개발촉진법 제2조 제1호의 ‘기술개발’을 말한다. 자체기술개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비 등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다(조특통 9-8…1 ① 2호･3호). 화학공장에서 공정기술 Know-How를 취득하기 위한 기술개발연구에 소비된 기기는 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품･부품･원재료와 시약류구입비에 해당하지 아니한다(서이46012-12123,2002.11.27.). 주4)：‘기획재정부령으로 정하는 것’이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제7 ⑤). ① 과학기술분야를 연구하는 국･공립연구기관,정부출연연구기관, 국내외비영리법인(부설연구기관을 포함한다) 또는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원 ② 고등교육법에 의한 대학(교육대학 및 사범대학을 포함한다) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다) ③외국에서「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 제3호 각목의 1에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자
2. 인력개발	① 위탁훈련비 주5) 가. 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비＊ ＊당해 내국법인과 국내외의 대학간 교육에 대한 위탁계약 없이 당해 내국법인이 그 교육비상당액을 임원 등에게 지급하는 경우 그 금액은 조세특례제한법시행령 [별표 6] 제2호 가목 제1항에서 규정하는 위탁교육훈련비에 해당하지 않는다(법인세과-3146, 2008.10.29.). 나.근로자직업능력개발법에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비주6) 다. 근로자직업능력개발법에 따라 고용노동부장관의 승인을 얻어 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비 주6) 라.중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 따른 기술연수를 받기 위하여 중소기업이 지출한 비용 마. 기타 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령으로 정하는 것 주7) ② 근로자직업능력개발법 또는 고용보험법에 의한 사내직업능력개발훈련실시 및 직업능력개발훈련 관련 사업실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것 주8) ③ 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용＊으로서 기획재정부령으로 정하는 것 주9) ＊동 비용에는 중소기업이 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용은 포함되지 아니한다(서이46012-12198, 2003.12.26.). ④ 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령 주10)으로 정하는 비용 ⑤ 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학 주11)(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것 주12)	주5)：위탁훈련비의 범위 ① 규칙 제7조 제8항 제1호의 규정에 의한 위탁훈련비에는 국외훈련에 따르는 체류경비는 포함되지 아니한다. ② 규칙 제7조 제8항의 규정에 의한 위탁훈련비에는경리･인사･총무 등 관리부분에 종사하는 종업원에 대한 자체･위탁교육비 등은 포함되지 아니한다. ＊근로자직업능력개발법에 따른 직업훈련기관과 강사 및 교재공급계약을 체결하고 해당 법인의 교육시설에서 교육훈련을 하는 경우의 위탁훈련비와 동법에 따른 직업훈련기관의전자교육(e-learning)방법에 의한 위탁교육훈련비는 조세특례제한법 시행령 별표 6의 제2호 가목 2)의 위탁훈련비에 해당한다(법인세과-206, 2012.3.21.). 주6)：동 인력개발비는 근무부서에 제한없이 지출된 비용에 대하여 세액공제적용대상이 된다(법인46012-984, 2000. 4.20.). 주7)：‘국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령이 정하는 것’이란 전담부서에 근무하거나 생산업무에 직접 종사하는 직원의 과학기술분야훈련을 목적으로 지출하는 다음 각호의 비용을 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑧). ①국내외기업(국내기업의경우에는 전담부서 등을 보유한 기업에 한한다)에의 위탁훈련비 ② 산업발전법에 의하여 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비 주8)：‘사내직업능력개발훈련실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것’이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑨). ① 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로「근로자직업능력개발법」제2조 제1호의 규정에 의한 직업능력개발훈련(이하“직업능력개발훈련”이라한다)을 실시하는 경우의 실습재료비(당해 기업이 생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접재료비를 구성하지 아니하는 것에 한한다) ②「근로자직업능력개발법」제20조 제1항 제2호의 규정에 의한 기술자격검정의 지원을 위한 필요경비 ③「근로자직업능력개발법」제33조의 규정에 의한 직업능력개발훈련교사의 급여 ④ 사업주가 단독 또는 다른 사업주와 공동으로 실시하는 직업능력개발훈련으로서「근로자직업능력개발법」제24조의 규정에 의하여 고용노동부장관의 인정을 받은 훈련과정의 직업능력개발훈련을 받는 훈련생에게 지급하는 훈련수당･식비･훈련교재비 및 직업훈련용품비 주9)：‘기획재정부령으로 정하는 것’이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다(「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑩).
	＊동 비용에는 중소기업이 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용은 포함되지 아니한다(서이46012-12198, 2003.12.26.). ④ 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령 주10)으로 정하는 비용 ⑤ 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학 주11)(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것주12) ＊동 비용에는 중소기업이 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용은 포함되지 아니한다(서이46012-12198, 2003.12.26.). ④ 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령 주10)으로 정하는 비용 ⑤ 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학주11)(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것주12)	① 지도요원의 인건비 및 지도 관련경비 ② 직업능력개발훈련의 훈련교재비 및 실습재료비 ③ 직업능력개발훈련시설의 임차비용 ④ 전담부서 등의 직원 또는 생산직 종사직원의국내외전문연구기관･기업(국내기업의 경우에는 전담부서 등을 보유한 기업에 한한다) 또는 대학(이공계에 한한다)에의 과학기술분야 위탁교육비 및 기술자문료 ⑤ 내국인이 사용하지 아니하는 자기의 특허권 및 실용신안권을 중소기업(「법인세법」제52조 및「소득세법」제41조의 규정에 의한 특수관계인이 아닌 경우에 한한다)에게 무상으로 이전하는 경우 그 특허권 및 실용신안권의 장부상 가액 주10)：‘기획재정부령으로 정하는 비용’이란 다음 각호의 비용을 말한다. 다만, 교육훈련시간이 24시간 이상인 교육과정인 것에 한한다( 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑪). 1.품질관리･생산관리･설비관리･물류관리(이하 “품질관리 등”이라 한다)에 관한 회사 내 자체교육비로서 아래 ‘주12)’의 비용에 준하는 것 2. 다음 각목의 기관에 품질관리 등에 관한 훈련을 위탁하는 경우의 그 위탁훈련비. 다만, 근로자직업능력개발법에 의한 위탁훈련비와 산업발전법에 의하여 설립된 한국생산성본부에의 위탁훈련비를 제외한다. 가.국가전문행정연수원(국제특허연수부에서 훈련받는 경우에 한한다) 나. 산업표준화법에 의하여 설립된 한국표준협회 다. 산업디자인진흥법에 의하여 설립된 한국디자인진흥원 라. 품질관리 등에 관한 교육훈련을 목적으로「민법」제32조의 규정에 의하여 주무관청이 허가를 받아 설립된 사단법인 한국능률협회 마. 상공회의소법에 의하여 설립된 부산상공회의소의 연수원 3.「문화산업진흥기본법」제31조에 따라 설립된 한국콘텐츠진흥원에 교육을 위탁하는 경우 그 위탁교육비용 4. 항공법에 따른 조종사의 운항자격 정기심사를 받기 위한 위탁교육훈련비용 5. 해외 호텔 및 해외 음식점에서 조리법을 배우기 위한 위탁교육훈련비용 주11)：기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사내교육훈련기관을 말한다( 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑫). 1.사내기술대학(대학원을포함한다)의 경우：과학기술분야의 교육훈련을 위한 전용교육시설 및 교과과정을 갖춘 사내교육훈련기관으로서 교육부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 기준에 해당하는 사내교육훈련기관 2. 사내대학의 경우：평생교육법에 의하여 설치된 사내대학 주12)：‘기획재정부령으로 정하는 것’이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다( 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ⑬). 1. 교육훈련용 교재비･실험실습비 및 교육용품비 2. 강사에게 지급하는 강사료 3. 사내기술대학 등에서 직접 사용하기 위한 실험실습용 물품･자재･장비 또는 시설의 임차비 4. 사내기술대학 등의 교육훈련생에게 교육훈련기간 중 지급한 교육훈련수당 및 식비

[참고]

1. 전담부서의 요건

일반연구개발전담부서란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서를 말한다( 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 ①).

① 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

②「문화산업진흥기본법」제17조의 3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

2. 연구개발전담부서의 범위

⑴ 유권해석의 입장(조예46019-139, 1998.4.19., 법인 46012-794, 2001.7.4.)

① 조세특례제한법 시행령 [별표 6]의 전담부서는 반드시 독립된 별도의 건물을 필요로 하는 것은 아니며,

② 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제4조 및 제5조의 규정에 의해 교육과학기술부장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고하지 아니한 경우에는 해당되지 아니한다.

▪ 기업 내의 연구개발전담부서도 제5조 제2항에서 조세･금융 기타의 지원이 필요한 경우 신고하게 할 수 있다고 규정하면서,
▪ 신고에 관한 사항을 교육과학기술부장관이 고시하도록 하여 과학기술처고시 제1994-16호 제4조에서 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하여 연구개발전담부서의 확인서를 교부받도록 고시하고 있으므로,
▪ 조세지원을 받기 위해서는 신고하여 전담부서로 인정받아야 한다.

③ 따라서 기술개발촉진법에 의한 기술개발준비금적립신고만으로 연구개발전담부서의 신고에 갈음할 수 없다(법인46012-1510, 1998.6.10.).

④ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 한국산업기술진흥협회로부터 인정받은 피합병법인의 기업부설연구소를 합병법인이 운영함에 있어서 합병 등으로 인한 연구소 변경신고를 일시 지연하였더라도 합병일 이후 동 연구소에서 발생한 조세특례제한법 시행령 [별표 6]의 비용에 대해서는 같은법 제10조에 의한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이다. 다만, 변경신고 지연 등으로 기업부설연구소 인정이 취소된 경우에는 동 세액공제를 적용받을 수 없다(법인세과-1286, 2009.1.17.).

⑵ 대법원 판례의 입장(대법원99두8718, 2001.1.19.)

연구 및 인력개발비지출명세서를 첨부하여 세액공제신청을 하게 할 뿐 교육과학기술처장관에게의 신고를 의무로 규정하지 아니하고 있으므로 기업 내의 연구개발전담부서로 인정되기 위하여 구 기술개발촉진법 시행규칙 제3조의3 제2항 또는「기술개발촉진법 시행규칙」제5조 제2항에 규정된 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니다.

3. 전담부서 인건비 등의 세액공제시기

전담부서의 인건비 등의 세액공제는 한국산업기술진흥협회에 신고한 이후에 발생한 금액부터 해당되며 신고를 하기 전에 지출한 인건비 등은 연구및인력개발비세액공제대상이 아니다(법인세과-323, 2009.3.24., 서면2팀-675, 2006.4.28., 법인22601-1517, 1992.7.11., 심사법인98-196, 1998.9.18., 감심98-376, 1998.12.22.).

3. 연구･인력개발비세액공제와 연구･인력개발준비금사용액의 중복적용

내국법인이 2009.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터「조세특례제한법」제9조(2008.12.26. 법률 제9272호로 신설된 것)에 의한 연구･인력개발준비금을 설정하고 같은 법 시행령 [별표 6]에 해당하는 비용을 지출한 경우 당해 비용은 중소기업 해당 여부에 불구하고 같은 조 제2항 제1호에서 규정하는 준비금에 사용한 것으로 보는 것이며, 또한 당해 비용이 같은 법 제10조의 연구･인력개발비에 대한 세액공제대상인 경우 동 세액공제를 적용할 수 있다(법인세과-874, 2009.7.31.).

4. 연구개발출연금 등으로 지출한 연구개발비의 세액공제 적용의 배제

종전에는「조세특례제한법」제10조의 2에 따라 익금불산입을 적용받는 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액에 한하여 연구･인력개발비세액공제 규정을 적용할 때 제외하였으나, 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터는 이를 확대하여 다음의 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 연구･인력개발비세액공제 규정을 적용할 때 제외한다( 「조세특례제한법 시행령」제8조①,「조세특례제한법 시행령」제9조 ①･②).

①「조세특례제한법」제10조의 2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

＊「조세특례제한법」제10조의2 규정에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 내국법인이 같은법 적용 여부에 불구하고 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제9조 제8항의 규정에 따라 연구･인력개발비 산정시 제외한다(법인세과-66, 2011.1.25.).

5. 세액공제의 중복적용 등등

① 세액감면시 세액공제의 중복적용

내국법인이 조세특례제한법에 의한 여타의 법인세 감면을 적용받는 경우에도 연구･인력개발비세액공제를 적용받을 수 있다(「조세특례제한법」제127 ③).

② 수도권 안에서 창업한 경우

내국법인이 수도권 안에서 창업하여 연구･인력개발비가 발생된 경우에도 연구･인력개발비세액공제를 적용받을 수 있다(「조세특례제한법」제130조 ①).

6. 최저한세의 적용

① 중소기업의 경우

조세특례제한법 시행령 제2조에 규정하는 중소기업의 연구･인력개발비세액공제는 최저한세의 규정을 적용받지 아니하고 전액 공제한다(「조세특례제한법」제132조 ① 3호).

② 중소기업이 아닌 경우

중소기업이 아닌 경우 종전에는 연구･인력개발비 중 석사 및 박사의 인건비에 해당하는 연구･인력개발비 세액공제액이 최저한세의 규정을 적용받지 아니하였으나, 2011.12.31. 세법의 개정에 의하여 당기의 연구･인력개발비세액공제는 최저한세의 적용대상이 된다(「조세특례제한법」제132조 ① 3호). 본 규정은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

＊중소기업에서 일반기업으로 전환된 사업연도에 이월공제받는 경우 일반기업을 기준으로 최저한세를 적용해야 함.직전 과세연도에 중소기업이던 내국법인이 해당 과세연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 있어 직전 과세연도에 납부할 세액이 없어「조세특례제한법」제10조에 따른 연구･인력개발비에 대한 세액공제 중 공제받지 못한 부분에 대하여 같은법 제144조에 의해 이월공제하는 경우 같은 법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니한다(법인세과-147, 2012.2.24. 조세특례제도과-36, 2012.1.20.).

＊＊중소기업이 아닌 내국법인이 2011.12.31. 이전 개시하는 사업연도에 발생한 연구･인력개발비 세액공제 대상 금액에서 석사 및 박사 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액이 공제받지 못하고「조세특례제한법」제144조 제1항에 따라 이월공제받는 경우 해당 이월공제받는 연구인력개발비 세액공제액은 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제132조 제1항 제3호에 따라 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세가 적용된다(법인세과-51, 2013.1.24., 법규과-28, 2013.1.14.).

7. 미공제세액의 이월공제

연구･인력개발비에 대한 세액공제액이 당해 사업연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못하는 부분에 상당하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도의 개시일로부터 5년(2003.12.31. 이전에 개시하는 사업연도의 지출분까지는 7년) 이내 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 각 사업연도의 법인세에서 공제한다. 이 경우 각 사업연도의 공제할 금액과 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다(「조세특례제한법」제144조 ②).「조세특례제한법」제144조 제2항의 규정은 귀속사업연도가 상이한 동일종류의 세액공제가 중복되는 경우에 적용하는 것이고 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에는 당해 규정을 적용하지 아니하며, 이월공제의 적용순서를 당해 법인이 선택하여 적용받을 수 있다(서면2팀-353, 2007.3.2., 서면2팀-1246, 2004.6.16.).

8. 농어촌특별세의 비과세

연구･인력개발비에 대한 세액공제에 대하여는 농어촌특별세가 과세되지 아니한다(농특령 4 ⑥ 1호).

9. 구분경리

신성장동력연구개발비와 원천기술연구개발비에 대한 세액공제를 적용받으려는 내국법인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구･인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구･인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구･인력개발비로 한다(「조세특례제한법」제10조 ④,「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑧).

10. 세액공제신청서 및 연구･인력개발비명세서 등의 제출

법인세과세표준신고시 세액공제신청서[「조세특례제한법 시행규칙」제별지 제1호 서식], 일반연구및인력개발비 명세서[「조세특례제한법 시행규칙」제별지 제3호 서식⑴], 신성장동력산업 및 원천기술연구개발비명세서[「조세특례제한법 시행규칙」제별지 제3호 서식⑵]와 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다(「조세특례제한법」제10조 ③,「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑨).

이 경우「조세특례제한법」제10조의 연구･인력개발비를 지출하였으나 각사업연도소득에 대한 법인세는 납부할 세액이 없는 법인이 법인세과세표준신고시 연구 및 인력개발비 발생에 관한 명세서를 제출하지 아니하고 지연하여 제출하는 경우에도「조세특례제한법」제144조의 규정에 의한 이월공제기간 내에는 이월공제가 가능하다(서면2팀-1908, 2007.10.23. 제도46012-12533, 2001.8.3.).

11. 신성장동력산업 및 원천기술연구개발심의위원회

내국법인이 지출한 연구개발비가 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비에 해당되는지에 관한 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 신성장동력산업 및 원천기술연구개발심의위원회를 둘 수 있다(「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑩). 신성장동력산업 및 원천기술연구개발심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부장관이 정한다(「조세특례제한법 시행령」제9조 ⑪).

1) 세액공제신청서

조세특례제한법 시행규칙 [별지 제1호 서식] (2013.2.23. 개정)



2) 연구 및 인력개발비명세서

① 일반연구 및 인력개발비명세서

조세특례제한법 시행규칙 [별지 제3호 서식⑴] (2013.2.23. 개정)



② 신성장동력산업 및 원천기술연구개발비명세서

-이영우 선생님-