2차 세계대전이 발발한지 얼마되지 않아 유고슬라비아 왕국은 독일에 항복했고, 물론 발칸 반도는 독일을 비롯한 주축국들의 분할 통치 아래 놓여 졌다. 마케도니아는 불가리아의 지배 하에 들어갔고, 헝가리는 1919년 이전에 지배했던 보이보디나의 바츄까(Backa)와 바라냐(Baranja)를 획득했다. 이탈리아와 독일은 슬로베니아를 분할 지배했다.
이탈리아는 발칸 반도에서 가장 많은 소득을 올렸는데, 아드리아 해안 지역의 달마찌야를 삼켰으며 1941년 몬테네그로를 점령했고, 알바니아에 이탈리아 괴뢰정부를 세웠다.
한편, 독일은 세르비아와 보이보디나 자치주의 대부분을 직접 지배했다. 크로이티아 자치국은 이탈리아와 독일이 각각 같은 영향력을 행사하도록 합의했지만, 사실상 독일은 크로아티아를 이탈리아측에 맡겼다. 한편, 몬테네그로에서는 니꼴라(Nikola)왕을 추종하는 일단의 분리주의자들이 반란을 일으켜 권력장악에 성공하였으나, 1942년 6월 알바니아의 도움을 받은 이탈리아군이 다시 몬테네그로를 점령하였다. 그러나 몬테네그로의 저항이 만만치 않아 이곳은 저항의 중심지로 변모하였다.
2. 유고슬라비아의 함락
유고슬라비아측은 그리 만만하게 독일에 융화되어 주지 않았는데, 이러한 유고슬라비아의 태도는 그들을 자기 편에 끌어들이려는 독일의 의욕을 더욱 강하게 북돋우어 줄 뿐이었다. 유고슬라비아는 독일로 부터 그리스와 테살로니카 지역을 약속받은 후 1941년 3월 파시스트 협정인 삼국동맹에 가담하였다.
유고슬라비아의 지도자들은 '어떠한 경우에도 유고슬라비아의 주권과 영토의 보전' 을 존중한다는 독일의 결의를 확인하고, 주축국은 금번 전쟁 중 군대의 유고슬라비아 국경 통과권을 요구하지 않는다고 서약한 2통의 편지를 받았지만 이 두가지 협정은 모두 히틀러에게 있어 신기록일 만큼 단기간에 파기되었다.
1941년 3월 25일 드라기샤 쯔베뜨꼬비치(Dragisa Cvetkovic)가 독일과 협정을 발표하자 이는 유고슬라비아인들의 분노를 일으켰고, 베오그라드에서는 쿠데타를 일으켜 마침내 두샨 시모비치(Dusan Simovic)장군이 이끄는 새 군사정부를 출범시켰다. 두샨 시모비치 장군의 신 정권은 독일, 이탈리아와의 협정을 무효화하는 반면 소련과 우호불가침조약을 체결하였다. 베오그라드의 쿠데타는 히틀러로 하여금 격렬한 분노를 일으키게 했다. 히틀러는 1941년 3월 27일 군 수뇌부를 소집하여 유고를 사정도 용서도 떼어버리고 가혹하게 두들겨 부실 것을 명령하는 내용의 군사지령 제25조를 발령하였고, 또 헝가리 기지에서 출격하는 폭격기로 베오그라드에 파상 공격을 가하여 말살할 것을 명령하였다.
<<군사지령 제 25조>>
"유고슬라비아 군부의 폭동은 발칸의 정치정세를 일변시켰다. 유고는 충성을 맹세했으나, 당면한 문제로 볼 때 적국이라 생각하지 않을 수 없으며, 따라서 가능한 한 신속히 분쇄하지 않으면 안된다. 유고슬라비아에 군대를 진격시켜 ...... 유고군을 섬멸하는 것이 나의 의도이다."
베오그라드는 히틀러의 명령대로 송두리째 파괴됐다. 밤낮 3일 간을 계속해서 괴링의 폭격기는 유고의 수도 상공을 거의 지붕 높이와 같은 높이로 저공 비행하여 17000 여 명의 일반 시민을 폭살시키고, 많은 부상자를 냈으며 시가를 잿더미로 폐허시켰다. 마침내 1941년 4월 13일 독일군은 타다 남은 베오그라드에 입성했고, 4월 17일 잔존한 유고군은 사라예보에서 항복했으며 뻬따르 왕과 정부는 그리스로 망명하였다. 결국 유고슬라비아는 독일에 의해 이탈리아, 헝가리, 불가리아 3국에 분할 되었다.
3. 여러 세력과 티토(Tito)
제2차 세계대전의 발발로 유고슬라비아가 독일의 침입을 받아 점령당하자 크로아티아는 1941년 4월 10일 수도인 자그레브에서 독립국가를 선포하였다. 제2차 세계대전이 발칸에 남긴 상처 가운데 가장 극심한 곳이 바로 크로아티아 자치국이었다. 상처가 깊어질 수밖에 없는 가장 큰 이유는 바로 파시스트 테러단체인 우스따샤(Ustasa) 때문이었다. 우스따샤의 학살 목표는 크로아티아 내의 세르비아인들이었다. 크로아티아에서는 독일군이나 이탈리아군이 아닌 크로아티아인에 의한 세르비아인들에 대한 무자비한 학살이 계속되는 내전상태에 돌입한 것이다. 우스따샤는 세르비아계 350000 여 명을 학살하는 피의 보복을 가했다. 크로아티아 민족주의자들은 세르비아계가 국가 통합에 방해가 된다는 구실로 인종청소를 감행했던 것이다.
이 후, 저항 세력들은 친 정부 세력인 유고슬라비아 조국전선 (일명, "쳬뜨니끄(Cetnik)")와 공산주의 세력인 요시쁘 브로즈 티토(Josip Broz Tito)의 국민해방군 (일명, "빠르띠잔(Partizan)")으로 나뉘어 지하세력화했다. 드라쟈-드라골류브 미하일로비치(Draza-dragoljub Mihajlovic)가 이끄는 쳬뜨니끄와 티토가 이끄는 빠르띠잔의 유혈분규는 독일과 소련의 주도권의 교차적 변화에 따라 지대한 영향을 받았다. 비록 쳬뜨니끄는 독일의 소련 침공 직전인 1941년 5월 세르비아에서 독일 점령군에 대항하여 싸우기 시작하였고, 티토의 빠르띠잔은 이보다 늦은 1941년 7월부터 저항 운동을 하였음에도 불구하고 쳬뜨니끄 집단은 우위를 지킬 수 없었다.
이러한 양상은 초기에 양자간의 협상추진과정 상에 나타난 문제에 그 원인이 있었던 것이라기보다는, 수 년간 진행된 양자 간의 처절한 유혈 대립에서 비롯되었다고 볼 수 있다. 유고슬라비아 지역에서는 소수 집단간에도 유혈 투쟁이 있었지만 크게 분류해보면, 쳬뜨니끄가 독일을 상대로 싸웠고, 티토의 빠르띠잔이 이탈리아를 상대로 싸웠으며, 쳬뜨니끄와 빠르띠잔이 공동 전선을 형성하여 우스따샤 조직과 싸우기도 하였고, 또한 서로 싸우기도 하였다. 1941년 11월 쳬뜨니끄와 빠르띠잔은 서로 전쟁 중 협력을 위해 협상을 계속했지만 끝내 무산되고 말았다.
전쟁의 틈바구니 속에서 대 세르비아 건설이라는 대 명분을 내걸었던 쳬뜨니끄는 1944년 봄이 되면서 그 입지가 점점 좁아져 갔다. 당시 영국정부는 런던의 뻬따르 망명정부와 티토와의 화해를 중지하기 시작했고, 뻬따르 정부는 쳬뜨니그와의 모든 관계를 끊기 시작했던 것이다.
종전으로 치달으면서 모든 땅은 공산주의인 빠르띠잔 손에 넘어갔다. 티토가 이끄는 공산 빠르띠잔은 독일군에 의해 끊임없이 탄압을 당하면서도 점차 세력을 증대하기에 이르렀고, 이러한 저항으로 유고슬라비아는 마침내 자력 해방을 맞았다. 2차 세계대전 중 인민해방군 (티토의 공산군) 에 의해 독립된 지역에서는 '인민위원회' 가 설치 되면서 민주 혁명이 수행되어 나갔으며, 1942년 11월에는 비하츠(Bihac)라는 곳에서 대표자 회의가 열려 "유고슬라비아 민족 해방을 위한 반 파시스트 위원회[AVNOJ(아브노이); Antifasisticko Vece Narodnog Oslobodenja Jugoslavije/the Antifasists' board of Peoples' Independence of Yugoslavia] 라는 조직체계가 만들어졌다. 1943년 11월 29일 보스니아의 야이쩨(Jajce)에서 제2차 AVNOJ 회의가 열렸는데, 이 회의에서 민주적인 연방제에 의한 국가 건설을 목표로 티토를 수반으로 하는 임시 정부 (유고슬라비아 국민해방전국위원회) 의 창설이 의결되었다.
1944년 10월 인민해방군은 소련과 공동으로 베오그라드를 해방시키고 독일군을 국내에서 완전히 축출하였다. 티토의 임시 정부는 연합국측의 망명정부와의 조정을 위한 제안을 거부하면서 소련의 원조를 받아 세르비아 왕당파를 제압하고 1945년 11월 총선을 실시, 공산당과 크로아티아당 등으로 결성된 인민전선이 90%이상 득표함으로써 정권을 획득하게 되었다. 이로써 티토를 수반으로 하고 6개의 공화국과 2개의 자치주로 구성된 "유고슬라비아 연방 인민 공화국(Federativna Narodna Republika Jugoslavije/Federic Peoples' Republic of Yugoslavia -> 구 유고연방)" 이 수립되어 발칸 반도를 통일하게 되었다.
4. 제2차 세계대전 동안의 유고의 피해
유고슬라비아가 1942-1945년 사이에 입은 인적, 물적 손실을 정확히 파악하는 것은 불가능하다. 그러나 한 조사에 따르면 1700000 여 명의 사망자중 1000000 여 명의 사람들이 외국의 적보다는 유고 내의 여러 조직사이 동족 상잔의 비극으로 죽음을 당한 것으로 알려졌다.