회사와 이사와의 관계는민법상 위임에 관한 규정을 준용하도록 되어 있는데(상법382조2항), 위임관계는 각 당사자가 언제든지 해지할 수 있으므로, 이사(이하 대표이사도 마찬가지임)는 임기가 정하여 있더라도 언제든지 사임할 수 있습니다(민법 689조, 다만 부득이한 사유없이 상대방이 불리한 시기에 위임을 해지한 때에는 손해를 배상하도록 되어 있으나, 귀하의 경우 나중의 문제이고 또 말씀하신 바와 같은 상황이라면 손해배상책임을 질 소지는 작아보임).
또 이사(대표이사)는 등기사항인데, 등기할 사항을 등기하지 아니하면 선의의 제3자에 대항하지 못하도록 되어 있으므로, 귀하의 이사사임사실을 알지 못하는 제3자는 귀하에 대하여 이사로서의 책임을 추궁할 수 있을 것입니다.
이상의 법률이치를 귀하의 경우에 적용하여 보면, 일단 귀하가 이사를 사임할 수 있으므로 회사에게 이사직을 사임한다는 내용의 내용증명을 발송하시면 사임의 효력이 생기고, 또 회사의 채권자 기타 문제될 만한 사람들에게 귀하가 이사를 사임하였다는 내용을 내용증명을 발송하시면 이사사임사실을 등기하지 않았다 하더라도 대항할 수 있을 것으로 해석됩니다.
또 다른 방법으로 법률적으로는 이사 사임후 회사를 상대로 이사사임등기절차이행청구소송을 제기하여 이사사임의 등기를 하실 수도 있을 것으로 생각됩니다.