이렇게 등기부상 소유권이전의 형식은 취해졌지만 사실상 소유권의 이전이 없는 경우에는 실질 내용에 따라 양도로 보지 않으므로 양도소득세를 과세하지 않습니다. 몇가지만 살펴보겠습니다.
첫째, 도시개발법 등에 의해 환지처분이 발생하여 지번이 변경되고 보류지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 않습니다. 이는 도시계획을 위한 토지의 재편으로 인한 것이고 실질적인 토지 지분에 변동이 없다면 양도가 아닌 것입니다. 그러나, 환지처분 결과 권리면적보다 환지처분 면적이 많거나 적은 경우에는 유상으로 양도하거나 취득한 것으로 보아 양도소득세 과세문제가 발생하기도 합니다.
둘째, 양도담보는 채무에 대한 담보의 목적으로 소유권을 이전하는 것입니다. 이 경우에는 관할세무서에 양도소득세를 신고해야 하며, 양도담보계약서를 첨부해야 합니다. 물론 계약서에는 채권담보의 내용이 명시되어야 하며 채권변제에 관한 약정과 원래의 소유자가 사용 수익한다는 의사표시가 명시돼 있어야 합니다. 그러면 양도소득세가 과세되지 않습니다.
셋째, 명의신탁은 본인소유의 부동산을 타인명의로 등기하는 것입니다. 신탁업법 등에 따른 적법한 명의신탁도 있지만 사실상의 명의신탁도 양도소득세의 과세대상이 되지 않습니다. 다만 부동산을 명의신탁하면 부동산실명등기법 등 실정법의 위반으로서 처벌의 대상이 되며, 주식을 명의신탁하는 경우에는 명의신탁에 의한 증여의제로 증여세가 과세됩니다.
넷째, 공유물분할의 경우에도 사실상의 양도가 아니므로 양도소득세가 과세되지 않습니다. 다만, 공유물분할 과정에서 일부 지분의 변동이 생긴 경우에는 지분변동분 만큼은 유상 양도로 봅니다.
다섯째, 그밖에도 당초 등기이전이 원인무효로서 소유권이 환원된 경우, 대금청산 이전에 합의 또는 계약불이행으로 계약이 해지된 경우, 대금청산은 되었으나 법적 제재로 인하여 소유권이전을 하지 못한 경우, 상속등기 후에 즉시 각 상속인간에 지분을 변경하는 경우에도 양도로 보지 않으므로 양도소득세가 과세되지 않습니다. 그러나 이러한 경우에도 실질적인 소유권의 이전이 이루어지고 대금의 정산이 있는 경우에는 양도소득세가 과세될 수 있으므로 주의해야 합니다.